Pankreasın inflamasyonu ile
karakterize olan pankreatit; gastrointestinal sistem ilişkili hastane başvurularının önde
gelen sebeplerindendir ve önemli oranda morbidite, mortalite ile sosyoekonomik yüke
yol açar. Multifaktöriyel bir hastalık olan pankreatitte herhangi bir risk faktörü
olmayan olgular üzerine yapılan çalışmalarda özellikle PRSS1, SPINK1, CTRC ve
CFTR genlerinin varyasyonları tespit edilmiştir. Patojenik genetik değişimlere bağlı
gelişen pankreatitlerin kronik pankreatit ve pankreas kanserine ilerleme riski artmıştır.
Bu yüzden de altta genetik risk faktörlerinin bulunduğu olgularda diğer risk
faktörlerinin ortadan kaldırılması, hedefe yönelik tedavi seçeneklerinin belirlenmesi
ve ailesel genetik danışmanlık açısından genetik analizlerin planlanması önem
taşımaktadır. Çalışmamızda idiyopatik pankreatit olgularında PRSS1, SPINK1, CTRC
ve CFTR genlerinin yeni nesil sekanslama ile dizi varyasyonları ve MLPA analizi ile
ekzon/tüm gen kopya sayısı değişimlerinin araştırılması planlandı. NGS analizi ile
araştırmaya dahil edilen vakaların PRSS1, SPINK1, CTRC ve CFTR genlerinde
sırasıyla %16,3, %6,4, %6,4 ve %18,4’ünde klinikle ilişkili olabilecek varyant tespit
edilirken, hiçbir olguda kopya sayısı değişimlerine rastlanmadı. Ayrıca olguların
%8,9’unda farklı genlerin varyantları bir arada tespit edildi. Araştırma kapsamında
değerlendirilen toplumda yaygın gözlenen varyantların allel frekansı arasında
idiyopatik pankreatit olguları ile kontrol grubunda anlamlı fark gözlenmedi. Araştırma
sonucunda kopya sayısı değişimlerinin toplumumuzda pankreatit etiyolojisinde çok
etkin olmayabileceği tespit edilirken, pankreatit vakalarında yeni nesil sekanslama ile
gen panellerinin çalışılmasının tanı oranını anlamlı oranda artırdığı tespit edildi
Pancreatitis, inflammation of the pancreas, is one of the leading causes of
gastrointestinal system related hospital admissions and leads to significant amount of
morbidity, mortality and socioeconomic burden. Pancreatitis is a multifactorial
disorder and the studies performed on patients with no risk factors revealed that they
had variations of PRSS1, SPINK1, CTRC and CFTR genes. The patients who are
carrier for pathogenic variants of these genes have high risk of developing chronic
pancreatitis and pancreatic cancer. Because of that, it is important to plan genetic
analysis for patients to determine personalized medicine options, eliminate other risk
factors and give genetic counselling to affected families. In this study, it was planned
to explore the sequence variants of PRSS1, SPINK1, CTRC and CFTR by next
generation sequencing; and exon/gene copy number variants by MLPA analyses. NGS
analyses revealed that 16,3%, 6,4%, 6,4% and 18,4% of our case group had sequence
variants in PRSS1, CFTR, SPINK1 and CTRC genes respectively, but none had copy
number variations of these genes. It was also seen that 8,9% of the patients had
complex genetic etiology involving two genes. Common variants of the healthy
populations were evaluated within the scope of the study and it was found that the
differences of variant frequencies between the patients and the control group were
insignificant. The results of this study showed that copy number variations may not be
a frequent factor for pancreatitis and performing next generation sequencing with gene
panels increases the diagnosis rate significantly
