2024-03-29T13:24:34Z
http://openaccess.ogu.edu.tr:8080/oai/request
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/301
2016-02-22T10:14:09Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Saydam, Faruk
2014-12-02T08:51:23Z
2014-12-02T08:51:23Z
2014
http://hdl.handle.net/11684/301
Klopidogrel direnç mekanizmasını araştırdığımız çalışmamızda özellikle
CYP2C19, CYP3A4, CYP2B6, ABCB1, ITGB3 ve PON1 genlerindeki varyasyonların
bu mekanizma ile olan ilişkisini belirlemeyi amaçladık. Bu amacımızı gerçekleştirirken
klopidogrele dirençli bireylerin ve klopidogrel aktivitesi ile ilişkili varyasyonların
sıklığını Türk toplumunda ortaya çıkarmak ulaşmak istediğimiz hedeflerimiz
arasındaydı.
Çalışmamıza elektif veya acil stent implantasyonlu perkütan koroner girişim
yapılan 223 hasta dahil edildi. En az 7 gün süreyle standart doz (75 mg/gün) klopidogrel
kullanan hastalardan alınan kan örneklerinde VerifyNow P2Y12 kiti ile trombosit
reaktivitesi (PRU) ve % inhibisyon ölçüldü. Farklı tüpe alınan kan örneklerinden izole
edilen DNA’ların genetik varyasyon analizleri için Sequenom MassARRAY sistemi ile
genotipleme protokolleri yürütüldü. Hastaların genetik varyasyon genotipleri, ilaç
kullanım durumu, demografik ve klinik özellikleri trombosit reaktivitesine göre
istatistiksel testler ile analiz edildi.
PRU değeri >208 olan hastalar klopidogrel tedavisine cevap vermeyen
(klopidogrele dirençli) bireyler olarak gruplandırıldığında 69 (%30,9) hastanın
klopidogrele dirençli, 154 (%69,1) hastanın ise klopidogrele dirençsiz olduğu belirlendi.
CYP2C19*2 (G636A) tek nükleotid polimorfizmi ile klopidogrel direnci arasında
anlamlı düzeyde ilişki bulundu (χ2=26,79, p<0,001). Bu polimorfizmin A allelinin
frekansı dirençli hastalarda yüksek olmakla birlikte odds oranı G alleline göre 4,08’idi
(%95 CI 2,39-6,96). CYP2C19*17 (C806T) tek nükleotid polimorfizminin CT
genotiplerinin PRU değerleri CC genotiplerine göre daha düşük (p=0,036), %
inhibisyon değerleri ise CC genotiplerine göre daha yüksekti (p=0,025). Diğer genetik
varyasyonlardan hiçbiri istatistiksel açıdan klopidogrel direnci ve antitrombosit yanıt ile
ilişkili bulunmadı. Hasta grubumuzda CYP2C19*4, CYP2C19*7 ve CYP2C19*8
vi
varyasyon allellerinin herhangi birini taşıyan birey bulunmaz iken, CYP2C19*3 allelini
taşıyanların oranı %0,9’du. Genetik dışı faktörler klopidogrel tedavisine cevap
durumuna göre karşılaştırıldığında ise sadece ileri yaşın klopidogrel direnci ile ilişkili
olduğu belirlendi (p<0,001).
CYP2C19*2 polimorfizminin klopidogrel direncine neden olduğu, CYP2C19*17
polimorfizminin ise klopidogrelin antitrombosit aktivitesini artırdığı çalışmamız ile
doğrulanmış oldu. Ayrıca, klopidogrel metabolizmasından yoksun olduğu bildirilen
CYP2C19*4, CYP2C19*7 ve CYP2C19*8 varyasyonlarının tespit edilmemesi, Türk
toplumuna ait yeni bir bulgu olması nedeniyle önemlidir.
In this study in which we investigated clopidogrel resistance mechanism, we
aimed to determine the association of variations in CYP2C19, CYP3A4, CYP2B6,
ABCB1, ITGB3, and PON1 genes with this mechanism. While reaching this our
objective, to reveal the prevalence of individuals resistant to clopidogrel and of
variations related with clopidogrel activity in the Turkish population were among our
targets.
223 patients who underwent elective or emergency percutaneous coronary
intervention with stent implantation were included in our study. Platelet reactivity
(PRU) and % inhibition were measured with VerifyNow P2Y12 in blood samples
collected from patients that took a standard dose of clopidogrel (75 mg/day) for at least
7 days. For genetic variation analyses of DNAs isolated from blood samples collected in
separate tubes, genotyping protocols were carried out with Sequenom MassARRAY
system. Genetic variation genotypes, drug use statuses, demographic and clinical
characteristics of patients were compared with platelet reactivity via statistical tests.
When grouped the patients with PRU values >208 as nonresponder to clopidogrel
treatment (resistant to clopidogrel), it was determined that 69 (30,9%) patients were
resistant to clopidogrel and 154 (69,1%) patients were nonresistant to clopidogrel. A
significant association was found between CYP2C19*2 (G636A) single nucleotide
polymorphism and clopidogrel resistance (χ2=26,79, p<0,001). A allele frequency of
this polymorphism was high in patients with resistance, its odds ratio was 4,08
compared to G allele (95% CI 2,39-6,96). PRU values of CYP2C19*17 (C806T) single
nucleotide polymorphism CT genotypes were lower (p=0,036) and % inhibition values
of CT genotypes were higher compared to CC genotypes (p=0,025). None of the other
genetic variations was found to be statistically associated with clopidogrel resistance
and antiplatelet response. While individuals carrying any of CYP2C19*4, CYP2C19*7,
CYP2C19*8 variation alleles were not present in our patient group, the rate of
viii
individuals with CYP2C19*3 allele was 0,9%. When the non-genetic factors are
compared with response to clopidogrel treatment, only the higher age was determined to
be associated with clopidogrel resistance (p<0,001).
It was confirmed by our study that CYP2C19*2 polymorphism caused clopidogrel
resistance and CYP2C19*17 polymorphism increased antiplatelet activity of
clopidogrel. In addition, the fact that CYP2C19*4, CYP2C19*7, CYP2C19*8 variations
reported to lack clopidogrel metabolism unable to be detected bears importance in the
sense that it is a new finding on the Turkish population.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Perkütan Koroner Girişim
Klopidogrel
Tek nükleotid Polimorfizm
Trombosit
Percutaneous Coronary Intervention
Clopidogrel
Single Nucleotide Polymorphism
Platelet
Perkütan koroner girişim sonrası klopidogrel direncinin CYP2C19, CYP3A4, CYP2B6, ABCB1, ITGB3 ve PON1 genlerindeki varyasyonlar ile ilişkisi
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/440
2016-08-09T12:12:59Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Öner, Çağrı
2016-06-20T11:55:19Z
2016-06-20T11:55:19Z
2015
http://hdl.handle.net/11684/440
Bu araştırmada, kanser gelişiminde etkili olduğu düşünülen hormonal düzenlemenin PIWI-interacting RNA (piRNA) ekspresyonuna olan etkisini belirlemek amaçlanmıştır.
Erkeklerde prostat kanseri, kadınlarda ise meme kanseri yaşa ve cinsiyete bağlı olarak görülme sıklığı en fazla olan kanser türleridir. Prostat kanserinin gelişimi androjen bağımlı ve bağımsız; meme kanserinin gelişimi ise östrojen bağımlı ve bağımsız olarak gerçekleşebilmektedir. Kodlamayan RNA (ncRNA) grubunun bir üyesi olan piRNA’lar genomdaki intergenik tekrarlayan elemanlardan meydana gelmektedir. Ayrıca kanserde de bazı piRNA’ların ekspresyonları artmaktadır. Bu artışın hormonlardan etkilenebileceği düşünülmektedir.
Bu çalışmada, androjen bağımlı ve bağımsız prostat kanser hücrelerine (PC-3 ve LNCaP) androjen hormonu; östrojen bağımlı ve bağımsız meme kanser hücrelerine (MCF–7 ve MDA-MB–231) östrojen hormonu uygulanarak hücrelerde çoğalma (proliferasyon), tutunma (adezyon) ve canlılık belirlendi. Hücrelerden RNA izolasyonu yapılarak, cDNA’larda Real Time PCR (RT-PCR) yöntemiyle piR–651 ve piR–823 ekspresyonları ve ELISA yöntemi uygulanarak östrojen (17-β-estradiol) ve androjen (dihidrotestosteron; DHT) miktarları belirlendi.
Dışarıdan uygulanan hormonların hücrelerde çoğalmayı en fazla arttıran konsantrasyonları belirlendikten sonra, hücrelerde piRNA ekspresyonları belirlendi. Bu konsantrasyonlarda canlılığın yüksek olduğu ve tutunmanın (adezyonun) da azaldığı gözlendi. Elde edilen verilere göre, LNCaP androjen bağımlı prostat kanser hücre dizisinde 24.saat 1 nM androjen; PC-3 androjen bağımsız prostat kanser hücre dizisinde 24.saat 10 nM androjen konsantrasyonları piR–651 ve piR–823 ekspresyonlarını kontrole göre arttırdı. MCF–7 östrojen bağımlı meme kanser hücre dizisinde 24.saat 10 nM östrojen; MDA-MB–231 östrojen bağımsız meme kanseri hücre dizisinde 24.saat 1 nM östrojen konsantrasyonları piR–651 ekspresyonunu kontrole göre arttırdı. piR–823 ekspresyonu sadece MDA-MB–231 hücrelerinde kontrole göre artarken, MCF–7 hücrelerinde kontrole göre azaldı.
Bu çalışma ile günümüzde önemi artan piRNA’ların kanserde hormonlardan etkilenebileceği gösterildi. Hormon uygulandığında piR-651 eşeye özgü iki kanser tipinde de artış gösterirken, piR-823’ün sadece malign karakterli meme kanser hücrelerinde arttığı belirlendi. Böylece, piR-823 ekspresyonun farklı kanser türlerinde farklı ekspresyonlar gösterebileceği ortaya kondu. Sonuç olarak eşeye bağlı kanserlerde ekspresyonlarının arttığı düşünülen piR-651 ve piR-823’ün östrojen veya androjen gibi hormonlarla da artabileceği belirlendi. Bununla birlikte piR-823’ün kötü huylu özellikte olmayan meme kanser hücrelerinde azaldığı gözlendi.
In this study we purposed to determine the impact of PIWI interacting RNAs (piRNAs) on hormonal regulation, which is known to play an important role in carcinogenesis and cancer development.
Prostate cancer in males and breast cancer in females is the most seen cancer type according to age and gender. Development of prostate cancer can consist of androgen dependent and independent; also development of breast cancer can consist of estrogen dependent and independent mechanisms. piRNAs, member of non-coding RNAs (ncRNA), form in intergenic repetitive elements of genome. Furthermore, expressions of piRNAs increase in cancer. It is thought that this increase can be effected amount of hormones in cancer.
In this study, androgen was applied to androgen dependent and independent prostate cancer cell lines (LNCaP and PC–3); estrogen was applied to estrogen dependent and independent breast cancer cell lines (MCF–7 and MDA-MB–231). Then proliferation, viability and adhesion were determined in these cell lines. Total RNA was isolated from cells and expressions of piR–651 and piR–823 were determined from obtained cDNAs by using Real Time PCR. By using ELISA method, levels of estrogen (17-β-estradiol) and androgen (dihydrotestosteron; DHT) were observed.
After determining the nost proliferative effect of hormones on cancer cells, piRNA expressions were determined in these cells. In the cells which had been shown the most proliferative concentrations of hormones, the highest growth rate and decrease of adhesion was defined. According to control group, expressions of piR-651 and piR-823 were increased by treating 1 nM androgen in LNCaP cells and 10 nM androgen in PC-3 cells on 24th hour. Increased expression of piR-651 was determined in 10 nM estrogen treated MCF-7 cells and 1 nM estrogen treated MDA-MB-231 cells Although according to control group expression of piR–823 was increased only in MDA-MB–231 cells, piR–823 expression decreased significantly in MCF–7 cells.
This study showed increasingly growing importance of piRNAs can be affected by hormones in cancer. piR-651 expression increased when hormone administered in two gender-specific type of cancer. piR-823 was determined to be increased only in malign estrogen independent breast cancer cells. It has been demonstrated that piR-823 expression may show different expressions in different types of cancer. As a result, piR-651 and piR-823 whose expressions are thought to increase in sex-linked canceri may increase by effecting with hormones such as estrogen or androgen. Furthermore, it was observed that piR-823 expression decreased in malign breast cancer cells.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Kanser
Östrojen
Androjen
PiR–651
PiR–823
Hormonal Regülasyon
Androgen
Cancer
Estrogen
Hormonal Regulation
Meme ve prostat kanserinde Pirna’lar ile hormonal regülasyonun ilişkisi
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/441
2016-06-21T00:00:18Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Yağcı, Emine
2016-06-20T11:55:24Z
2016-06-20T11:55:24Z
2015
http://hdl.handle.net/11684/441
Akciğer kanseri hava yolu epitel hücrelerinin kontrolsüz çoğalması sonucu oluşan bir hastalıktır. 20. yüzyılın başlarında nadir görülen bir hastalık iken günümüzde en sık görülen kanser tiplerinden biridir ve erkeklerde ölüm nedenlerinin başında gelmektedir. Kalıtsal faktörlerin akciğer kanseri gelişimindeki rolü araştırılmış, birinci derece akrabalarında kanser görülen kişilerde akciğer kanseri riskinin 2.4 kat arttığı gösterilmiştir. Bu nedenle akciğer kanserinin gen polimorfizmleri ve mutasyonlarla ilişkisinin belirlenmesi hastalığın erken prognozunda önem taşımaktadır.
Akciğer kanseri oluşumu büyüme, farklılaşma, çoğalma, apoptoz gibi hücresel aktiviteleri düzenleyen proteinlerin bozulması veya bu proteinleri kodlayan genlerdeki mutasyonlardan dolayı proteinlerin işlevini yitirmesi ile ilişkilendirilmiştir. Notch sinyal yolağı, gelişim döneminde hücre kaderinin belirlenmesinde rol oynayan bir mekanizmadır. Notch organ oluşumu ve morfogenezde çeşitli görevler üstlenenerek çoğalma, farklılaşma ve apoptozu etkiler. Son çalışmalar notch sinyalinin hücre çoğalması ve farklılaşması ile apoptotik olaylarda rol oynadığı kanıtlanmıştır. Ayrıca kanserli hücrelerde notch aktivasyonunun anormal hücre çoğalmasına neden olduğu görülmüştür.
Ġnsanlardaki kalıtsal genetik değişiklikler, DNA hasarının onarım kapasitesini etkileyen polimorfik/genetik değişiklikler ve insersiyon/delesyon gibi moleküler değişimler kanser riskini artırabilen başlıca genetik faktörlerdir. Genomda binlerce aday polimorfik gen bulunmaktadır ve bu farklılıkları taşıyan kişiler hastalıkların gelişimine daha duyarlıdırlar. Bireyler arasındaki genetik varyasyonların hastalıklarla ilişkisinin belirlenmesine yönelik çalışmalar giderek artmaktadır.
Bu çalışma akciğer kanseri hastalarında NOTCH3 C381T ve A684G polimorfizmlerinin sıklığını belirleyerek, akciğer kanseri gelişiminde genetik yatkınlık yönünden ilişkili olup olmadığını araştırmak amacıyla planlandı.
Çalışmada; akciğer kanseri tanısı konan 100 hasta ve 100 sağlıklı bireyden alınan venöz kan örneklerinden DNA izolasyon kiti kullanılarak elde edilen genomik DNA analiz edildi. PCR metodu ile NOTCH3 geni C381T ve A684G bölgeleri ilgili primerler kullanılarak çoğaltıldı. Bu örnekler NOTCH3 ürünü için %3’lük agaroz jel elektroforezinde yürütülerek, CCD (Charge Coupled Device) kamera ile değerlendirildi.
Çalışma sonunda , NOTCH3 geni C381T ve A684G polimorfizmleri için hasta ve kontrol grupları genotip ve alel frekansları bakımından değerlendirildiğinde istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık tespit edilmiştir. Akciğer kanseri hastalarında C381T polimorfizmi açısından, %73 C aleli ve %27 T aleli bulunurken, kontrol grubunda; %61,5 C aleli, %38,5 T aleli tespit edilmiştir. Genotipler açısından değerlendirildiğinde, akciğer kanseri hastalarında %46 CC genotipi, %54 CT genotipi belirlenirken, kontrol grubunda %25 CC genotipi, %2 TT genotipi, %73 CT genotipi belirlenmiştir. Yine, akciğer kanseri hastalarında A684G polimorfizmi açısından, %52 A aleli ve %48 G aleli bulunurken, kontrol grubunda; %66,5 A aleli, %33,5 G aleli tespit edilmiştir. Genotipler açısından değerlendirildiğinde, akciğer kanseri hastalarında %9 AA genotipi, %5 GG genotipi, %86 AG genotipi belirlenirken, kontrol grubunda %39 AA genotipi, %6 GG genotipi, %55 AG genotipi belirlenmiştir.
Lung cancer is a disease caused by uncontrolled proliferation of airway epithelium cells. It is one of the most common types of cancer nowadays, while it was a rare disease in the early 20th century. It is the leading cause of death in men. It has been investigated the role of hereditary factors in the development of lung cancer and established increasing risk of lung cancer in patient’s first-degree relatives by 2.4 times. Therefore determination of association with gene polymorphism and mutation of lung cancer is important in prognosis.
Lung cancer assosiated with degradation of proteins which regulate cellular activities such as cell growth, differentiation, proliferation and apoptosis or the loss of function of proteins due to mutations in the genes which express these proteins. Notch signaling pathway is a mechanism which plays role in determination of cell fate during cell development. Notch plays role in organogenesis and morphogenesis and effects on cell differentiation, proliferation, apoptosis. Also, investigations are shown that notch activation causes abnormal proliferation in cancer cells.
Heritable genetic defects, polymorphisms, molecular changes such as insertion/deletion are major factors that may increase the risk of cancer. There are thousands of candidate polymorphic genes in the genome and people carrying these differences in their genome are more susceptible to the development of diseases. Thus, it is necessary to focus more research on this subject.
This study was designed to determine frequency of NOTCH3 C381T and A684G polymorphisms and planned to investigate whether this gene associated with genetic predisposition of development of lung cancer or not.
In this study, venous blood samples were obtained from 100 patients with lung cancer and 100 healthy subjects and genomic DNA was isolated by using DNA isolation kit. NOTCH3 gene C381T and A684G regions were amplified with polymerase chain reaction (PCR) method by using suitable primers. PCR products were seperated by 3% agarose gel electrophoresis and visualized by a charge-coupled device (CCD) camera.
At the end of the study, between patient and control groups for NOTCH3 gene C381T and A684G regions was found statistically significant difference when evaluated in terms of genotype and allele frequencies. The allele distributions were: patients with lung cancer, C 73%, T 27%; controls C 61,5%, T 38,5%. The genotype distributions were: patients lung cancer, CC 46%, CT %54; controls CC 25%, TT 2%, CT 73%. The allele distributions were: patients with lung cancer, A 52%, G 48%; controls A 66,5%, G 33,5%. The genotype distributions were: patients with lung cancer, AA 9%, GG %5, AG %86; controls AA 39%, GG 6%, AG 55%.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Akciğer Kanseri
Notch3 Geni
C381T ve A684G Polimorfizmi
Lung Cancer
Notch3 Gene
C381T and A684G Polymorphism
NOTCH3 C331T ve G684A polimorfizmlerinin akciğer kanseri ile ilişkisinin belirlenmesi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/605
2016-08-09T00:00:35Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Kolaç, Umut Kerem
2016-08-08T09:23:50Z
2016-08-08T09:23:50Z
2015
http://hdl.handle.net/11684/605
İnflamasyon, fiziksel ve enfeksiyöz etkilerin yanında vücutta otoimmün olarak meydana gelebilen sistemik ya da bölgesel yanıttır. İnflamasyon sırasında oluşan serbest radikaller ve lipid peroksidasyonu ürünleri, genlerde mutasyonlara ve kanser de dahil olmak üzere çoğu inflamatuar hastalıkla ilgili anahtar proteinlerin translasyon sonrası değişiklik geçirmesine neden olmaktadır.
Lipopolisakkarit (LPS), Gram-negatif bakterilerin dış zarının bir parçası olup, inflamatuar sitokinlerin, serbest oksijen radikallerinin, nitrik oksit ve araşidonik asit metabolitlerinin aşırı üretimine yol açarak inflamasyon oluşumuna sebep olur.
Yüksek flavanoid ve fenolik asit içeriği ile Salvia officinalis (Lamiaceae) serbest radikalleri ortadan kaldırma özelliği sayesinde kuvvetli bir antioksidan ve antiinflamatuardır.
Bu çalışmada lipopolisakkaritle oluşturulan deneysel inflamasyon modelinde Salvia officinalis ekstresinin inflamasyon ve antioksidan sistem üzerine olan etkileri araştırılmıştır.
Çalışmamızda 42 adet 4-5 aylık Wistar albino ırkı dişi sıçanlar ile 6 deney grubu oluşturulmuştur. Üç gruba intraperitoneal olarak 1 mg/kg LPS (E.coli, serotipe 055-B5) uygulandı. LPS enjeksiyonundan 24 saat sonra tedavi gruplarına 10 mg/kg ve 30 mg/kg Salvia officinalis ekstresi gavaj yoluyla verildi. FDG-PET taraması ile inflamasyon durumunu belirlemek için PET taramasından 1 saat önce ketamin anestezisi altında intrakardiyak olarak 18F-fluoro-deoksi-D-glukoz (FDG) uygulandı. Hayvanlardan kan ve doku örnekleri toplandı. Akciğer ve karaciğer FDG-PET tutulumu hesaplandı. Karaciğer, böbrek, akciğer dokuları ve eritrosit malondialdehit (MDA) seviyeleri, katalaz (KAT), süperoksit dismutaz (SOD) ve glutatyon peroksidaz (GPx) enzim aktiviteleri belirlendi.
Çalışma sonucunda, eritrosit hemolizatında, karaciğer, böbrek ve akciğer dokularında MDA seviyeleri inflamasyon grubunda, tedavi gruplarına göre anlamlı derecede yüksek bulundu. İnflamasyon grubu SOD aktiviteleri karaciğer, akciğer dokuları ve hemolizatta Salvia officinalis ile tedavi edilen gruplardan anlamlı düzeyde düşük olarak tespit edildi. Aynı şekilde KAT ve GPx aktivitelerinin de inflamasyon grubunda tedavi grubu enzim aktivitelerine oranla istatistiksel açıdan anlamlı derecede düşük bulunduğu sonuçlar elde edilmiştir. Akciğer ve karaciğer 18F-FDG tutulumunun inflamasyon grubunda, kontrol grubuna göre yüksek olduğu, Salvia officinalis tedavi gruplarında ise normale döndüğü saptandı. Sonuç olarak Salvia officinalis’ in sıçanlarda LPS ile oluşturulan inflamasyonun ve oksidatif stresin etkilerini azalttığı belirlenmiştir.
Inflammation is a systematic or a local response that may occur as autoimmune in organism besides physical and infectious effects. Free radicals and lipid peroxidation products produced during inflammation causes harmful mutations and post translational changes of key proteins which involves in many inflammatory disorders including cancer.
Lipopolisaccharide (LPS) is a part of the external membrane of gram-negative bacteria that causes inflammation by causing overproduction of inflammatory cytokines, free oxygen radicals, nitric oxide and arachidonic acid metabolites.
Salvia officinalis (Lamiaceae) is a powerful antioxidant and anti-inflammatory herb thanks to its feature of removing free radicals with its high flavonoid and phenolic acid content.
The aim of this study is to investigate the effects of Salvia officinalis extract on inflammation and antioxidant system in an experimental inflammation model induced by LPS in rats.
In our study, 4-5 months old 42 female Wistar albino rats were divided into 6 groups. In three groups, 1 mg/kg LPS (E.coli, serotipe 055-B5) was applied to rats intraperitoenally. After 24 hours from LPS injection 10 mg/kg and 30 mg/kg Salvia officinalis extract was orally administrated to treatment groups. 18F-fluoro- deoxy-D-glucose (18FDG) was applied intracardially under ketamine anesthasia 1 hour before PET scanning in order to determine status of inflammation with FDG-PET scanning. Rats were sacrificed and blood and tissue samples were collected. Lung and liver FDG-PET uptake was calculated. Malondialdehyde (MDA) levels, catalase (CAT), superoxide dismutase (SOD) and glutathione peroxidase (GPx) enzyme activities of liver, kidney, lung tissues and erythrocyte hemolysate were determined.
As a result of the study, MDA levels in erythrocyte hemolysate, liver, lung and kidney tissues were found to be significantly higher in inflammation group compared to treatment groups, whereas SOD activities of liver and lung tissues and hemolysate were determined significantly lower in inflammation group compared to group treated with Salvia officinalis. Likewise CAT and GPx activities in inflammation control group were found to be significantly lower compared to treatment groups. Lung and liver 18F-FDG uptake were found to be higher in inflammation group than control group. In treatment groups 18F-FDG uptake was at normal level. In conclusion, Salvia officinalis was found to be efficient in reducing free oxygen radical production and ameliorating inflammation induced by LPS in rats.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Serbest Radikaller
Antioksidan
İnflamasyon
Lipopolisakkarit
Salvia Officinalis
Free Radicals
Antioxidant
Inflammation
Lipopolisaccharide
Salvia Officinalis
Salvıa offıcınalıs ekstresinin deneysel inflamasyon ve antioksidan sistem üzerine etkisi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/649
2016-10-06T00:00:44Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Sağlam, Özlem
2016-10-05T07:52:37Z
2016-10-05T07:52:37Z
2014
http://hdl.handle.net/11684/649
RNA interferans (RNAi) mekanizması aracılığıyla gen ve protein
ekspresyonunu düzenleyen mikroRNA’lar (miRNA) protein kodlamayan
endojen RNA’lardır. miRNA’lar hücre çoğalması, farklılaşma ve apoptozu
da içeren çeşitli biyolojik fonksiyonlarla ilişkilidirler. Bu nedenle kanseri de
içine alan çeşitli hastalıklarda önemli rol oynarlar. Onkogen ya da tümör
baskılayıcı olarak işlev görebilen miRNA’ların karsinogenezde de önemli rol
oynadığı bilinmektedir. Son yıllarda, tümör mikroçevresinde bulunan
stromal hücrelerin tümörle ilişkili hücrelere benzer özellik kazandıkları
bildirilmiştir. Ayrıca, tümör mikroçevresinden salgılanan inflamatuar
sinyallerin tümör büyümesini ve sürekliliğini teşvik ettiği düşünülmektedir.
Kanserlerin moleküler temelinin daha iyi anlaşılması ile yeni
belirteçlerin keşfedilmesini sağlamak, prognozunu belirlemek ve sonuç
olarak yeni tedavi yaklaşımları geliştirmek amacıyla miRNA’ların
fonksiyonlarının ayrıntılı olarak incelenmesi gerekmektedir. Bu nedenlerle,
gerçekleştirilen çalışmada kanser hücreleri ile sağlıklı ve malign meme
dokusundan elde edilen stromal hücrelerin ortak kültürlerinde birbirleri
üzerine gösterdiği etkiler ve bu olası etkilerde miRNA’ların rolünü
araştırmayı amaçladık.
Bu amaçla, sağlıklı ve malign meme dokularından enzimatik sindirme
yöntemiyle stromal hücreler izole edildikten sonra uygun koşullarda
kültüre edildi. Sonrasında bu hücrelerin akım sitometri aygıtı ve
farklılaştırma çalışmaları ile karakterizasyon işlemleri gerçekleştirildi.
İmmunofenotipik özellikleri belirlenen sağlıklı ve malign meme
dokusundan elde edilen stromal hücreler kanser hücre hattı ile yarı
geçirgen membranlar (insert; ara bölüm) aracılığıyla ortak-kültüre edildi.
Ortak-kültür sonrası deney gruplarının çoğalım kapasiteleri WST-1 testi ile
değerlendirildi, ek olarak hücrelerin miRNA’ları izole edilip cDNA’ları
sentezlendi ve meme kanserine özel miRNA’lar (miR-27, miR-17-5p, miR-
21, miR-10b, miR-373, miR-520c, let7, mir-200) ve bu miRNA’lar ile
ilişkilendirilen genlerin ifade seviyeleri gerçek zamanlı PCR ile kantitatif
olarak belirlendi. Ayrıca kültür sonrasında süpernatantlara salınan bazı
sitokin ve kemokinlerin (IL-6, IL-1β, IL-8) seviyelerini belirlemek amacıyla
ELISA yöntemi uygulandı.
Gerçekleştirilen deneyler neticesinde malign stromal hücrelerin ortak
kültür sonrasında kanser hücrelerinin çoğalım kapasitelerini arttırdığını
saptadık. Ayrıca meme kanseri ile ilişkili olarak onkogenik ve tümör
baskılayıcı özellikte oldukları bilinen bir takım miRNA (miR-21, miR-17,
let-7 vb.) ve onların hedefledikleri genlerin (HMGA2, AIB1, PDCD4 vb.)
ifade seviyelerinde malign hücrelerle ortak kültür sonrasında
mikroçevrenin kanser oluşumunda önemli olduğunu destekler nitelikte
değişimler saptadık.Sonuç olarak, sağlıklı ve malign meme dokusu stromal hücrelerinin
parakrin mekanizmalar ile kanser hücrelerinde meydana getireceği
değişimlerde miRNA’lar ve onlarla ilişkilendirilen yolaklara özgü genlerin
olası rolleri gösterilmeye ve bu bağlamda tümör mikroçevresinin
tümörogenezdeki etkileri ayrıntılı şekilde ortaya konulmaya çalışılmıştır.
MicroRNAs (miRNAs) are endogenous non-coding RNAs which
regulate gene and protein expression through the RNA interference (RNAi)
mechanism. miRNAs are related to different biological functions including
cellular proliferation, differentiation and apoptosis. Therefore, they play
crucial roles in different diseases including cancer. Oncogene or tumor
suppressor miRNAs play an important role in tumorigenesis. It has been
reported that stromal cells in tumor microenvironment gained similar
features of tumor-associated cells. Additionally, it is considered that
inflammatory signals secreted from tumor microenvironment support
tumor growth and survivability.
Detailed analysis of miRNA functions should be investigated to
discover novel markers and to determine the prognosis through better
understanding of molecular basis of cancer concept, and to develop new
treatment approach consequently. Thus in the current study, we aimed to
investigate the effects of co-culture of cancer cells and stromal cells,
isolated from normal and malign breast tissues, on each others, and the
possible effects of miRNAs in these cross-effects.
Subsequently after isolation of stromal cells tissue by enzymatic
digestion method, appropriate culture condition will be maintained, and
flow-cytometry will be applied for the characterization. Characterized
stromal cells that are derived from normal and malign breast tissue will
co-cultured with MDA-MB-231 cancer cell line in the presence of semipermeable
membranes. After the co-culture, proliferation capacity of the
experimental groups were evaluated with WST-1 assay. Additionally RNAs
and miRNAs of the cancer and stromal cells will isolate and cDNAs will
synthesized. Expression levels of breast cancer specific miRNAs and
related genes will be evaluated by real-time PCR. Additionally after the coculture,
ELISA test will be performed to determine some of cytokine and
chemokine (IL-6,IL-1β,IL-8) levels secreted to supernatants.
As a result of experiments we found that increased proliferation
capacity of the cancer cells after co-culture with malignant stromal cells.
Also we found that microenvironment is important in the formation of
cancer in support of the changes in the expression levels of oncogenic and
tumor suppressor miRNA and their targeted genes after the co-culture
with malignant stromal cells.
As a conclusion, the possible roles of miRNAs on the alterations in
cancer cells by paracrine mechanisms of both normal and malign breast
tissues stromal cells are attempt to reveal. In the result of the performed
studies with this aim, specific gene expressions of related pathways are going to be detected correlated with miRNA changes, and the effects of
the tumor microenvironment in tumorogenesis will be revealed in detail.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Meme Kanseri
Mezenkimal Stromal Hücre
Mikroçevre
miRNA
Breast Cancer
Mesenchymal Stromal Cell
Microenvironment
MDA-MB-231 kanser hücrelerinin çoğalması üzerine malign meme dokusu stromal hücrelerinin etkisi ve miRNA ilişkisi
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/656
2016-10-21T00:00:29Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Soyocak, Ahu
2016-10-20T07:52:46Z
2016-10-20T07:52:46Z
2014
http://hdl.handle.net/11684/656
Osteoartrit (OA) kıkırdak, kemik ve sinoviyal dokularda çeşitli
travmatik, biyomekanik, gelişimsel, metabolik ve genetik faktörlerin
etkisiyle meydana gelen, kıkırdak yapımı ve yıkımı arasındaki dengenin
bozulması ile ortaya çıkan, biyokimyasal ve morfolojik değişiklikler ile
karakterize bir eklem hastalığıdır. OA’da hücre uyarı yolaklarının tam
olarak bilinmesiyle eklemde kaybolan homeostazın yeniden yapılanması ve
tamir mekanizmasının gelişmesi mümkün olabilecektir. Bu uyarı
yolaklarında önemli bir role sahip olan mitojenle aktive olan protein
kinazlar (MAPK)’ın OA’yı da içeren çeşitli hastalıklarda teröpatik hedef
olabileceği düşünülmektedir. Bir MAPK olan Jun-N-terminal kinaz (JNK);
tümör nekroz faktör-alfa (TNF-α) ve interlökin-1beta (IL-1β) gibi
proinflamatuar sitokinlere cevap olarak aktive olmaktadır. Bu kinazlar
özellikle nüklear faktör kappa b (NF-κB) olmak üzere çeşitli transkripsiyon
faktörlerini aktifleştirir. İnflamatuar yolda önemli bir yeri olan NF-κB; TNF-
α, IL-1β, lipopolisakkarit ve serbest oksijen radikallerini içeren birçok farklı
uyaran tarafından aktive edilmektedir.
mikroRNA (miRNA)’ların gelişim, homeostaz ve bağışıklık
fonksiyonlarında önemli rol oynadığı, kanserden inflamasyona kadar çoğu
hastalıkla ilişkili olduğu bilinmektedir. miRNA ekspresyonlarının özel
immün cevabı ve inflamatuar uyarıyı da düzenledikleri belirlenmiştir.
miRNA-146a ve miRNA-155; TNF-α ve IL-1β gibi pro-inflamatuar aracılarla
uyarılan miRNA’lardır. Bu miRNA’ların ekspresyon mekanizmalarını içeren
çalışmalarda NF-κB’nin inflamatuar uyarıya cevapta merkezi bir rol
oynadığı gösterilmiştir. Bununla birlikte bu miRNA’ların seviyelerinin
düzenlenmesinde MAPK uyarısının önemli bir role sahip olduğu ve JNK’nın
bu ekspresyonu düzenlediği düşünülmektedir.
Bu çalışmada, OA hastalığının patofizyolojisinin anlaşılmasına katkı
sağlamak için, yeni bir terapötik hedef olan miRNA’lardan miRNA-146a ve
miRNA-155, yine birçok hastalık için potansiyel terapötik hedef olarak
tanımlanan MAPK’lardan JNK ve transkripsiyon faktörlerinden NF-κB’nin
OA hastalığındaki rollerinin belirlenmesi amaçlandı.
Çalışmada OA tanısı alan 100 hasta ve 50 sağlıklı bireyden periferal
mononüklear kan hücreleri elde edildi. Bu hücrelerde miRNA-146a,
miRNA-155 ve JNK gen ekspresyonları real-time PCR yöntemiyle ve NF-κB
aktivitesi ELISA yöntemiyle belirlendi.
Çalışma sonuçlarına göre; OA hasta grubunda miRNA-155
ekspresyonunun istatistiksel olarak anlamlı artış gösterdiği bulundu.
Sonuçlar cinsiyetlere göre incelendiğinde, OA’lı kadınlarda miRNA-146a ve
miRNA-155 ekspresyon seviyelerindeki artışın anlamlı düzeyde olduğu
belirlendi. miRNA-146a, miRNA-155 ve JNK ekspresyonları ile NF-κB
aktivitesinin hasta grubunda tanısal değerleri incelendiğinde, miRNA-146a ve miRNA-155 ekspresyonun hassasiyeti hastalarda yüksek olmasına
rağmen özgüllüğünün düşük olması bu verilerin tek başlarına hastalık
tanısında kullanılamayacağını gösterdi. Bununla birlikte bu 4 parametre
birlikte değerlendirildiğinde en yüksek hassasiyet ve özgüllüğe ulaşıldığı
görüldü.
Bu sonuçlara göre yaygın ve kompleks bir hastalık olan OA’nın
moleküler mekanizmasında miRNA-146a, miRNA-155, JNK ve NF-κB’nin
ilişkisi olduğu ancak bu ilişkinin daha detaylı araştırılması ve böylece
hastalığın ilerlemesi ve patogenezinde kullanılmak üzere yeni birer
biyobelirteç olarak miRNA’ların kullanılıp kullanılmayacağının
anlaşılmasının tam olarak ortaya konulması mümkün olacaktır.
Osteoarthritis (OA) is a disease characterized by biochemical and
morphological changes resulting from unbalanced cartilage anabolism and
catabolism that occur under the effects of several traumatic,
biomechanical, developmental, metabolic and genetic factors in cartilage,
bone and synovial tissues. If the cell signal pathways that regulate these
activities are fully understood, restructuring of homeostasis and
development of repair mechanisms in joints can be possible in OA.
Mitogen activated protein kinases (MAPK) are considered to be potential
therapeutic targets for several diseases, including OA. Jun-N-terminal
kinase (JNK), is activated in response to cytokines, such as tumor necrosis
factor α (TNF-α) and interleukin 1 beta (IL-1β). These kinases activate
several transcription factors, particularly nuclear factor kappa b (NF-κB).
NF-κB is activated by various stimuli including TNF-α, IL-1β,
lipopolysaccaride and free oxygen radicals in inflammatory processes.
microRNA (miRNA) has an important role in development,
homeostasis and immune functions. miRNA was shown to be associated
with several diseases from cancer to inflammation. miRNA regulates the
specialized immune response and inflammatory stimulus. miRNA-146 and
miRNA-155 are induced by proinflammatory stimuli, such as TNF-α and IL-
1β. Studies related to expression mechanisms of miRNA-146a and miRNA-
155 suggests a central role in inflammation for the proinflammatory
transcription factor, NF-κB. JNK may regulate miRNA-155 expression. This
study aims to investigate the expression of miRNA-146a, miRNA-155 and
JNK, activity of NF-κB in OA.
In this study, peripheral mononuclear blood cells were drawn from
100 patients with a diagnosis of OA and from 50 healthy subjects. miRNA-
146a, miRNA-155 and JNK expressions were analyzed by qRT-PCR. NF-κB
levels were determined by ELISA in nuclear extracts.
Our results show that miRNA-155 expression increased significantly in
OA patients. Analyzing the results by gender, miRNA-146a and miRNA-
155 levels increased significantly in women with OA. When miRNA-146a,
miRNA-155 and JNK expressions and NF-κB activity values of patient
analyzed, specificity of the miRNA-146a and miRNA-155 expressions were
found to be low even sensitivity to them are high at patients. Therefore, it
is not suggested to use each of those parameters alone in diagnosis of OA.
However when these 4 parameters evaluated all together, the highest
specificity and sensitivity might be obtained. According to these results, miRNA-146, miRNA-155, JNK and NF-κB
are related to molecular mechanisms of OA. This evidence could lead to
elucidation of the mechanism underlying OA pathogenesis and hence to a
novel therapeutic strategy for OA.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Osteoartrit
İnflamasyon
JNK
NF-κB
miRNA-146a
miRNA-155
Osteoarthritis
Inflammation
Osteoartritli hastalarda Jun-N-terminal Kinaz (JNK), nüklear faktör Kappa B (NF-KB), miRNA-146a ve miRNA-155 ilişkisinin araştırılması
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/659
2016-10-21T00:00:24Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Özbayer, Cansu
2016-10-20T07:53:06Z
2016-10-20T07:53:06Z
2014
http://hdl.handle.net/11684/659
Akciğer kanseri, akciğer dokusundaki hücrelerin kontrolsüz olarak
çoğalması ile meydana gelir ve kanser kaynaklı ölümlerin en yaygın
nedenidir. En önemli nedenleri uzun süreli sigara dumanı maruziyeti, genetik
faktörler, radon gazı ve asbest maruziyetidir.
MikroRNA’lar, yüksek seviyede korunan DNA bölgelerinden kodlanan
fakat proteine translasyonu gerçekleşmeyen, yaklaşık 18-24 nükleotid
uzunluğunda, küçük RNA molekülleridir. miRNA’lar kendi nükleotid dizilerinin
tamamlayıcısı olan hedef mRNA’lara bağlanıp translasyonel baskılama veya
mRNA yıkımı ile transkripsiyon sonrası gen ekspresyonunun düzenlenmesini
gerçekleştirirler. Çeşitli çalışmalarda malignant tümörlerin gelişimi ve
ilerlemesi ile miRNA ekspresyon düzensizliklerinin ilişkili olduğu, miRNA'ların
onkogen veya tümör süpresör olarak hareket edebileceği belirtilmiştir.
Tümör baskılayıcı genlerin downregülasyonu ve CpG dinükleotidlerindeki
promotör hipermetilasyonu tümörogenezis için önemli bir mekanizmadır. Bir
diğer epigenetik düzenleme olan miRNA’ların, promotör bölgelerdeki anormal
metilasyonu ve histon modifikasyonları gibi epigenetik mekanizmaları
düzenleyebileceği bildirilmiştir.
Çalışmamızda, güncel veri tabanları ile DNA metilasyonunda görevli olan
DNA metiltransfreazları ve metil bağlayan proteinleri hedefleyen miRNA’lar
tespit edildikten sonra bu miRNA genlerindeki varyantlar belirlenmiş ve sonuç
olarak DNMT’ler ve MBD’leri hedefleyen 22 miRNA geni ile 37 SNP
ilişkilendirilmiştir. Çalışmamızda da miRNA genlerine ait bu varyantlar ile
akciğer kanseri ile ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
Bu amaçla çalışmamıza 90 sağlıklı kontrol birey ve 90 akciğer kanseri
hastası dahil edildi. EDTA’lı tüplere alınan kan örneklerinden DNA izole edildi
ve bu DNA’lar Sequenom MassARRAY sistemi ile genotiplendirildi. Hastaların
genetik varyasyon tipleri ve demografik özellikleri uygun istatistiksel
yöntemler ile değerlendirildi.
MeCP2 proteinini hedefleyen miR3202 geni rs188912830 varyantı hem
akciğer kanseri hem de alt tipleri ile ilişkili bulunmuştur. C aleli varlığı akciğer
kanseri hastalarında ve alt tiplerinde anlamlı oranda düşük olup C aleli
yokluğunun varlığına göre 7,429 kat riskli olduğu belirlendi. DNMT3B’yi hedefleyen miR1274a geni rs318039 genetik varyantı ile
akciğer kanseri alt tipleri arasında anlamlı oranda fark bulundu. Alel
dağılımları karşılaştırıldığında C aleline sahip olan birey sayısı NSCLC ve SCLC
alt gruplarında anlamlı oranda düşüktü.
DNMT3A’yı hedefleyen miR200b geni rs72563729 varyantı ve TRDMT1’i
hedefleyen miR513c’nin rs145416750 varyantı ile akciğer kanseri ve alt
tipleri karşılaştırıldığında genotip ve alel dağılımları yönünden fark
bulunmadı. Çalışmamızdaki diğer 33 varyasyon için tüm bireyler atasal
genotipe sahipti.
Sonuç olarak rs188912830 ve rs318039 varyasyonlarının akciğer kanseri
ve alt tipleri ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Araştırmamız DNA metilasyon
mekanizmasını hedefleyen diğer miRNA gen varyantlarının da fonksiyonel
karakterizasyonunun yapıldığı ilk çalışma olması nedeniyle önemlidir.
Lung cancer (LC) is a disease that develops by uncontrolled cell growth
in tissues of the lung and the most common cause of cancer-related death.
Most significant risk factors for LC are tobacco smoke, genetic factors, radon
gas and asbestos.
MicroRNAs are highly conserved, non-protein-coding, 18-24 nucleotides
length, small RNAs. miRNAs bind target mRNAs which are complementary to
their sequences and post-transcriptionally regulate gene expression through
translational repression or mRNA degradation. Several observations link
dysregulation of miRNA expression to the development and progression of
tumors and miRNAs can act as oncogenes or tumor suppressors.
The hypermethylation of CpG-dinucleotides in the promoter of genes
and downregulation of tumor suppressors are important for tumorogenesis.
It has been reported that being a type of epigenetic modifier, miRNAs, may
regulate epigenetic mechanism including abnormal methylation of the
promoter regions or histone modifications.
In our study, we used current data bases and determined miRNAs that
targets DNMTs and MBDs involved in DNA methylation. In addition, genetic
variants of this miRNA sequences were scanned and 37-SNPs on 22-miRNA
genes that targets DNMTs and MBDs were determined. The aim of our study
was to determine of association between these variants of miRNA genes and
LC.
Accordingly, 90-controls and 90-patients were included in our study.
DNAs were isolated from blood samples and these DNA samples were
genotyped by Sequenom MassARRAY System. The demographic
characteristics of patients and types of genetic variation were evaluated by
appropriate statistical methods.
The association between rs188912830 gene variant of miR3202
targeting MeCP2 protein and LC has been indicated both subtypes. The
presence of C allele in patients with LC and its subtypes was significantly
lower and the absence of C-allele was determined to be hazardous 7,429-
times compared to presence.
Significant association between rs318039 gene variant of miR1274
targeting DNMT3b and subtypes of LC were determined. When allele
distributions were compared, the number of individuals with C-allele was
significantly lower in the subgroups. No significant association was found for rs72563729 variant of miR200bgene
targeting DNMT3a and rs145416750 variant of miR513c-gene targets
TRDMT1 in terms of genotype and allele-distribution when compared to
subtypes of LC. All individuals were found to be ancestral genotypes
regarding other 33-variations.
Consequently rs188912830 and rs318039 variations have been
determined to be associated with subtypes of LC. Our research is important
due to being the first study to indicate the functional characterization of gene
variants of miRNA genes targeting DNA methylation.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Akciğer Kanseri
DNA Metilasyonu
DNA Metiltransferazlar
Metil Bağlayan Proteinler
miRNA
SNP
Lung Cancer
DNA Methylation
Methyl Binding Proteins
DNA Methyltranferases
DNA metiltransferaz ve metil bağlayan bölge proteinlerini hedefleyen mirna gen polimorfizmlerinin akciğer kanseri ile ilişkisinin belirlenmesi
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/985
2017-02-02T01:00:09Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Saadat, Selva Moheb
2017-02-01T11:49:00Z
2017-02-01T11:49:00Z
2013-02
http://hdl.handle.net/11684/985
Parkinson Hastalığı (PH), geç-başlangıçlı, ilerleyici karakter gösteren, ailesel ve
sporadik olarak görülebilen nörodejeneratif bir hastalıktır. Beynin substantia nigra (SN)
pars kompakta bölgesinde bulunan dopaminerjik nöronların dejenerasyonu hastalığın
temel özelliğidir, dopaminerjik nöronlarda bulunan hücre-içi protein agregatları (Lewy
cisimcikleri) nöropatolojik olarak PH’nın ayırıcı kriteridir. Parkinson Hastalığı,
Alzheimer hastalığından sonra en sık görülen nörodejeneratif hastalıktır.
Bu hastalık kronik, progresif nörodejeneratif bir hareket hastalığıdır. 65 yaş üstü
yaşlı populasyonda %1 sıklığında görülmektedir. Bazal ganglion ve subkortikal
nükleusların dejenerasyonu sonucu postural reflekslerde azalma, rijidite gibi hareket
bozuklukları ile konuşma, yutma bozuklukları ve kognitif fonksiyonlar, otonomik sinir
sistemi ile ilgili sorunlar ortaya çıkmaktadır.
Son yıllarda yapılan çalışmalarda Parkinsonlu hastaların beyninde demir ve
demir- bağlayıcı protein seviyelerinin arttığı belirtilmiştir. Demir taşımasında yer alan
en önemli proteinlerden biri Divalent metal transporter 1 (DMT1)’dir ve demirin
endojen taşınmasında görevlidir. Postmortem Parkinson hastalarının beyin SN’sinde
DMT1 seviyelerinin önemli ölçüde artış gösterdiği belirlenmiştir. Yapılan literatür
taramaları sonucunda, Parkinson Hastalığı ile Divalent Metal Transporter 1 (DMT1)
Geni Polimorfizmleri arasında bir ilişki olduğu düşünülmektedir. Ancak bu konuda
literatürde çok az bilgiye rastlanmış olup, ülkemizde de bu konu ile ilgili yapılan bir
çalışmaya rastlanılmamıştır. Bu nedenle hem DMT1 polimorfizmi ile parkinson
hastalığı arasında bir ilişki olup olmadığını belirlemek, hem de ilgili polimorfizmin
ülkemizdeki sıklığını belirlemek amacıyla bu tez çalışması planlanmıştır.
Çalışmamız kapsamında 97 Parkinson hastası ile 100 sağlıklı bireyden toplanan
kanlardan DNA izole edildi ve Parkinson Hastalığı ile DMT1 genin olası ilişkisini
araştırmak için, DMT1 geninde tespit edilen 1254T/C ve IVS4 + 44C/A polimorfizmleri
PCR yöntemi ile araştırıldı. Çalışmamız sonucunda, IVS4 + 44C/A polimorfizmi ile Parkinson Hastalığı arasında ilişki bulunamamakla birlikte, 1254T/C polimorfizmindeki
TT genotipinin Parkinson için risk faktörü olduğu belirlenmiştir.
Parkinson’s disease (PD) is a late-onset, progressive, familial and sporadic
neurodegenerative disorder. The main pathological characteristic of PD is the
degeneration of dopaminergic neurons in substantia nigra (SN) pars compacta. The
intracellular protein aggregates (Lewy bodies) found in surviving dopaminergic neurons
is another important criterium for the neuropathological diagnosis of PD. Parkinson’s
Disease, the second most common neurodegenerative disease worldwide after
Alzheimer disease, is the predominant movement disorder in world populations.
This disease is a chronic, progressive and neurodegenerative movement disorder.
It is seen 2% of the population over 65 years of age. As a result of degeneration of basal
ganglia and subcortical nuclei functions, some difficulties appear like decreasing
postural reflex, movement disorders like rigidity; speech, swallowing and cognitive
dysfunctions, and autonomic nervous system trouble.
Studies in the recent years have suggested an increase in iron and iron binding
protein levels in the brain of Parkinson’s disease patients. Divalent metal transporter 1
(DMT1) is one of the proteins that is responsible for iron transporting and attends in the
endogen transport. Postmortem studies have shown an important increase of DMT1
levels in the SN of Parkinson’s disease patients. Existing literature suggests a relation
between Parkinson’s disease and DMT1 gene polymorphisms. But there is a lack of
information from large series of patients and there is no data from Turkish patients.
consequently this thesis was planned to determine whether there is a relationship
between DMT1 polymorphism and parkinson's disease as well to specily the frequency
of the polymorphism in our contry.
In this study, we analyzed 1254T/C and Ivs4+44C/A polymorphisms of DMT1
gene in 97 Parkinson’s disease patients and 100 healthy controls to investigate a
possible relationship between the DMT1 gene and Parkinson’s disease. As a result,
there is no association were found between IVS4 + 44C / A polymorphism and Parkinson's disease. But we found that TT genotip in 1254T / C polymorphism is a risk
factor for Parkinson disease.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Parkinson
Divalent Metal Transporter 1
1254T/C ve IVs4+44C/A Polimorfizmileri
254T/C and IVs4+44C/A Polymorphisms
Parkinson hastalığı ile divalent metal transporter 1 (dmt1) geni polimorfizmleri arasındaki ilişkinin araştırılması
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/986
2017-02-02T01:00:15Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Özdemir, Zeynep
2017-02-01T11:49:03Z
2017-02-01T11:49:03Z
2013-01
http://hdl.handle.net/11684/986
Şizofreni kişinin ve ailesinin hayatını olumsuz yönde etkileyen ciddi bir toplum
sağlığı sorunudur. Etiyolojisi ve patogenezi tam çözülememiş olmasına rağmen
çevresel genetik faktörlerin şizofreni gelişiminde önemli olduğu belirlenmiştir.
Fibrinolitik sistem fibrin pıhtılarının azaltılması ve uzaklaştırılmasından sorumludur ve
bu olayda plazminojen önemli rol oynar. Plazminojen aktivatör inhibitör 1 (PAI-1)
plazminojen aktivasyonunu inhibe ederek proteolizi ve fibrinolizisi düzenler. PAI-1
seviyesindeki artış fibrinolitik aktivitenin artışına neden olmaktadır. PAI–1 düzeyindeki
artışın bu genin promotor bölgesinde -675’de yer alan 4G/5G polimorfizmine neden
olan 4G aleli ile ilişkilendirilmiştir. Kan koagülasyon faktörleri ve şizofreni arasında
muhtemel bir ilişki olmakla birlikte, akut ve kronik şizofreni hastalarında plazminojen
seviyesinin azaldığı ve bu hastalarda stres bağımlı trombozların PAI-1 tarafından regüle
edildiği gösterilmiştir.
Bu çalışma şizofreni hastalarında plazminojen aktivatör inhibitör tip-1 (PAI-1)
geni 4G/5G polimorfizm sıklığını belirleyerek bunun şizofreni gelişiminde genetik
yatkınlık yönünden ilişkili olup olmadığını araştırmak amacıyla planlandı.
Çalışmada; Şizofreni tanısı konan 100 hasta ve 50 sağlıklı bireyden alınan venöz
kan örneklerinden tuz-ekstraksiyon yöntemi kullanılarak elde edilen genomik DNA
analiz edildi. PCR metodu ile PAI-1 geni 4G/5G baz çiftleri ilgili primerler kullanılarak
çoğaltıldı. PCR ile çoğaltılan örnekler PAI-1 ürünü için %2’lik agaroz jel
elektroforezinde yürütülerek, CCD (Charge Coupled Device) kamera ile değerlendirildi.
4G primeri ile 139 bç de bant verenler 4G homozigot, 5G primeri ile 139 bç de bant
verenler 5G homozigot, her ikisinde de bant verenler 4G/5G heterozigot olarak
belirlendi.
Çalışma sonunda bulgularımız, PAI-1 geni genotipleri ile hastalık arasında
istatistiksel olarak anlamlılık olduğunu göstermekle birlikte, alel frekansı ile hastalık
arasında anlamlı bir ilişki bulunmadığını göstermektedir. Şizofreni oluşumu, çevresel etkenler ve diğer genlerin etkileşimi ile birlikte birçok genetik varyantın katkısının
olabileceği çok etkenli bir durumu açıklar. Bu nedenle, polimorfizm çalışmalarının
geniş popülasyonlarda daha anlamlı sonuçlar verdiği bilgisine dayanarak, hasta
sayısının artırılması ve gen bölgesi ile ilgili diğer polimorfizmlerin de çalışılması,
böylece çeşitli toplumlardan elde edilecek farklı bulguların şizofreni ile PAI-1 geni
4G/5G polimorfizmi etkileşimlerini açıklamak için gerekli olduğunu düşünmekteyiz.
Schizophrenia is a public health problem that affecting negatively both
individual and family. Despite its pathology and etiology is not fully understood,
environmental genetic factors are were determined to be important in the development
of schizophrenia. Fibrinolitic system is responsible for reducing and removing of
coagulum. Plasminogen activator inhibitor 1 (PAI-1) regulates proteolysis and
fibrinolysis by inhibition of plasminogen activation. PAI-1 level increase causes the
increase of fibrinolytic activity. Increase in the level of PAI-1 is associated with 4G
allele that causes 4G/5G polymorphism in the region of -675 promoter site. There is a
possible association between coagulation factors and schizophrenia, it was reported that
plasminogen levels were reduced in acute and chronic schizophrenia patients and stressdependent
thrombosis was regulated by PAI-1 in these patients.
This study was carried out to determine frequency of plasminogen activator
inhibitor type-1 (PAI-1) gene 4G/5G polymorphism and planned to investigate whether
this gene associated with genetic predisposition of development of schizophrenia with
genetic predisposition of schizophrenia or not.
In this study, genomic DNA samples obtained from 100 patients with
schizophrenia and 50 healthy subjects were analyzed. Genomic DNA was prepared
from peripheral blood using the salt-extraction method. The presence of the 4G/5G
polymorphism in the PAI-I gene was determined using the polymerase chain reaction
(PCR) method. PCR products were separated by 2% agarose gel electrophoresis and
visualized by a charge-coupled device (CCD) camera. Samples identified according to
whether they have 139 bp band or not. Samples that produced 139 bp band with 4G
primer were identified as homozygous 4G genotype, samples that produced 139 bp band
with 5G primer were identified as homozygous 5G genotype, samples that produced
139 bp band with both 4G and 5G primer were identified as heterozygous 4G5G
genotype. Our findings show not only there is a statistical significance between PAI-1 gene
genotypes and the disease but also show there is no association between allele frequency and the
disease. Environmental factors and other genes in the formation of schizophrenia with
lots of interaction may be due to the effect of a genetic variant can contribute a lot to
explain. As a result, polymorphism studies based on knowledge of the wide range of
patient populations, increasing the number of more meaningful results and other related
gene polymorphisms on the need for work to be obtained so that the different findings
in the various communities of PAI-1 gene 4G/5G polymorphism with schizophrenia
seem to be necessary to explain the interaction.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Şizofreni
PAI-1 Geni
4G/5G Polimorfizmi
Schizophrenia
PAI-1 Gene
4G/5G Polymorphism
Şizofreni hastalığı ile plazminojen aktivatör inhibitör-1 geni (pai-1) 4g/5g polimorfizmi arasındaki ilişkinin araştırılması
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1079
2017-08-22T00:00:18Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Işık, Musap
2017-08-21T12:17:53Z
2017-08-21T12:17:53Z
2016-12
http://hdl.handle.net/11684/1079
Bu çalışmada sıçanlarda deneysel stres modeli ile indüklenen gastrik lezyonlara karşı probiyotik Lactobacillus rhamnosus GG (ATCC 53103)’ nin koruyucu etkileri araştırılmıştır.
Bu çalışmada sağlıklı, 8-9 aylık ve ortalama 420 gr ağırlığında Wistar albino erkek sıçanlar arasından rastgele seçimle her birinde n=7’şer sıçan olmak üzere toplam 6 grupta toplam 42 adet sıçan kullanılmıştır. Sıçanlar Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıbbi ve Cerrahi Araştırma Merkezi’nden alınmıştır. Deneysel çalışmalar Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı’nda yapılmıştır. Sıçanların uyum sağlaması açısından 1 hafta beklenmiştir. Uygulamalar süresince tüm deney hayvanları 12/12 aydınlık/ karanlık ışıklandırması olan, sıcaklığı (22± 2 C) ve nemi (%45- 50) optimize edilmiş odalarda, polikarbonat şeffaf kafeslerde standart pellet yem ile beslenip çeşme suyu verilerek yaşatılmıştır.
Kontrol ve stres grubuna oral yolla 1 hafta boyunca serum fizyolojik (1 ml/gün) verildi. Pantoprazol grununa oral yolla 1 hafta boyunca 4mg/ml/gün pantoprazol verildi. M1 grubuna 3x108 cfu/ml, M5 grubuna 15x108 cfu/ml, M10 grubuna 30x108 cfu/ml dozda Lactobacillus rhamnosus GG oral yolla günde 1 defa 1 hafta boyunca verildi. Kontrol grubunda deney hayvanları 8. gün etik kurallar dahilinde eter anestezisi altında bayıltıldı, intrakardiyak yolla kalpten kan alındı ve bu yolla sakrifiye edildi ve diseksiyon gerçekleştirildi. Kontrol grubu dışındaki tüm gruplar 8. gün 24 saat aç bırakıldı ancak su verilmeye devam edildi, 23. saatin sonunda su verimi durduruldu. 9. gün sıçanlar tel kafesler içinde hareket etmeyecek şekilde (soğuk + immobilizasyon) + 4 oC’de 4 saat tutularak stres ülseri yapıldı ve sonra sıçanlar etik kurallar dahilinde eter anestezisi altında bayıltıldı, intrakardiyak yolla kalpten kan alındı ve bu yolla sakrifiye edildi ve diseksiyon gerçekleştirildi.
Mide dokusunda ülserleşme oranı stres grubunda yüksek oranda (83.5±18.42 mm2) bulunurken M5 grubunda (5.03±4.62 mm2) kontrol grubuna yakın değerde bulundu. Stres grubundaki asidik pH değerini (3.26±0.71) M5 grubunda Lactobacillus rhamnosus GG bakterisinin azalttığı (4.75±1.60) görülmüştür. Serumda glukokortikoid (GK) seviyesi stres grubunda (45.76±14.50 ng/L) pantoprazol grubuna göre (26.47±4.84 ng/L) önemli düzeyde yüksek oranda görülmüştür. Mide dokusunda katalaz (KAT), süperoksit dismutaz (SOD) ve malondialdehit (MDA) seviyelerinde kontrol grubuna göre önemli bir değişiklik gözlenmemiştir. Glutatyon peroksidaz (GSH-Px) seviyesinin pantoprazol grubuna (50.04±9.21 U/ml) göre stres (76.52±10.62 U/ml) ve M5 grubunda (76.54±20.37 U/ml) önemli düzeyde yüksek oranda olduğu görülmüştür. Nitrik oksit (NO) seviyesinin M5 grubunda (43.01±8.76 μmol/L) pantoprazol grubuna (24.08±1.21 μmol/L) göre önemli düzeyde yüksek oranda olduğu görülmüştür. Midenin epitel dokusunda yoğun hücresel hasar stres grubunda bulunurken kontrol grubuna kıyasla midenin epitel dokusunda en az hücresel hasar M5 grubunda görülmüştür. Kontrol grubu ve M5 grubuna ait mide preparatlarında benzer oranda mast hücreleri izlenirken, stres grubunda, kontrol grubu ve M5 grubuna oranla daha fazla sayıda mast hücresi izlenmiştir. Bu çalışmada stres kaynaklı ülseri önlemede Lactobacillus rhamnosus GG (ATCC 53103) bakterisinin kullanılabileceği gösterilmiştir.
In this study, protective effects of probiotic Lactobacillus rhamnosus GG (ATCC 53103) were investigated against gastric lesions by induced experimental stress model in rats.
In this study, Wistar albino male rats were used and they were 8-9 mounths old and had 420 gr weight. Each group had 7 rats and totaly 42 rats used in 6 groups. Rats have been taken from Eskişehir Osmangazi University Medical and Surgical Research Center and the experiment carried out in Eskişehir Osmangazi University, Faculty of Medicine, Department of Medical Biology. Rats were waited to accommodate to their new home for a week. During the practices all experimental animals in polycarbonate cages lived in a room having 12/12 light/dark, (22± 2 C) temperature, (%45- 50) humidity and were given standard pallet feed and tap water.
Control and stress groups were given with saline orally (1ml/per day) for a week. Pantoprazole group were given pantoprazole 4 mg/ml/per day for a week. Bacteria groups were given 3x108 cfu/ml (M1 group), 15x108 cfu/ml (M5 group), 30x108 cfu/ml (M10 group) Lactobacillus rhamnosus GG orally for a week. In the control group, the experimental animals were etherized and intracardiac blood taken from the heart and were sacrificed by this way under ether anesthesia on the 8th day within ethic rules and dissection was performed. All groups except the control group were fasted for 24 hours on day 8th, but continued to given water, the water wasn’t given at the end of 23 hours. On 9th day rats put to wire nettings as motionless and the wire nettings were put to refrigerator to keep at + 4 ° C for 4 hours (cold + immobilization). After the cold + immobilization the experimental animals were etherized and intracardiac blood taken from the heart and were sacrificed by this way under ether anesthesia on the 8th day within ethic rules and dissection was performed.
In the stomach tissue, ulceration rate was found in high level in stress group (83.5±18.42 mm2) and was found similar to control group in M5 group (5.03±4.62 mm2). Lactobacillus rhamnosus GG decreased the acidic pH level of the stress group (3.26±0.71) in the M5 group (4.75±1.60). In the serum, glucocorticoid level was found at a significant level in the serum group (45.76±14.50 ng/L) when compared to the pantoprazole group. In the stomach tissue in levels of catalase (CAT), superoxide dismutase (SOD) and malondialdehyde (MDA) was not observed a significant change when compared to the control group. Glutathione peroxidase (GSH-Px) level was found at a significant level in the serum group (76.52±10.62 U/ml) and M5 group (76.54±20.37 U/ml) when compared to the pantoprazole group (50.04±9.21 U/ml). Nitric oxide (NO) level was found at a significant level in the M5 group (43.01±8.76 μmol/L) when compared to the pantoprazole group (24.08±1.21 μmol/L). The most intensive cellular damage in gastric epithelial tissue was found in the stress group and minimum cellular damage in gastric epithelial tissue was observed in the M5 group. In control and M5 groups, mast cells were observed at the similar rate. When compared to the control group and the M5 group, more much mast cells were observed in the stress group, pantoprazole group, M1, and especially M10 group.
In this study, it has been showed that Lactobacillus rhamnosus GG (ATCC 53103) can be used to prevent stress-induced gastric ulcer.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Stres
Ülser
Probiyotik
Laktobasillus
Oksidatif Stres
Antioksidan
Stress
Ulcer
Probiotic
Lactobacillus
Oxidative Stress
Antioxidant
Deneysel stres modeliyle indüklenen gastrik lezyonlara karşı lactobacillus rhamnosus’un koruyucu etkilerinin araştırılması
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1261
2018-01-10T01:00:28Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Çalış, İbrahim Uğur
2018-01-09T07:46:07Z
2018-01-09T07:46:07Z
2016-01
http://hdl.handle.net/11684/1261
Sfingomyelin (SM), seramid, sfingozin ve sfingozin-1-fosfat (S1P) gibi hücre zarının akışkanlığının düzenlenmesinde önemli yapısal rol oynayan sfingoid tabanlı lipit ailesinin üyeleri olan sfingolipidler kanserin çeşitli aşamalarında etkili olmaktadır.
Meme kanseri kadınlar arasında görülen en ölümcül kanserlerden biridir. Kanserin metastazı meme kanserli hastalarda kötü prognoz için önemli bir nedendir. Kanser, etrafını saran dokunun parçalanmasıyla kolaylaşan bölgesel invazyon, hücrelerin primer tümörden ayrılması, dolaşım (kan ve lenf) içine girmesi, ekstravazasyon, tekrar tutunma ve son olarak da anjiyogez gibi hücresel davranışların karmaşık serilerinden oluşur.
Bu tezde kullanılan MCF-7 ve MDA-MB-231 hücreleri farklı karakterlere sahip hücrelerdir. Bu hücrelerden MCF-7 hücreleri östrojen duyarlı ve zayıf invaziv, diğer hücre dizisi MDA-MB-231 hücreleri ise östrojen duyarsız ve güçlü invaziv hücrelerdir. Bu farklı özellikleri nedeniyle, MCF-7 ve MDA-MB-231 hücreleri normal meme kanseri ve metastatik meme kanseri için model olarak seçilmiştir. Araştırmada MCF-7 ve MDA-MB-231 hücrelerinden 5’er grup oluşturuldu. Kontrol, non-target (hedefe yönelik olmayan siRNA, NT), S1P1’i susturulan grup, S1P3’ü susturulan grup ve S1P1 ile S1P3’ü birlikte susturulan gruplarda, uygulamanın 24,48 ve 72. saatlerindeki hücrelerin çoğalma (proliferasyon), tutunma (adezyon), canlılık (viability) ve lateral motiliteleri belirlendi.
MCF-7 ve MDA-MB-231 hücrelerinde tüm saatlerde S1P1 ile S1P3’ün tek tek ve birlikte susturması ile gruplardaki hücrelerin % canlılığının azaldığı gözlendi. MCF-7 hücrelerinin proliferasyonunda önemli bir değişiklik belirlenmezken, MDA-MB-231 hücrelerinin proliferasyonunda S1P1 ile S1P3’ü birlikte susturulduğu grupta istatistiksel olarak anlamlı azalmalar tespit edildi. MCF-7 hücrelerinin adezyonunda S1P1 ile S1P3’ü birlikte susturulduğu grupta azalma gözlenirken, MDA-MB-231 hücrelerinde S1P1 ile S1P3’ü birlikte susturulduğu grup adezyonu artırmıştır. MCF-7 ve MDA-MB-231 hücrelerinin lateral motilitesi her iki hücrede her saatte S1P1’in, S1P3’ün ve S1P1 ile S1P3’ü birlikte susturulan gruplarda istatistiksel olarak azalttı.S1P ve reseptörlerinin kanser ilerlemesi ve metastazında kritik rolleri vardır. Meme kanserinde bu moleküller arasındaki etkileşim, hasta sağkalım oranının düşmesi ve ilaç direnci gelişiminden sorumlu tutulmaktadır. Bu ilişkinin anlaşılmasıyla S1P ve reseptörlerini inhibe edici yeni terapötik ajanların keşfi kanser ve metastazına karşı yeni terapötik stratejiler için fırsat sunabilecektir.
Sphingolipids such as sphingomyelin (SM), ceramide, sphingosine and sphingosine-1-phosphate (S1P), which belong to the sphingoid based lipid family, have important structural functions in regulation of cell membrane fluidity, and they play role in various stages of cancer.
Breast cancer is one of the most lethal cancers of women. Cancer metastasis is an important cause of poor prognosis in patients with breast cancer. Cancer, separation of cells from the primary tumor involves a series of complex cellular behaviors such as local invasion facilitated by breakdown of surrounding tissue, entry into circulation (blood or lymph), search, extravasation, reattachment, and finally angiogenesis.
MCF-7 and MDA-MB-231 cells used in this thesis have different characteristics. MCF-7 cells are estrogen-sensitive and weakly invasive, while MDA-MB-231 cells are estrogen-non-sensitive and strongly invasive. Owing to their different properties, MCF-7 and MDA-MB-231 cells were selected as models for normal breast cancer and metastatic breast cancer. In this study five groups were created from each of MCF-7 and MDA-MB-231 cells. Control, non-target (non-targeted-siRNA, NT), S1P1 suppressed group, S1P3-suppressed group, S1P1 and S1P3-suppressed groups were examined for cellular proliferation, adhesion, viability and lateral motility at 24th, 48th and 72nd hours of application.
In MCF-7 and MDA-MB-231 cells, % viability of the cells in groups was found to be reduced at all hours, by suppression of S1P1 and S1P3 either alone or together. While there was no significant change in proliferation of MCF-7 cells, proliferation of MDA-MB-231 cells showed statistically significant reduction in the S1P1-and-S1P3-suppressed group. While there was reduction in adhesion of MCF-7 cells in S1P1-and-S1P3-suppressed group, adhesion of MDA-MB-231 cells was increased in S1P1-and-S1P3-suppressed group. Lateral motility of both MCF-7 and MDA-MB-231 cells was statistically reduced in S1P1-suppressed, S1P3-suppressed and S1P1-and-S1P3-suppressed groups at every hours.
S1P and its receptors have critical roles in cancer progression and metastasis. Interaction between these molecules is held responsible for reduced survival rates and development of drug resistance in breast cancer. Through understanding this interaction, discovery of new therapeutic agents to inhibit S1P and its receptors would provide opportunities for new therapeutic strategies against cancer and its metastasis.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
S1P
S1P1
S1P3
siRNA
Meme Kanseri
MDA-MB-231
MCF-7
Breast Cancer
Meme kanserinin metastazında sfingozin 1-fosfat ve reseptörlerinin rolü
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1808
2021-03-05T01:00:18Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Şimşek, Cansu
2021-03-04T10:10:22Z
2021-03-04T10:10:22Z
2005
http://hdl.handle.net/11684/1808
Tip II diyabet artmış mortalite ve morbidite ile ilişkili önemli bir hastalıktır. Bu metabolik hastalık hedef dokulardaki insulin rezistansı ve pankreatik insulin salgılanmasındaki bozuklukların bir sonucudur. Diabetes mellitusun (DM) patogenezinde oksidatif stres de önemli bir role sahiptir.
Bu çalışmanın amacı, STZ-NA ile oluşturulan tip II diyabetik sıçanlarda, Stevia rebaudiana Bertoni yaprak ekstresi (SrB) ve N-Nitro-L-Arginin (L-NNA) ’in trigliserit, kolesterol ve HbA1c gibi biyokimyasal parametrelere, kan glukoz seviyesine ve diyabetin erken evresinde meydana gelen renal filtrasyondaki değişiklikleri belirlemekti. Bu çalışmada 2-3 aylık dişi Sprague-Dawley sıçanları kullanıldı. Her bir grupta 12 sıçan bulunan 7 grup oluşturuldu. Bu grupların 3’ü kontrol, 4’ü deney grubu olarak düzenlendi. Dört grupta, streptozotozin (STZ) ve nikotinamid’in (NA) sistemik olarak uygulanması ile diyabet uyarıldı. Diyabetin uyarılmasından 5-8 hafta sonra deneye başlandı. On beş gün boyunca diyabetik gruplar SrB, L-NNA ve SrB + L-NNA ile tedavi edildi. Deneyden sonra, eter anestezisi altında, karaciğer, pankreas ve böbrek dokuları, idrar ve kan örnekleri uygun teknikler kullanılarak toplandı.
Renal filtrasyondaki değişiklikler, idrar pH, idrar hacmi, serum kreatinin, idrar kreatinin ve kreatinin klerensi analiziyle belirlendi. Hücresel antioksidan savunma sistemindeki deşiklikler, glutatyon peroksidaz (GPx), süperoksit dismutaz (SOD) ve katalaz (CAT) gibi antioksidan enzimlerin eritrosit hemolizatında ölçülmesiyle belirlendi. Bununla birlikte serumda nitrik oksit sentaz (NOS) ve lipit peroksidasyonunun bir göstergesi olarak eritrosit hemolizatında malondialdehit (MDA) seviyesi ölçüldü.
Sonuçlarımız, uzun yıllardır Brezilya, Paraguay ve Hindistan’da diyabet tedavisinde kullanılan SrB bitkisinin, kan glukoz konsantrasyonunu düşürerek, renal filtrasyondaki değişiklikler, kan ve serum parametleri ve histolojik yapı üzerine olumlu etkilerinin olduğunu göstermiştir. L-NNA ise benzer etkilere sahip olmakla birlikte etkisi SrB’ye göre daha düşüktür.
Bu bulgular, SrB tedavisinin diyabette pankreatik - hücre bütünlüğünü koruyarak ve oksidatif stresi azaltarak koruyucu etkiye sahip olduğunu gösterir.
Type II diabetes is recognized as a major health problem associated with increased morbidity and mortality. This metabolic disorder results from insulin resistance in target tissues and impairment of pancreatic insulin secretion. It has been believed that oxidative stress plays a role in the pathogenesis of diabetes mellitus (DM).
The aim of the present study was to determine the effects of L-NNA and extract of Stevia rebaudiana Bertoni leaves on some biochemical parameters such as triglyseride, cholesterole and HbA1c, blood glucose levels and the changes in renal filtration that occur in the early stages of DM in STZ-NA induced diabetic rats. Female Sprague-Dawley rats of 2–3 months of age were used in this experiment. They were randomly divided in to seven groups, each consisting twelve rats and three groups were control. In the four groups, diabetes was induced by systemic administration of nicotinamid (NA) and streptozotocine (STZ). Animals were used for the experiments 5–8 weeks after diabetes was induced. Diabetic groups were treated with SrB, L-NNA and SrB + L-NNA during 15 days. After the experiments liver, pancreas and kidney tissue, urine and blood samples were collected from the rats using appropriate techniques under ether anaesthesia.
A change in renal filtration was determined by analysing urine pH, urine volume, serum creatinine, urine creatinine and creatinine clearance. We determine the changes of cellular antioxidant defence system, antioxidant enzymes such as glutathione peroxidase (GPx), superoxide dismutase (SOD) and catalase (CAT) activities were measured in erythrocyte hemolyzate. Moreover we also measured serum nitric oxide synthase (NOS) and erythrocyte hemolyzate malondialdehyde (MDA) levels, a marker of lipid peroxidation, if there is an imbalance between oxidant and antioxidant status.
Our results shown that the extract of SrB, which have been used for many years in the treatment of diabetes in Brazil, Paraguay and India, have a constructive effect on changes in renal filtration, blood and serum parameters and histological structure by decrease the blood glucose concentration. L-NNA is also effect but this effect was less than SrB.
These findings suggest that SrB treatment has protective effect in diabetes by decreasing oxidative stress and preservation of pancreatic -cell integrity.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Tip II Diyabet
Nitrik Oksit Sentaz
Stevia rebaudiana Bertoni
N-Nitro L-Arginin
Stevia rebaudiana bertoni ekstresi ve N-nitro-L-arginin L-NNA' in deneysel diyabet ve nitrik oksit sentaz üzerine etkileri
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3126
2022-06-11T00:00:12Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Ak, Ayşe
2022-06-10T13:01:43Z
2022-06-10T13:01:43Z
2006
http://hdl.handle.net/11684/3126
Kadınlarda sık görülen kanser tipi olan meme kanseri, kanser ölümleri arasında ikinci sıradadır. Genetiksel olarak bir çok anomali yanında, telomer ve telomeraz aktivitesinde olan anomaliler de, meme kanseri ve diğer bazı kanserlerden sorumludur. Kanserli dokularla yapılan çalışmalarda telomeraz aktivitesinde artış tesbit edilmiştir. Örneğin, meme karsinomalarının %73, hepatosellüler karsinomalarının %85 ve nöroblastomaların %94’ünde telomeraz aktivitesinin arttığı belirlenmiştir.Tamoksifen meme kanserinin hormonal tedavisinde kullanılan etkili bir ilaçtır. Bir flavonoid olan kersetin, kardiyovasküler koruma, anti-kanser ve anti-viral aktivite, anti-ülser, anti-allerjik ve anti-inflamatuar etki ve katarakt oluşumunu önlemek gibi, insan sağlığında bir çok yararlı etkiye sahiptir.
Çalışmamızda, fare fibroblast hücre dizisi (NIH-3T3) ve östrojen reseptör pozitif meme kanseri hücre dizisi (MCF-7)’nde, kersetin ve tamoksifenin telomeraz aktivitesi üzerine olan etkilerinin araştırılması amaçlandı.
Flasklarda çoğaltılan hücreler, sayım ve santrifüjden sonra 24 kuyucuklu plakalara, her kuyucukta 200.000 hücre olacak şekilde ekildi. 24 saat sonra kersetin ve tamoksifenin 10, 50, 100 µM dozları, ayrı ayrı bu kuyucuklara uygulandı. Uygulamadan 48 ve 72 saat sonra, hücre dizilerinden elde edilen hücre ekstraktlarında TeloTAAGGGPLUS PCR-ELİSA (Roche) kit metoduna uygun olarak, PCR ürünleri poliakrilamid jelde yürütüldü. Elde edilen bantlar gümüş boyama yöntemi ile görünür hale getirildi. Bunu takiben telomeraz aktivitesi, TeloTAAGGGPLUS PCR-ELİSA kiti kullanılarak ölçüldü.
Sonuçta, kersetin ve tamoksifenin her ikisinin de, östrojen bağımlı olmayan NIH-3T3 hücre dizilerinde telomeraz enzim aktivitesini belirgin bir şekilde etkilemedikleri, buna karşın, östrojen bağımlı olan MCF-7 hücre dizilerinde, bu aktiviteyi baskıladıkları, bu baskılamada kersetinin, tamoksifen kadar etkili olmadığı belirlendi.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Kersetin
Meme Kanseri
Tamoksifen
Telomeraz Aktivitesi
MCF-7 VE NIH-3T3 Hücrelerinde Quercetin (3,3’,4’,5,7-Pentohidroksiflavon)’İn Telomeraz Enzim Aktivitesi Yönünden Etkilerinin Tamoksifen İle Kontröllü Olarak Değerlendirilmesi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3087
2022-06-10T00:00:18Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Coşan, Didem
2022-06-09T12:48:40Z
2022-06-09T12:48:40Z
2006
http://hdl.handle.net/11684/3087
Hücre bölünmesinin belli bir sayıdan sonra son bulması veya kesintisiz
devam etmesi, telomer boy uzunlugu ve telomeraz aktivitesi ile iliskilidir. Telomeraz
enzim kompleksi bir ribonükleoprotein kompleksi olup, yapısında telomeraz RNA’sı
(TR, TERC), telomeraz proteini (TERT) ve yardımcı proteinler bulunur.
Siyalik asitler, hücrelerin birbirini tanımasında, nöron gelisiminin
uyarılmasında, hücre göçü ve hücreler arası bütünlügünün saglanmasında görev alırlar.
Kanser metastazı ve malignansilerde telomeraz aktivitesi ve siyalik asidin
normal dokulara göre artmıs olarak bulunması, bu iki parametrenin tümör marker’ı
olarak kullanılabilecegini göstermektedir.
Çalısmamızda, insan glioma (DK-MG) ve sıçan glioma (C6) hücre dizisi
kültürlerinden elde edilen hücre ekstratlarında; telomeraz aktivitesi, siyalik asit düzeyi,
hücre zarında nöronal hücre baglantı molekülü NCAM’ın varlıgı, telomeraz RNA’sı
(TR) ve telomeraz revers transkriptaz (TERT) ekspresyonunu degerlendirerek,
telomeraz aktivitesi ile siyalik asit düzeylerinin pasajdan pasaja gösterdikleri
degisimleri incelemeyi amaçladık.
Çalısmamızda kullandıgımız DK-MG hücre dizisi için RPMI, C6 hücre
dizisi için DMEM/F12 besiyeri kullanılarak hücreler 37oC’de CO2’li etüvde inkübe
edildi. 3.,6.,9.,12 ve 15. pasajlarda TRAP yöntemi ile telomeraz aktivitesi belirlendi.
Siyalik asit miktarları spektrofotometrik olarak ölçülerek tesbit edildi. Ayrıca bu
örneklerde telomeraz aktivitesinin sonuçlarını desteklemek için RT-PCR yöntemi ile
TERT, TR ekspresyonları ve immunohistokimyasal boyama yöntemi ile de hücre
zarındaki NCAM gösterildi.
Çalısmamızda, DK-MG ve C6 hücre dizilerinin ilerleyen pasajlarında, her
iki hücre dizisinde, telomeraz aktivitesi ve siyalik asidin birbirine paralel olarak arttıgı
gözlendi. TR ve TERT ekspresyonları pozitif olarak bulundu. NCAM, birbirlerine
benzer sekilde boyandı. Kültüre edilen her iki glioma hücre dizisinin ilerleyen
x
pasajlarında telomeraz aktivitesi ve siyalik asidin artması, malignansi ve invazyonda
olan artıs ile iliskilendirilebilir. Glial tümör hücre dizilerinin ilerleyen pasajlarında,
telomeraz aktivitesinde görülen artıs sürekli olmayıp inis ve çıkıslar göstermektedir.
Siyalik asit miktarı ise, telomeraz aktivitesine göre, ilerleyen pasajlarda, daha düzenli
olarak artmaktadır. Bu nedenle glial tümörler için yapılan tetkiklerin yanında, telomeraz
aktivitesi ve özellikle siyalik asit miktarı tesbitinin, tümörün durumunu belirlemede ve
tedaviyi yönlendirmede destekleyici bir parametre olarak kullanılabilecegi
kanaatindeyiz.
Termination or non-stop continuation of the cell cycle is related to telomere
length and telomerase activity. Telomerase is a ribonucleoprotein complex, and it
contains telomerase RNA (TR, TERC), telomerase protein (TERT) and associated
proteins.
Sialic acids play a role in the recognition of cells each other, cell migration
and maintenance of inter-cellular integrity.
Telomerase activity in metastases and malignancies, and increased sialic
acid levels compared with normal tissues indicate that these parameters could be used as
tumor markers.
In our study, we evaluated telomerase activity, sialic acid levels, existence
of neuronal cell adhesion molecule (NCAM) in cell membrane, expression of
telomerase RNA and telomerase reverse transcriptase in cell extracts from the human
(DK-MG) and rat (C6) glioma cell lines. We purposed to investigate the alterations of
telomerase activity and sialic acid levels in the cell line passages to passages.
Cells were incubated in RPMI and DMEM/F12 growth mediums for DKMG and C6 cell lines, respectively, at 37oC in a CO2 contained incubator. Telomerase
activity was determined using TRAP method, and sialic acid level was determined using
spectrophotometry, in third, 6th, 9th, 12th, and 15th passages. In addition, TERT and TR
expressions using RT-PCR, NCAM in cell membrane by immuno-histochemical
staining were showed to support the results of the telomerase activity.
Increased telomerase activity and sialic acid levels were observed, compared
with each other in the later passages of DK-MG and C6 cell lines. TR and TERT
expressions were found as positive. NCAMs were stained similarly with each other.
Increased telomerase activity and sialic acid levels in the later passages of both cultured
glioma cell lines may indicate malignancy and invasion. In the later passages of glioma
cell lines, telomerase activity was not increased continuously and linearly, it showed
xii
reducing and rising pattern. Sialic acid levels in the later passages showed a more
regular rising than telomerase activity. We are coinvinced that, determination of
telomerase activity and especially sialic acid with examination in glial tumors will be
used in finding tumor situation and directing therapy as supporting parametres
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Glioma
DK-MG Hücre Dizisi
C6 Hücre Dizisi
Telomeraz Aktivitesi
Siyalik Asit
hTERT
hTR
rTERT
rTR
NCAM
Sıçanlarda benzo(A)piren toksisitesine Doksorubisin ve Toksol' ün etkileri
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/2085
2021-03-12T01:00:22Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Küçükarabacı, Banu
2021-03-11T10:53:15Z
2021-03-11T10:53:15Z
2007
http://hdl.handle.net/11684/2085
Bu çalısma akut strok hastalarında plazminojen aktivatör inhibitör tip-1 (PAI-1)
geni 4G/5G polimorfizmi dagılımı ve plazmada PAI-1 enzim aktivitesini belirlemek ve
aralarında bir iliski olup olmadıgını belirlemek amacıyla yapıldı.
Çalısmada akut strok (iskemik ve hemorajik) tanısı konmus 253 hasta ile kontrol
amaçlı kullanılmak üzere 80 saglıklı kisi olmak üzere toplam 333 kisiden elde edilen
genomik DNA’lar kullanıldı. Genomik DNA’lar venöz kandan tuz yöntemi kullanılarak
elde edildi. DNA’lar 4G ve 5G alellerine özel primerler kullanılarak PCR yöntemi ile
çogaltıldı. PCR ürünleri % 2 agaroz jel elektroforeze tabi tutularak CCD kamera ile
degerlendirildi. Plazma plazminojen aktivatör inhibitör tip-1 enzim aktivitesi ELISA
yöntemiyle ölçüldü. Sonuçlar student t-testi, 2, tek yönlü varyans ve stepwise regresyon
analizleri ile degerlendirildi.
Arastırmada; akut strok hastaları ile kontrol grubunda PAI-1 geni 4G5G genotip
sıklıgı diger genotiplere göre düsük bulundu. PAI-1 enzim aktiviteleri hastalarda
kontrol grubuna göre önemli derecede yüksek olarak belirlendi. Hastalar arasında
4G5G genotipi sıklıgı en az olmasına karsılık bu genotipe sahip bireylerde PAI-1 enzim
aktivitesinin en yüksek oldugu, buna karsılık 4G4G genotip sıklıgı en fazla olmasına
ragmen bu genotipe sahip bireylerde plazma PAI-1 enzim aktivitesinin en düsük oldugu
belirlendi. Plazma PAI-1 enzim aktivitesi artısına homosistein düzeylerinin % 65 pozitif
etkili oldugu belirlendi.
Sonuç olarak, PAI-1 geni 4G/5G genotipleri ile plazma PAI-1 enzim aktivitesi
arasında strok açısından bir iliski saptanmadı. Buna ragmen, PAI-1 geni 4G/5G
genotipleri, plazma PAI-1 enzim aktivitesi ile homosistein düzeyi tesbitinin kisilerin
ileride strok geçirip geçirmeyeceginin belirlenmesinde önemli yardımcı kriterler
olabilecegi belirlendi.
This study was carried out to determine plasminogen activator inhibitor type-1
(PAI-1) gene 4G/5G polymorphism and plasma PAI-1 activity in acute stroke patients,
and to establish whether there is an association between this polymorphism and plasma
activity.
In this study 253 acute stroke patients and 80 healthy subjects as a control of 333
genomic DNA were analysed. Genomic DNA was prepared from peripheral blood by
using salt method. DNA’s were amplified by PCR method using primers spesific for 4G
and 5G alleles. PCR products were seperated by 2 % agarose gel electrophoresis and
visualized by CCD camera. PAI-1 enzyme activities were measured by ELISA method.
The results were evaluated statistically by using student t-test, 2 test, one way analysis
of variance and stepwise regression analysis.
In this study; frequency of PAI-1 gene 4G5G genotype was found low both in
patients and controls. PAI-1 enzyme activities were increased significantly in acute
stroke patients according to controls. While 4G5G genotype frequencies were lowest,
patients carrying this allele had highest plasma PAI-1 enzyme activity. Although 4G4G
genotype frequencies were highest, patients carrying this allele had lowest plasma PAI-1
enzyme activities. Homocystein levels had 65% positive effect plasma PAI-1 enzyme
activities.
Consequently; any association between PAI-1 gene 4G/5G genotypes and plasma
PAI-1 enzyme activities according to stroke is determined. Although, determining PAI-1
gene 4G/5G genotypes, plasma PAI-1 enzyme activities and homocystein levels is defined
as important accessary criterias would determine future stroke risk.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Akut strok
Plazminojen aktivatör inhibitör tip-1 geni 4G/5G polimorfizmi
Plazma PAI-1 enzim aktivitesi
Akut strok ile plazminojen aktivatör inhibitör tip -1 geni 4G/5G polimorfizim ve plazma paı-1 enzim aktivitesi arasındaki ilşkinin araştırlması
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3122
2022-06-11T00:00:45Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Şimşek, Cansu
2022-06-10T12:57:46Z
2022-06-10T12:57:46Z
2005
http://hdl.handle.net/11684/3122
Tip II diyabet artmış mortalite ve morbidite ile ilişkili önemli bir hastalıktır. Bu metabolik hastalık hedef dokulardaki insulin rezistansı ve pankreatik insulin salgılanmasındaki bozuklukların bir sonucudur. Diabetes mellitusun (DM) patogenezinde oksidatif stres de önemli bir role sahiptir.
Bu çalışmanın amacı, STZ-NA ile oluşturulan tip II diyabetik sıçanlarda, Stevia rebaudiana Bertoni yaprak ekstresi (SrB) ve N-Nitro-L-Arginin (L-NNA) ’in trigliserit, kolesterol ve HbA1c gibi biyokimyasal parametrelere, kan glukoz seviyesine ve diyabetin erken evresinde meydana gelen renal filtrasyondaki değişiklikleri belirlemekti. Bu çalışmada 2-3 aylık dişi Sprague-Dawley sıçanları kullanıldı. Her bir grupta 12 sıçan bulunan 7 grup oluşturuldu. Bu grupların 3’ü kontrol, 4’ü deney grubu olarak düzenlendi. Dört grupta, streptozotozin (STZ) ve nikotinamid’in (NA) sistemik olarak uygulanması ile diyabet uyarıldı. Diyabetin uyarılmasından 5-8 hafta sonra deneye başlandı. On beş gün boyunca diyabetik gruplar SrB, L-NNA ve SrB + L-NNA ile tedavi edildi. Deneyden sonra, eter anestezisi altında, karaciğer, pankreas ve böbrek dokuları, idrar ve kan örnekleri uygun teknikler kullanılarak toplandı.
Renal filtrasyondaki değişiklikler, idrar pH, idrar hacmi, serum kreatinin, idrar kreatinin ve kreatinin klerensi analiziyle belirlendi. Hücresel antioksidan savunma sistemindeki deşiklikler, glutatyon peroksidaz (GPx), süperoksit dismutaz (SOD) ve katalaz (CAT) gibi antioksidan enzimlerin eritrosit hemolizatında ölçülmesiyle belirlendi. Bununla birlikte serumda nitrik oksit sentaz (NOS) ve lipit peroksidasyonunun bir göstergesi olarak eritrosit hemolizatında malondialdehit (MDA) seviyesi ölçüldü.
Sonuçlarımız, uzun yıllardır Brezilya, Paraguay ve Hindistan’da diyabet tedavisinde kullanılan SrB bitkisinin, kan glukoz konsantrasyonunu düşürerek, renal filtrasyondaki değişiklikler, kan ve serum parametleri ve histolojik yapı üzerine olumlu etkilerinin olduğunu göstermiştir. L-NNA ise benzer etkilere sahip olmakla birlikte etkisi SrB’ye göre daha düşüktür.
Bu bulgular, SrB tedavisinin diyabette pankreatik - hücre bütünlüğünü koruyarak ve oksidatif stresi azaltarak koruyucu etkiye sahip olduğunu gösterir.
info:eu-repo/semantics/openAccess
Tip II Diyabet
Nitrik Oksit Sentaz
Stevia Rebaudiana Bertoni
N-Nitro L
Arginin
Stevia rebauduiana (bertoni) ekstresi ve n-nitro-l-arginin (L-NNA)'in, deneysel diyabet ve nitrik oksit sentaz üzerine etkileri
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3912
2022-07-28T00:00:26Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Demir, Muhammed Said
2022-07-27T10:31:12Z
2022-07-27T10:31:12Z
2007
http://hdl.handle.net/11684/3912
Bu çalışmada, makrofunguslarının fruktifikasyon yapılarının, batık kültürde
üretilen misellerinin ve batık kültürde üretilen fungal eksopolisakkaritlerin çeşitli test
mikroorganizmalarına karşı antimikrobiyal aktiviteleri araştırılmıştır. Çalışmada
kullanılan Ganoderma carnosum, Laetiporus sulphureus, Coprinus comatus, Lenzites betulina,
Clavariadelphus truncatus, Polyporus arcularius, Lentinus strigosus, Cerrena unicolor mantarları
Eskişehir ili ve komşu illerden toplanmıştır. Çalışmada test mikroorganizması olarak Gr
pozitif ve Gr negatif bakteriler ile mayalar kullanılmıştır.
Makrofungusların fruktifikasyon ekstraktları, misel ekstraktları ve fungal
eksopolisakkaritlerin ekstraksiyonlarının test mikroorganizmalarına karşı antimikrobiyal
aktivitesi, pozitif kontroller olarak kullanılan Vankomisin ve Flukonazol
antibiyotiklerinden alınan sonuçlar ile karşılaştırılmıştır. Yapılan deneyin sonuçlarına
göre makrofungus ekstraksiyonlarının, misel ekstraksiyonlarının ve fungal
eksopolisakkaritlerin antimikrobiyal aktivitesinin aynı çözücüde değişik sonuçlar
göstermiştir. Sonuçların çözücü ve şuşa bağlı olarak değiştiği görülmüştür.
In this study we investigate antimicrobial activity of mushroom fructifications, mycelial
growth in submerged culture in liquid media and exopolysaccarides produced by submerged
cultures in liquid media against the test microorganisms. The mushrooms Ganoderma carnosum,
Laetiporus sulphureus, Coprinus comatus, Lenzites betulina, Clavariadelphus truncatus, Polyporus
arcularius, Lentinus strigosus, Cerrena unicolor were collected in Eskişehir city and neighbour
cities. In the study Gr pozitive and Gr negative bacteria and yeasts were used as test
microorganisms.
Antimicrobial activity of macrofungus fructification extracts, mycelial growth extracts and
fungal exopolysaccarides against test microorganisms has compared with the results of positive
control antibiotics of Vancomycine and Fluconazole. The results of the experiment shows in the
same species the antimicrobial activity of mushroom fructification extracts, mycelial extracts and
mushroom exopolysaccarides has different results in same solvent. It has determined that
antimicrobial activity of mushrooms changes depends on solvents and strains.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Fungal Furuktifikasyon
Batık Kültür Misel
Eksopolisakkarit
Antimikrobiyal Aktivite
Eskişehir
Ganoderma carnosum
Laetiporus Sulphureus
Coprinus Comatus
Clavariadelphus Truncatus
Polyporus Arcularius
Çeşitli makrofunguslara ait fruktifikasyon, vejetatif misel ve eksopolisakkaritlerin antimikrobiyal aktiviteleri üzerine çalışmalar
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/2027
2021-03-12T01:02:30Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Bayramoğlu, Gökhan
2021-03-11T07:42:46Z
2021-03-11T07:42:46Z
2010
http://hdl.handle.net/11684/2027
Bu çalıĢma; sıçan karaciğerinde, iskemi/reperfüzyon (I/R) hasarına karĢı
antioksidan özellikleri bilinen gallik asitin, olası koruyucu etkilerini araĢtırmak
amacıyla yapılmıĢtır
ÇalıĢmada; 40 adet, 3-4 aylık, Spraque-Dawley cinsi, diĢi sıçan kullanıldı. EĢit
sayıda tutulan 5 gruptan 1. Gruba (kontrol) herhangi bir cerrahi iĢlem ya da madde
uygulaması yapılmadı. 2. Gruba serum fizyolojik (2 ml/kg hacimde), 3. Gruba gallik
asit 50 mg/kg dozu, 4. Gruba gallik asit 100 mg/kg dozu ve 5. Gruba gallik asit 200
mg/kg dozu, iskemi gerçekleĢtirilmeden 15 dakika önce, periton altına tek seferde
uygulandı. Grup 2, 3, 4 ve 5 için iskemi süresi 45 dakika, reperfüzyon süresi ise 60
dakika olarak belirlendi. Deney; sonunda deney hayvanlarına ait kan serumunda Alanin
aminotransferz (ALT), Aspartat aminotransferaz (AST), Laktat dehidrogenaz (LDH)
aktivitesi, karaciğer doku homojenatında Malondialdehid (MDA) düzeyi, Katalaz
(KAT) ve Glutatyon peroksidaz (GPx) aktivitesi tayin edildi. Histolojik incelemeler için
rutin takip yöntemiyle hazırlanan kesitler HematoksilenEozin ile boyandı ve ıĢık
mikroskobunda incelendi.
ÇalıĢma sonunda (I/R) hasarının, oluĢan serbest radikallerin sonucu olarak lipit
peroksidasyonun bir göstergesi olan MDA düzeyini artırdığı, böylece oksidatif hasarın
oluĢtuğu tespit edildi. Hasarın, gallik asit tarafından aktiviteleri artırılan KAT ve GPx
tarafından düzeltilerek kontrol değere yaklaĢtığı görüldü. Burada 100 mg/kg gallik asit
ve 200 mg/kg gallik asitin etki derecesi birbirine oldukça yakındı. Ancak 100 mg/kg
gallik asitin daha etkili doz olduğu düĢünüldü. Histolojik bulgularımızda diğer
sonuçlarımızı destekler nitelikte bulundu.
Sonuç olarak; karaciğerde gallik asit uygulamasının, özellikle organ nakilleri
sırasında uygulanan I/R olayları sonucu ortaya çıkabilecek, serbest radikal aracılı organ
hasarını ve fonksiyon bozukluklarını önleme veya önemli ölçüde azaltma yönünde etkisi
olabileceği düĢünüldü.
The aim of this present study was to investigate the possible protective effects of
gallic acid with antioxidant properties against ischemia/ reperfusion (I/R) injury in rat
liver.
Fourty 3-4 months old female Spraque - Dawley rats were used in the study. The
rats were assigned to the 5 groups in equal numbers. Group 1 (control) do not received
any surgical application or injection. Group 2 received salin (2 ml/kg volume), Group 3
received gallic acid 50 mg/kg, Group 4 received gallic acid 100 mg/kg, Group 5
received gallic acid 200 mg/kg, and the four groups doses were administered 15 minutes
prior to ischemia operation as a sıngle dose (i.p). For group 2, 3, 4, and 5 animals were
subjected to 45 minute ischemia and 60 min reperfusion. At the end of experimental
period; blood and liver tissue samples were collected. ALT, AST and LDH activity in
blood serum, MDA level, CAT and GPx activity in liver tissue homogenate were
determined. For histological examines, slices were prepared by routine method and
stained with H&E then examined under a light microscope.
At the end of the study, due to I/R a significant increase were determined in lipid
peroxidation (MDA) level, so that oxidative damage occurred. Damages were improved
to control value approach by CAT and GPx whose activities are increased by gallic
acid. 100 mg / kg gallic acid and 200 mg / kg gallic acid degree of effects were very
close to each other. However; 100 mg / kg gallic acid more effective dose was thought
to be. Histological findings were in harmony with our other findings.
As a result, application of gallic acid in the liver, I/R event can be seen during
especially organ transplantation that may arise free radical-mediated prevention of
organ damage and dysfunction or significant reduction in the direction of influence
appears were thought.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Gallik Asit
Karaciğer
İskemi/reperfüzyon
Sıçan
Sıçanlarda hepatik iskemi/reperfüzyon kaynaklı oksidatif stres hasarına karşı gallik asitin olası koruyucu etkileri
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3165
2022-06-14T00:00:50Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Söğüt, İbrahim
2022-06-13T10:49:23Z
2022-06-13T10:49:23Z
2011
http://hdl.handle.net/11684/3165
According to the World Health Organization‟s (WHO) report, more than 350 million people are chronic HBV patients and approximately two billion people are infected with HBV. HBV is composed of surface antigen (HBsAg) that makes up the outer envelop, partially double-stranded DNA, core protein (HBcAg), e antigen (HBeAg) and DNA-dependent polymerase. In this thesis, main aim was to develop monoclonal antibodies against HBeAg, which is a crucial marker for the prognosis of the disease. In order to make use of the already-immunized mice, spleen and lymph nodes of those mice were dissected and frozen as whole organs. As an alternative for immunizing mice with commercial antigens, BALB/c mice were immunized with HBeAg-expressing phages.
With hybridoma technology, 16F8 monoclonal antibodies that were specific for HBeAg were developed. 12E5 monoclonal antibody had affinity for both HBcAg and HBeAg, yet it had better specifity for the former. After tagging, 16F8 monoclonal antibody can be involved in commercial kits for HBeAg detection. Even after 3 months of freezing, cells isolated from frozen spleen and lymph nodes had the capacity for proliferation and antibody production. Immunizing mice with M13 filamentous phage that expresses HBeAg on its surface is found to be an alternative for immunizations carried with adjuvants.
Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) verilerine göre dünyada yaklaşık iki milyar kişi HBV ile enfektedir ve 350 milyondan fazla kişi kronik HBV hastasıdır. Hepatit B virüsü (HBV); yüzey antijeninden (HBsAg) oluşan dış zarf, kısmen çift zincirli DNA, kor protein (HBcAg), hepatit e antijeni (HBeAg) ve DNA‟ya bağlı polimerazdan oluşur. Bu tez çalışmasının amacı, hepatit B hastalığının şiddeti ve seyri hakkında önemli bilgiler edinilmesini sağlayan HBeAg‟ye özgü monoklonal antikorun (mAb), klasik hibridoma teknolojisi ile üretilmesidir. Yine HBeAg‟ye karşı monoklonal antikor geliştirme çalışmalarında immünize farelerin değerlendirilmesi amacına yönelik olarak organ olarak dondurulmuş dalak ve lenf düğümlerinden elde edilen hücrelerle hibridoma çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Ayrıca ticari antijenle immünizasyonlara alternatif olarak yüzeyinde HBeAg eksprese eden fajlarla BALB/c fareleri immünize edilmiş ve HBeAg‟ye karşı monoklonal antikor geliştirmek üzere bu farelerle füzyon çalışmaları yapılmıştır. Tez çalışmalarında hibridoma teknolojisi ile elde edilen 16F8 monoklonal antikoru HBeAg‟ye özgü iken, 12E5 monoklonal anitkoru HBcAg ile daha iyi reaksiyon vermiş ancak belli oranlarda HBeAg‟ye de bağlanma özelliği göstermiştir. HBeAg‟ye özgünlüğü nedeniyle 16F8 monoklonal antikorunun enzimlerle işaretlenerek ticari kitlerde kullanılma potansiyeli bulunmaktadır. Organ olarak dondurulmuş dalak ve lenf düğümlerinden elde edilen hücrelerle yapılan füzyonlarda 3 aylık dondurma süresi sonunda bile antikor sentezleme ve çoğalma yeteneğini koruyan hibrit hücreler elde edilmiştir. Yine tez çalışmasında klasik adjuvantlara alternatif olarak M13 filamentöz faj üzerinde eksprese edilen HBeAg ile immünizasyonlar yapılmış ve rekombinant fajlarla HBeAg‟ye özgü monoklonal antikor geliştirmek üzere hibridoma çalışmaları gerçekleştirilmiştir
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Anti-HBeAg
Dondurma (kryoprezervasyon)
HBV
Monoklonal Antikor
Rekombinant M13 Faj
HBeAg
Hepatit e antijenine (HBeAg) özgü monoklonal antikor geliştirilmesinde alternatif yöntemler
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3774
2022-07-22T00:00:23Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Yangı, Berat
2022-07-21T13:38:50Z
2022-07-21T13:38:50Z
2012
http://hdl.handle.net/11684/3774
Vücutta meydana gelen doku hasarı veya patojen mikroorganizma
enfeksiyonundan sonra sistemik veya bölgesel yanıtlar oluşur. Hasara karşı oluşan bu
cevaba inflamatuar yanıt veya inflamasyon denir. İnflamasyon; sepsis, aterosklerotik
hastalıklar, kanser, romatoid artrit ve myokard infarktüsü gibi birçok hastalığın
patofizyolojisinde önemli rol oynar.
Lipopolisakkarit (LPS), gram negatif bakterilerin dış zarının bir parçası olup,
inflamatuar sitokinlerin, serbest oksijen radikallerinin, nitrik oksit ve araşidonik asit
metabolitlerinin aşırı üretimine yol açarak çeşitli inflamatuar hastalıkların
patogenezinde önemli rol oynar.
Propolis, çeşitli biyolojik ve farmakolojik özelliklerinden dolayı son yıllarda
araştırmacıların ilgisini çeken doğal bir bal arısı ürünüdür. Antibakteriyel, antioksidan,
antiviral, anti-inflamatuar, antifungal, antitümör, antihepatotoksik, immünomodülatör,
lokal anestezik gibi birçok etkiye sahiptir.
Bu çalışmada propolis ekstraktının deneysel inflamasyon ve antioksidan sistem
üzerine olan etkisinin araştırılması amaçlanmıştır.
Bunun için lipopolisakkarit (LPS) ile oluşturulan deneysel inflamasyon modeli
kullanıldı. Çalışmamızda 42 adet 3 aylık Sprague Dawley soyu erkek sıçan ile 6 deney
grubu oluşturuldu. Üç gruba intraperitoneal olarak 1 mg/kg LPS (E. coli, serotip 055-
B5) uygulandı. LPS enjeksiyonundan 24 saat sonra tedavi gruplarına 30 ve 90 mg/kg
propolis ekstraktı gavaj yolu ile verildi. FDG-PET taraması ile inflamasyon durumunu
belirlenmek için PET taramasından 1 saat önce ketamin anestezisi altında 18F -fluoro deoxy- D-glucose (0,8 ml/kg) intrakardiyak olarak uygulandı. FDG-PET analizinden
sonra kan ve doku örnekleri toplandı. Akciğer ve karaciğer 18F-FDG tutulumu
hesaplandı. Karaciğer, böbrek, akciğer dokuları ve eritrosit malondialdehit (MDA)
düzeyi, katalaz (KAT) ve süperoksit dismutaz (SOD) enzim aktivitesi belirlendi.
Çalışma sonunda akciğer, böbrek ve hemolizat MDA seviyeleri inflamasyon
kontrol grubunda yüksek bulunurken propolis ile tedavi edilen inflamasyon gruplarında
düşük bulundu. İnflamasyon kontrol gruplarının SOD aktivitesi akciğer dokusu ve
hemolizatta düşük bulunurken propolis ile tedavi edilen inflamasyon gruplarında yüksek bulundu. Benzer şekilde inflamasyon kontrol gruplarının KAT seviyesi akciğer dokusu
ve hemolizatta düşük bulunurken propolis ile tedavi edilen inflamasyon gruplarında
yüksek bulundu. Akciğer ve karaciğer 18F-FDG tutulumu inflamasyon kontrol
gruplarında yüksek olup propolis ile tedavi edilen inflamasyon gruplarında düşük
bulundu.
Sonuç olarak, propolisin sıçanlarda LPS ile oluşturulan inflamasyonun ve serbest
radikallerin azaltılmasında etkili olduğu bulunmuştur.
After tissue injury or infection by pathogen microorganisms in the body,
responses of systemic and local events are triggered. This generalized response to injury
is referred to inflammatory response or inflammation. Inflammation plays key role in
the pathophysiology of many diseases such as sepsis, atherosclerotic disease, cancer,
rheumatoid arthritis and myocardial infarction.
Lipopolysaccharide (LPS) is a component of the outer membrane of gram negative bacteria and it has an important role in the pathogenesis of several
inflammatory diseases by causing excessive release of inflammatory cytokines, oxygen
free radicals, nitric oxide, arachidonic acid metabolites.
Propolis is a natural bee-product, and because of several biological and
pharmacological properties it has attracted researchers’ interest in recent years. It has
many effects including antibacterial, antioxidant, antiviral, anti-inflammatory,
antifungal, antitumor, antihepatotoxic, immunomodulatory, local anesthetic and
anticancer activity.
The aim of this study was to investigate the effects of propolis extract on
experimental inflammation and antioxidant system.
We used the experimental lipopolysaccharide (LPS)-induced model. Totally, there
were 42, 4-month old male Sprague Dawley rats in 6 groups in the study design. In
three groups, 1mg/kg of LPS (E. coli, serotype055-B5) was administered to the rats
intraperitoneally. 30 mg/kg and 90 mg/kg of propolis extracts were given orally to
treatment groups after 24-hours of intraperitoneal LPS injection.
To determine the lung and liver inflammation status via FDG-PET, 18F-fluoro deoxy-D-glucose (0,8ml/kg) was administrated under the anesthesia by intracardiac
injection before the 1h of PET scanning. After the FDG-PET analyses, blood and tissue
samples were collected. Lung and liver 18F-FDG uptake was calculated. MDA, SOD,
and CAT levels were measured in tissues and erythrocyte.
In the study, MDA levels of hemolysate, lung and liver tissues were increased in
untreated inflammation group whereas decreased in inflammation groups treated with
propolis. SOD activities of inflammation groups were found to be decreased in lung tissue and hemolysate whereas SOD activities of propolis treated inflammation groups
were increased. Similarly, CAT activities of inflammation groups were found to be
decreased in lung tissue and hemolysate whereas CAT activities of propolis treated
inflammation groups were increased.
Lung and liver 18F-FDG uptake of inflammation groups were increased while lung
and liver 18F-FDG uptake of propolis treated inflammation groups were decreased.
As a result, propolis was found to be efficient in reducing inflammation and free
oxygen radical production induced by LPS in rats.
Key words: FDG-PET, inflammation, LPS, oxidative stress, propolis, rat.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Fdg-Pet
İnflamasyon
Lps
Oksidatif Stres
Propolis
Stres
Propolis ekstresinin deneysel inflamasyon ve antioksidan sistem üzerine etkisi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3775
2022-07-22T00:00:31Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Öner, Çağrı
2022-07-21T13:40:12Z
2022-07-21T13:40:12Z
2012
http://hdl.handle.net/11684/3775
Amaç: Bu çalışmada, kanserde etkisi araştırılmakta olan miRNA’lardan miR-126’nın
meme kanserindeki etkisini ortaya koymak amaçlanmıştır. Böylece meme kanserinin
teşhis, tanı veya tedavisinde kullanılıp kullanılamayacağı hakkında bilgi
edinilebilecektir.
Kapsam: Meme kanseri, akciğer kanserinden sonra, dünyada görülme sıklığı en yüksek
olan kanser tipidir. MikroRNA’lar(miRNA), hedef genlerin ekspresyonunu düzenleyen,
gelişme, farklılaşma, hücre çoğalması, apoptoz ve stres cevapları gibi fizyolojik ve
patolojik işlemlerin çeşitliliğinde rol oynayan küçük düzenleyici RNA molekülleridir.
Epidermal büyüme faktörübenzeri 7 (egfl7) genininintron 7 bölümünde yer alan miR 126, vasküler endotelyal büyüme faktör (VEGF) sinyal iletimini, anjiyogenezi ve
vasküler bütünlüğü düzenleyerek damar gelişiminde rol almaktadır. Omurgalılarda,
egfl7 geni biyolojik olarak aktif miRNA’ları (miR-126) kodlar.
Yöntem: Bu çalışmada meme kanseri görülmeyen sağlıklı 15 kişiye ait kan örneği
(kontrol) ve meme kanseri görülen 15 hastanın kan örneği alındı. Toplanan kanlardan
mononüklear hücreler ayrıştırılarak, bu hücrelerden total RNA elde edildi. Elde edilen
RNA’lar revers transkripsiyon ile cDNA’ya dönüştürülerek gerçek zamanlı polimeraz
zincir reaksiyonunda (Real-Time PCR) gen ekspresyonları belirlendi.
Bulgular: Bu çalışma sonucunda miR-126 gen ekspresyon seviyesi meme kanserli
hastalarda, kontrol grubuna göre önemli derecede düşük bulunmuştur. Bu nedenle miR 126’nın meme kanserinde baskılayıcı özelliğe sahip olabileceği düşünülmüştür. Bu
sonucun desteklenmesi için daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.
Aim: In this study, we exhibit possible effects of miR-126 gene expression levels on
breast cancer. We will have information about whether to use miR-126 as a marker of
diagnosis or treatment in breast cancer.
Content: Breast cancer is the most seen cancer type after lung cancer. MicroRNAs
(miRNA) are the small regulator RNA molecules which regulate target genes
expression and take part in various physiologic and pathological processes such as
differentiation, proliferation, development, apoptosis and stress response. miR-126 is
located in intron 7 region of epidermal growth factor like 7. miR-126 gene takes part in
vascular endothelial growth factor (VEGF) signaling, angiogenesis and regulating
vascular integrity of vessel development. In vertebrates, egfl 7 gene encodes
biologically active miRNAs (miR-126).
Method: In this study we have taken blood sample from 15 normal (healthy)
individuals as a control and 15 breast cancer patients. Mononuclear cells and total RNA
was obtained from collected blood. Total RNA was converted to cDNA by reverse
transcription and than gene expression was examined by using Real Time Polymerase
Chain Reaction (Real-Time PCR).
Results: As a result of this study, gene expression levels of miR-126 in breast cancer
patients, compared with control group, were found significantly lower. Therefore, we
thought that miR-126 has tumor suppressor effects in breast cancer. Further studies are
needed to confirm these results.
Key Words: Breast cancer, miR-126, Real-Time PCR gene expression
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Meme Kanseri
Mir-126
Real Time-Pcr
Gen Ekspresyonu
Breast Cancer
Real-Time PCR Gene Expression
Meme kanserli hastalardan alınan kan örneklerinde mir-126 gen ekspresyon düzeyinin incelenmesi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/2812
2022-03-01T01:00:22Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Çolak, Emine
2022-02-28T06:57:58Z
2022-02-28T06:57:58Z
2020
http://hdl.handle.net/11684/2812
85% of stroke cases that can cause death or permanent damage in individuals
are caused by ischemia due to arterial occlusion or insufficient perfusion. In the
brain, ischemia and subsequent reperfusion processes trigger various
pathophysiological processes including excitotoxicity, periinfarct depolarization,
inflammation, nitric oxide production, free radical damage and cell death. Ischemia
reperfusion (I/R) processes in the brain trigger two apoptosis pathways, the
extrinsic pathway and the intrinsic pathway. Recent studies have shown that
necroptosis is also functional in ischemia reperfusion injury.
Pannexin 1 (Pan1) channels formed by Pan1 proteins have a wide
permeability specificity including cations, anions, secondary messengers and
metabolites. It is involved in various pathological processes such as cell
differentiation, tissue development and regeneration, inflammation and cell death.
Opening of Pan1 channels in brain ischemia and reperfusion process is regulated
by various factors such as oxygen-glucose deprivation, high K + concentration in the
intercellular space. Opening of the Pan1 channels leads to hypoxic depolarization,
which can result in cell death.
In our study, two hours of ischemia with clamp insertion to the right arteria
carotis communis and 24-hour reperfusion processes after blood flow were
provided. Using pan caspase inhibitor Z-VAD-fmk and Pan1 protein/channel
inhibitor probenecid, the role of Pan1 protein in brain I / R injury in apoptosis and
necroptosis processes was investigated. To investigate the relationship between
Pan1 channels and apoptosis caspase 3, caspase 8 gene expressions and protein
levels and the relationship between Pan1 channels and necroptosis was evaluated
by RIP1, RIP3, MLKL gene expressions and protein levels. In addition, TNF-α, as
an inflammation marker and PARP for predictors of DNA damage and apoptosis
were determined. The accumulation of protein levels in tissues was determined by
immunohistochemical studies using caspase 3, caspase 8, RIPK3 and MLKL
vi
antibodies. I/R damage was evaluated macroscopically by TTC staining and
apoptosis rates were determined by TUNEL method.
As a result of the studies, it was determined that probenecid, which is a pan1
channel/protein inhibitor, decreases RIP1, RIP3, and MLKL gene expressions and
protein levels associated with necroptosis and caspase 3 and caspase 8 gene
expressions and protein levels associated with apoptosis in the ischemia reperfusion process It was also determined that Z-VAD-fmk did not have a
significant effect on TNF-α in brain I/R injury but intraperitoneal administration
of probenecid decreased TNF-α during I/R process. In addition, in our study, it was
determined that the most effectively application that inhibited inflammation in I/R
damage by decreasing TNF-α in brain tissues was the co-administration of
apoptosis inhibitor and Pan1 inhibitor. It was demonstrated that the application
that most effective administration for reducing the level of PARP protein in the
brain I/R damage is co-administration of pan-caspase inhibitor Z-VAD-fmk and
Pan1 protein/channel inhibitor probenecid. As a result of TUNEL studies, it was
determined that probenecid administration blocking Pan1 channels decreased the
percentage of increased apoptosis in I/R process in brain tissues but this reduction
was not as effective as Z-VAD-fmk administration.
In conclusion, we found that both apoptotic and necroptotic cells are seen in
brain ischemia and reperfusion process, and while the pan caspase inhibitor Z VAD-fmk was reduced to cell damage some degree; probenecid, a Pan1
protein/channel inhibitor, is an effective therapeutic agent in reperfusion injury by
significantly reducing cell damage. Our results demonstrated that Pan1 proteins
play an important role in I/R damage
Bireylerde ölüme ya da kalıcı hasara sebep olabilen inme olgularının %85’i
arteriyel tıkanma ya da yetersiz perfüzyon sonucunda oluşan iskemi kaynaklıdır.
Beyinde iskemi ve bunu takip eden reperfüzyon süreçleri eksitoksisite, periinfarkt
depolarizasyon, inflamasyon, nitrik oksit üretimi, serbest radikal hasarı ve hücre
ölümü olmak üzere çeşitli patofizyolojik süreçlerin tetiklenmesine sebep olur.
Beyinde iskemi reperfüzyon (İ/R) süreçleri ekstrinsik yolak ve intrinsik olmak
üzere iki apoptoz yolağını tetikler. Son yıllarda yapılan çalışmalarda iskemi
reperfüzyon hasarında nekroptozun da bu süreçte işlevsel olduğu ortaya
konulmuştur.
Panneksin 1 (Pan1) proteinleri tarafından oluşturulan Pan1 kanalları
katyonlar, anyonlar ikincil mesajcılar ve metabolitler de dahil olmak üzere geniş
bir geçirgenlik özgüllüğüne sahiptir. Hücre farklılaşması, doku gelişimi ve
rejenerasyonu, inflamasyon ve hücre ölümü gibi çeşitli patolojik süreçlerde görev
alır. Beyin iskemi ve reperfüzyon sürecinde Pan1 kanallarının açılması oksijen glikoz yoksunluğu, hücreler arası alanda yüksek K+ konsantrasyonu gibi çeşitli
faktörler tarafından düzenlenir. Pan1 kanallarının açılması hücrelerin ölümü ile
sonuçlanabilecek hipoksik depolarizasyona neden olur.
Çalışmamızda, sıçanlarda sağ arteria carotis communis’e klemp takılarak
oluşturulan iki saat iskemi ve sonrasında kan akımının sağlandığı 24 saatlik
reperfüzyon süreçlerinde pan kaspaz inhibitörü Z-VAD-fmk ve Pan1 protein/kanal
inhibitörü probenecid kullanarak, oluşan beyin İ/R hasarında Pan1 proteinin
apoptoz ve nekroptoz süreçlerindeki rolü araştırıldı. Yapılan uygulamalar
sonucunda elde edilen beyin dokusu örnekleri kullanılarak Paneksin1 kanallarının
apoptoz ile ilişkisinin belirlenmesi için kaspaz 3, kaspaz 8, nekroptoz ile ilişkisinin
belirlenmesi için RIP1, RIP3, MLKL gen ifadeleri ve protein düzeyleri belirlendi.
Ayrıca bu yolaklarla ilişkili olan inflamasyon belirteci olan TNF-α ve DNA hasarı
ve apoptoz belirleyicisi olan PARP protein düzeyleri belirlendi. Kaspaz 3, kaspaz 8,
iv
RIPK3 ve MLKL antikorları kullanılarak immünohistokimyasal çalışmalar
yapılarak protein düzeylerinin dokularda birikimi belirlendi. TTC boyama
yapılarak İ/R hasarı makroskobik olarak değerlendirilirken, TUNEL yöntemi ile
dokularda apoptoz oranları belirlendi.
Yapılan çalışmalar sonucunda, Pan1 kanal/protein inhibitörü olan
probenecidin iskemi reperfüzyon sürecinde apoptoz ile ilişkili olarak kaspaz 3 ve
kaspaz 8 nekroptozla ilişkili olan RIP1, RIP3 ve MLKL gen ifadelerini ve protein
düzeylerinin düşürdüğü belirlendi. Beyin İ/R hasarında Z-VAD-fmk, TNF-α
düzeyinde önemli bir etki oluşturmadığı fakat probenecidin intraperitoneal
uygulaması İ/R sürecinde artan TNF-α protein düzeyini azalttığı belirlendi. Ayrıca
çalışmamızda beyin dokularında TNF-α protein düzeyini en etkili şekilde azaltarak
İ/R hasarında oluşan inflamasyonu inhibe eden uygulamanın hem apoptoz
inhibitörü hem de Pan1 inhibitörünün birlikte uygulanması olduğu belirlendi.
Yaptığımız çalışmada beyinde oluşturulan İ/R hasarında PARP protein düzeyini
en etkili şekilde azaltan uygulamanın pan kaspaz inhibitörü Z-VAD-fmk ve Pan1
protein/ kanal inhibitörü olan probenecidin birlikte uygulaması olduğu
belirlenmiştir. TUNEL çalışmaları sonucunda Pan1 kanalarını bloke eden
probenecid uygulamasının beyin dokularında iskemi ve reperfüzyon sürecinde
artan apoptoz yüzdesini azalttığı fakat bu azaltışın Z-VAD-fmk uygulaması kadar
etkili olmadığı belirlendi.
Sonuç olarak, gerçekleştirilen beyin iskemi ve reperfüzyon sürecinde hem
apoptotik hem nekroptotik hücrelerin görüldüğü, İ/R sürecinde oluşan hücre
hasarlarını uygulanan pan kaspaz inhibitörü Z-VAD-fmk’nın bir dereceye kadar
azaltırken Pan1 protein/kanal inhibitörü olan probenecidin önemli düzeyde
azaltarak reperfüzyon hasarında etkili bir terapötik ajan olduğu ve Pan1
proteinlerinin İ/R hasarında önemli rol aldığı belirlendi
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Beyin İskemi Reperfüzyon
Apoptoz
Nekroptoz
Panneksin 1
Brain İschemia Reperfusion
Apoptosis
Necroptosis
Pannexin 1
Deneysel olarak oluşturulan beyin iskemi/ reperfüzyon hasarında panneksin-1 proteininin apoptoz ve nekroptoz ile ilişkisi
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/4244
2022-08-09T00:02:01Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Çalış, İbrahim Uğur
2022-08-08T06:36:32Z
2022-08-08T06:36:32Z
2021
http://hdl.handle.net/11684/4244
Kanser, hücrelerde zamanla oluşan genetik değişikliklerin birikmesinin neden olduğu kontrolsüz bölünme ile karakterize edilen bir hastalıktır. Meme kanseri kadınlar arasında en sık görülen kanser tipidir ve kansere bağlı ölümler içinde akciğer kanserinden sonra ikinci sırada yer alır. Yumurtalık (over) kanseri tüm jinekolojik kanserleri arasında en kötü prognoz ve en yüksek ölüm oranına sahiptir. Yumurtalık kanserinin asemptomatik olması, gizli büyümesi ve uygun tarama yöntemlerinde eksiklik olmasından dolayı bu kansere sessiz katil adı verilmiştir.
Östrojenin kadınlarda önemli biyolojik ve fizyolojik işlevlere sahip olmasının yanı sıra kanser oluşumu ve gelişiminde etkili olduğu bilinmektedir. Meme kanserlerinin yaklaşık %80'i, yumurtalık kanserlerinin %40-60’ı östrojen reseptörü (ER) pozitiftir ve östrojen bu kanser türleri için risk faktörü oluşturur.
Kanserde önemli rolü olabileceği düşünülen kodlamayan RNA'lar (ncRNA) hücrenin gelişimi, yaşamsal fonksiyonları ve hücresel bağışıklık gibi çeşitli işlevlere sahiptir. Genel olarak, transkript büyüklüğüne göre 200'den az nükleotid (nt) içeren RNA'lar kısa ncRNA'lar, 200'den fazla nükleotid (nt) içeren RNA'lar uzun ncRNA'lar (lncRNA) olarak sınıflandırılır. Meme, prostat, yumurtalık ve tiroid kanserleri gibi çeşitli endokrin kanserler ile lncRNA'lar ilişkilendirilmiştir. Güncel çalışmalarda kolon kanseri ile ilişkili transkript 2 (CCAT2)’nin, meme kanseri ve yumurtalık kanseri oluşumu ve gelişiminde görev alabilecek potansiyele sahip yeni bir lncRNA olarak bildirilmiştir.
Bu çalışmada östrojen uygulaması yapılan ve yapılmayan ER+/ER- meme ve yumurtalık kanseri hücrelerinde siRNA ile susturulan CCAT2’nin proliferasyon, adezyon, canlılık ve apoptoz açısından etkileri belirlenmiştir. Hücrelerde tripan mavisi boyamasıyla canlılık, XTT yöntemi ile adezyon ve proliferasyon, TUNEL yöntemi ile apoptoz, qPCR ile CCAT2 gen ekspresyonu belirlemeleri yapıldı.
v
CCAT2’ye özgü siRNA uygulamaları MCF-7, MDA-MB-231, OVCAR-3 ve UWB1.289 hücrelerinde çoğalma, canlılık ve tutunmayı azaltırken apoptozu artırdığı belirlendi. ER+ meme ve yumurtalık kanseri hücrelerinde çoğalma, canlılık ve apoptoz açısından siCCAT2’nin gösterdiği etkiler ER- meme ve yumurtalık kanseri hücrelerine göre daha azdı. Östrojen uygulanan ER+ meme ve yumurtalık kanseri hücreleri östrojen uygulanmayan ER+ meme ve yumurtalık kanseri hücrelerine göre siCCAT2’den daha az etkilendi.
Östrojen uygulamasının ER+ meme kanseri ve yumurtalık kanseri hücrelerinde CCAT2 gen ekspresyon seviyelerini, proliferasyonu, canlılık ve adezyonu artırırken hücrelerin apoptozunu azalttığı belirlendi. Çeşitli kanserlerde östrojen ve ER’nin CCAT2 ile moleküler etkileşimleri ve hücre sinyal yolakları üzerine olan etkisinin keşfedilmesi ile yeni bir terapötik ajan olarak değerlendirilmesinin mümkün olabileceğini düşünmekteyiz
Cancer is a disease characterized by uncontrolled division caused by the accumulation of genetic changes in cells over time. Breast cancer is the most common type of cancer among women and ranks second after lung cancer among cancer related deaths. Ovarian cancer has the worst prognosis and the highest mortality rate among all gynecological cancers. Since ovarian cancer is asymptomatic, latent growth, and lack of appropriate screening methods, this cancer has been called the silent killer.
Estrogen is known to have important biological and physiological functions in women as well as being effective in cancer formation and development. Approximately 80% of breast cancers and 40-60% of ovarian cancers are estrogen receptor (ER) positive and estrogen is a risk factor for these types of cancer.
Non-coding RNAs (ncRNA), which are thought to have an important role in cancer, have various functions such as cell development, vital functions, and cellular immunity. Generally, ncRNAs containing less than 200 nucleotides (nt) are classified as short ncRNAs, RNAs containing more than 200 nucleotides (nt), according to transcript size, as long ncRNAs (lncRNAs). LncRNAs have been associated with various endocrine cancers such as breast, prostate, ovarian, and thyroid cancers. In recent studies, colon cancer-related transcript 2 (CCAT2) has been reported as a new lncRNA that has the potential to be involved in the formation and development of breast cancer and ovarian cancer.
In this study, the effects of CCAT2 silenced by siRNA in terms of proliferation, adhesion, vitality and apoptosis in ER+/ER- breast and ovarian cancer cells with and without estrogen application were determined. Viability of cells by trypan blue staining, adhesion and proliferation by XTT method, apoptosis by TUNEL method, CCAT2 gene expression by qPCR method were determined.
CCAT2 specific siRNA applications were determined to increase apoptosis while decreasing proliferation, viability and adherence in MCF-7, MDA-MB-231, OVCAR-3 and UWB1.289 cells. The effects of siCCAT2 in terms of proliferation, viability and apoptosis in ER + breast and ovarian cancer cells were less than ER- breast and ovarian cancer cells
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Östrojen
CCAT2
Östrojen Reseptörü
Meme Kanseri
Yumurtalık Kanseri
Estrogen
Estrogen Receptor
Breast Cancer
Ovarian Cancer
Long rna ccat2'nin östrojen hormon duyarlılığı açısından etkisinin meme ve over kanser hücrelerinde incelenmesi
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3179
2022-06-15T00:01:30Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Güntülü, Ali
2022-06-14T05:57:46Z
2022-06-14T05:57:46Z
2021
http://hdl.handle.net/11684/3179
Akciğer kanserli hastalarda endoplazmik retikulum moleküler şaperonları
GRP78, GRP94, kalretikülin ve kalneksin gen ifadelerinin klinik verilerle
karşılaştırılması.
Giriş: Akciğer kanseri dünya genelinde tüm kanserler içinde erkeklerde en sık,
kadınlarda ikinci sırada görülen kanserdir. Hastaların çoğu tanı sırasında lokal ileri / ileri
evre hastalığa sahip olup küratif tedavi şansları yoktur. Son yıllarda akciğer kanserinin
moleküler mekanizmaları ve bu mekanizmalar üzerinden hedefe yönelik tedavi geliştirme
çalışmaları hız kazanmıştır. Endoplazmik retikulum protein sentezi ve işleme başta olmak
üzere birçok fonksiyona sahiptir. Kanserde endoplazmik retikulumda katlanmamış
protein miktarı artmakta, ortaya çıkan durum endoplazmik retikulum stresi olarak
adlandırılmaktadır. Endoplazmik retikulum stresinde görev alan moleküler şaperonların
akciğer kanserinin klinik verileri ve sağ kalımı ile olan ilişkisi belirsizdir.
Amaç: Bu çalışmada akciğer kanserli hastalarda endoplazmik retikulum stresinde
rol alan GRP78, GRP94, kalneksin, kalretikülin gen ifade seviyeleri ile protein
seviyelerinin klinik veriler ve sağ kalım ile ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır.
Yöntem: Çalışma iki aşamadan oluşmaktadır: 1. aşamada tümör dokusunda RTPCR
ile GRP78, GRP94, kalneksin, kalretikülin gen ifade seviyeleri, 2. aşamada ise
serumda ELISA ile protein seviyeleri tespit edilip klinik veriler ve sağ kalım ile ilişkisi
değerlendirilmiştir. Verilerin karşılaştırılmasında parametrik testler (t-testi ve One-way
ANOVA) kullanılmıştır. Parametreler arasındaki ilişkiyi göstermede Pearson korelasyon
testi yapılmıştır. Sağ kalım analizlerinde Kaplan – Meier metodu kullanılmıştır.
Bulgular: Birinci aşamadaki 52 hastanın yaş ortalamaları 65.13±9.62 yıl,
kadın/erkek oranı 5/47 olarak saptanmıştır. Hastaların GRP78, GRP94, kalneksin,
kalretikülin gen ifade seviyelerinin yaş, cins, aktif sigara içiciliği, ko-morbidite, evre ve
metastaz durumuna göre değişmediği görülmüştür. GRP94 ve kalneksin gen ifade
seviyeleri küçük hücreli akciğer kanserinde adenokarsinom ve skuamöz hücreli
karsinoma göre daha düşük bulunmuştur (p=0.005 ve p<0.001). Çalışmanın ikinci
aşamasındaki 140 hastanın yaş ortalamaları 64.37±9.11 yıl, kadın/erkek oranı 14/126
olarak saptanmıştır. GRP78, GRP94, kalneksin, kalretikülin protein seviyeleri akciğer
kanserli hastalarda kontrol grubuna göre daha yüksek ve birbirleriyle korelasyon
gösterdiği saptanmıştır (tümü için p<0.001). Sağ kalım analizinde ise şaperonlar
v
arasından yalnızca kalretikülin sağ kalımla ilişkili bulunmuştur. Kalretikülin ≥250.52
ng/ml olan hastalarda ortanca sağ kalım daha yüksek saptanmıştır (16 aya karşın 8 ay;
p=0.009). Histopatolojik alt tip, metastaz ve kemoterapi cevabına göre düzeltme
yapıldıktan sonra da kalretikülinin sağ kalım üzerinde etkili olduğu görülmüştür [HR
(%95CI): 1.659 (1.098-2.506); p=0.016].
Sonuç: Kalretikülinin prognoz üzerindeki histopatolojik alt tip, metastaz ve
kemoterapi cevabından bağımsız etkisi hedeflenebilmesi halinde akciğer kanserli
hastaların daha geniş bir grubunun tedavisinde etkili olabileceğini düşündürmektedir
Clinical comparison of ER molecular chaperones GRP78, GRP94,
calreticulin and calnexin gene expression in lung cancer patients.
Introduction: Lung cancer is the most common cancer in men and the second in
women among all cancers worldwide. Most patients have locally advanced/advancedstage
disease at diagnosis, and there is no chance of curative treatment. Studies on
molecular mechanisms of lung cancer and targeted therapy development through these
mechanisms have gained momentum. Endoplasmic reticulum has many functions, mainly
protein synthesis and processing. In cancer, the amount of unfolded protein in the
endoplasmic reticulum increases and the condition that occurs is called endoplasmic
reticulum stress. The relationship of molecular chaperones involved in endoplasmic
reticulum stress with the clinical data and lung cancer survival is unclear.
Objective: We aimed to investigate the relationship between clinical data and
survival with gene expression and protein levels of GRP78, GRP94, calnexin, and
calreticulin which play a role in endoplasmic reticulum stress in lung cancer patients.
Methods: The study consisted of two stages: 1) the gene expression levels of
GRP78, GRP94, calnexin, and calreticulin were determined by RT-PCR in the tumor
tissues; 2) protein levels were determined by ELISA in the sera, and their relationship
with clinical data and survival was evaluated. Parametric tests (t-test and One-way
ANOVA) were used to compare the data. Pearson's correlation test was performed.
Kaplan-Meier method was used for survival analysis.
Results: The mean age of 52 patients in the first stage was 65.13±9.62 years, and
the female/male ratio was 5/47. GRP78, GRP94, calnexin, calreticulin gene expression
levels of the patients didn't differ according to age, gender, current smoking, comorbidity,
stage and metastasis. The gene expression levels of GRP94 and calnexin were
lower in small cell carcinoma than adenocarcinoma and squamous cell carcinoma
(p=0.005 and p<0.001). In the second stage of the study, the mean age of 140 patients
was 64.37±9.11 years, and the female/male ratio was 14/126. The protein levels of
GRP78, GRP94, calnexin, and calreticulin were higher and correlated with each other in
patients with lung cancer than the control group (p<0.001). In the survival analysis,
among the chaperones, only calreticulin was associated with survival. Median survival
was higher in patients with calreticulin ≥250.52 ng/ml (16 vs 8 months; p=0.009). The
vii
effect of calreticulin on survival persisted even after adjustment for histopathological
subtype, metastasis and chemotherapy response [HR (95%Cl): 1.659 (1.098-2.506);
p=0.016].
Conclusions: The effect of calreticulin on prognosis, independent of
histopathological subtype, metastasis and chemotherapy response, suggests that it may be
effective in the treatment of lung cancer patients if it can be targeted.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Akciğer Kanseri
Endoplazmik Retikulum Stresi
GRP78
GRP94
Kalneksin
Kalretikülin
Lung Cancer
ndoplasmic Reticulum Stress
Akciğer kanserli hastalarda endoplazmik retikulum moleküler şaperonları grp78, grp94, kalretikülin ve kalneksin gen ifadelerinin klinik verilerle karşılaştırılması
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3200
2022-06-15T00:01:39Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Tanrıkut, Cihan
2022-06-14T13:25:45Z
2022-06-14T13:25:45Z
2021
http://hdl.handle.net/11684/3200
Çalışmamızda, Hypericum perforatum, Hypericum aviculariifolium, Hypericum adenotrichum ve Hypericum sechmenii ekstraktlarının, Lipopolisakkarit (LPS) ile inflamasyon oluşturulan sıçanlar üzerine olan etkileri araştırıldı. Bu amaçla, 4-5 aylık, 70 adet Wistar albino ırkı dişi sıçan 10 gruba ayrıldı. İnflamasyonun oluşturulması için; inflamasyon, inflamasyon+H. perforatum, inflamasyon+H. adenotrichum, inflamasyon+ H. aviculariifolium ve inflamasyon+H. sechmenii gruplarındaki sıçanlara 1 mg/kg dozunda LPS serum fizyolojik içerisinde çözülerek verildikten sonra, ilgili ekstraktlar 7 gün boyunca 150 mg/kg olarak gavaj yoluyla verildi. Kontrol gruplarına ise serum fizyolojik, H. perforatum, H. adenotrichum, H. aviculariifolium ve H. sechmenii verildi. Sıçanların karaciğer, akciğer ve böbrek F-18-florodeoksiglukoz (FDG) pozitron emisyon tomografi (PET) taramaları yapılıp, 18FDG tutulumları sud maks olarak hesaplandı. Görüntülemenin ardından hayvanlar, ketamin/ksilazin anestezisi altında kalp kanı, karaciğer, böbrek dokuları alındı. Eritrosit hemolizatlarında malondialdehit (MDA), süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (KAT), nükleer faktör kappa β (NF-kβ), tümör nekroz faktör (TNF-α), İnterlökin-1β (IL-1) ve İnterlökin-6 (IL-6), karaciğer ve böbrek doku homojenatlarında MDA, SOD, KAT, NF-kβ ve TNF-α seviyeleri ELISA yöntemiyle belirlendi.
Yapılan çalışma sonucunda, LPS uygulanan inflamasyon gruplarında, MDA, NF-κβ, TNF-α, IL-1β ve IL-6 seviyelerinde artma, SOD ve KAT seviyelerinde azalma tespit edildi. H. perforatum, H. adenotrichum, H. aviculariifolium ve H. sechmenii ekstraktları inflamasyon gruplarında, karaciğer MDA, SOD, KAT, NF-κβ ve TNF-α, böbrek MDA, NF-κβ ve TNF-α, hemolizat MDA, SOD, TNF-α ve IL-6 seviyelerini kontrol grubuna yaklaştırdığı belirlendi. H. sechmenii’nin, bakılan bütün biyokimyasal parametreleri kontrol grubuna yaklaştırdığı belirlenirken, H. aviculariifolium’un, hemolizat KAT, NF-κβ, IL-1β, H. adenotrichum’un, böbrek KAT, hemolizat NF-κβ, H. perforatum’ un, böbrek KAT seviyesi üzerine etkisi görülmedi.
Akciğerde, H. sechmenii’nin 18FDG tutulumunu kontrol seviyesine yaklaştırdığı belirlendi. Akciğer, karaciğer ve böbrek FDG-PET analizlerinde, H. perforatum, H.
v
adenotrichum, H. aviculariifolium ve H. sechmenii’nin inflamasyonu azalttığı gösterildi.
Sonuç olarak, H. adenotrichum, H. aviculariifolium ve H. sechmenii’nin, LPS’nin neden olduğu inflamatuar ve oksidatif etkilerden, karaciğer, böbrek, kan parametreleri ve FDG-PET analizleri değerlendirildiğinde, H. perforatum’a kıyasla benzer etkide olduğu söylenebilir.
In our study, the effects of Hypericum perforatum, Hypericum aviculariifolium, Hypericum adenotrichum and Hypericum sechmenii extracts on Lipopolysaccharides (LPS) induced inflammation in rats was investigated. For this purpose, 4-5 months old, 70 Wistar albino rats were divided into 10 groups. To induce inflammation; 1 mg / kg LPS was administrated to inflammation, inflammation+H. perforatum, inflammation+H. adenotrichum, inflammation+H. aviculariifolium and inflammation+H. sechmenii groups, intraperitoneally, which was followed by treatment of 150 mg/ kg related extracts for 7 days by gavage to LPS induced groups, whereas saline, H. perforatum, H. adenotrichum, H. aviculariifolium and H. sechmenii was administrated as control groups. Fluoro-18-deoxyglucose positron emission tomography (18FDG-PET) scans of rats’ liver, lung and kidney were performed and 18FDG uptake was calculated as sud max. Following imaging, hemolysate, liver and kidney tissues were obtained under ketamine / xylazine anesthesia. In erythrocyte hemolysates, the levels of malondialdehyde (MDA), superoxide dismutase (SOD), catalase (KAT), nuclear factor kappa-β (NF-kβ), tumor necrosis factor-α (TNF-α), interleukin-1 β (IL-1β) and interleukin-6 (IL-6), in liver and kidney homogenates the levels of MDA, SOD, KAT, NF-kβ and TNF-α were determined by ELISA method.
As a result of the study, an increase in the levels of MDA, NF-κβ, TNF-α, IL-1β and IL-6, and a decrease in the levels of SOD and KAT were detected in LPS induced inflammation groups. Administration of H. perforatum, H. adenotrichum, H. aviculariifolium and H. sechmenii extracts recovered liver MDA, SOD, KAT, NF-κβ, TNF-α, kidney MDA, NF-κβ, TNF-α, and hemolysate MDA, SOD, TNF-α, IL-6 to the control levels. while H. sechmenii recovered all biochemical parameters to the control group, there was no effect of H. aviculariifolium on hemolysate KAT, NF-κβ, IL-1β, H. adenotrichum on kidney KAT, hemolysate NF-κβ levels, and H. perforatum on kidney KAT level.
In the lung, it was determined that H. sechmenii recovered completely lung18FDG uptake to the control level. 18FDP-PET analysis of lung, liver and kidney
vii
was indicated that H. perforatum, H. adenotrichum, H. aviculariifolium and H. sechmenii reduced inflammation.
In conclusion, it can be deducted that H. adenotrichum, H. aviculariifolium and H. sechmenii have similar effects compared to H. perforatum when the inflammatory and oxidative effects caused by LPS were evaluated by liver, kidney, hemolysate parameters and FDG-PET analysis
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Hypericum Perforatum
Hypericum Adenotrichum
Hypericum Aviculariifolium
Hypericum Sechmenii
LPS
İnflamasyon
İç Anadolu Bölgesinde yetişen bazı endemik hypericum bitkilerinin inflamasyona olan etkilerinin karşılaştırılmas
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3210
2022-06-16T00:02:14Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_172
Yağcı, Emine
2022-06-15T06:12:25Z
2022-06-15T06:12:25Z
2021
http://hdl.handle.net/11684/3210
Prostat kanseri, özellikle yaşlı erkekleri etkileyen, erkeklerde en sık görülen ikinci kanserdir. Prostat kanseri riskinin %42 kadarının, genetik etkiler tarafından açıklanabileceği tahmin edilmektedir ve yüksek morbiditesine rağmen etiyolojisi tam olarak bilinememektedir.
Prostat kanserinin tanısında serum prostat spesifik antijen (PSA) seviyeleri kullanılır. Ancak, PSA'nın serum seviyelerindeki artış kansere özgü değildir ve BPH'li hastalarda da görülebilir. Bu nedenle prostat kanserinde teşhis için daha spesifik biyobelirteçlerin tanımlanmasına ihtiyaç vardır.
Kanser gibi hastalıkların prognozu zayıf kaldığı için modern moleküler biyoloji ve tıp, terapötik ve prognostik öneme sahip yeni genomik belirteçlerin geliştirilmesiyle ilgilenmektedir. Tek nükleotid polimorfizmleri (SNP'ler) en önemli genomik belirteç türlerinden biridir.
İnflamasyon, enfeksiyon veya kimyasallara ve partiküllere maruz kalmanın neden olduğu fizyolojik yaralanmaya karşı karmaşık bir tepkidir. Prostatik inflamasyonda hücresel olarak doğrudan üretilen sitokinlerin yanı sıra, TLR’ler ve NLR’ler gibi doğuştan gelen bağışıklıkta görevli moleküller de özel bir aktiviteye sahiptir. Ayrıca yapılan çalışmalar, kemokinler, siklooksigenazlar ve prostat kanseri geliştirme riski arasında bir ilişki olduğunu göstermiştir.
Çalışmamız, inflamatuar süreçte etkili olan kemokinler (CCL11, CCR3, CXCL12, CXCR4), kalıp tanıma reseptörleri (NOD1, NOD2, TLR4) ve sikloksigenaz (COX-2) genlerine ait 8 SNP ve inflamatuar süreçte görevli IL-1β, LY96 ve TLR4 proteinlerinin serum seviyelerininin prostat kanseri riski ile ilişkisini belirlemek amacıyla planlanmıştır.
Çalışmamızda; 90 hasta (28 BPH, 62 Prostat kanseri tanısı alan) ve 90 sağlıklı bireyden alınan kan örneklerinden DNA izole edilmiştir. Polimorfizmlerin değerlendirilmesi için PCR-RFLP yöntemi kullanılmıştır. Serum protein seviyelerinin belirlenmesi için elisa kiti kullanılmıştır.
vi
Değerlendirilen tüm gruplar için CCR3 rs4987053 ve COX-2 rs689466 varyantları genotip dağılımları ve allel frekanslarının gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark gösterdiği belirlenmiştir. rs4987053 varyantı için homozigot, resesif ve dominant modellerde, rs689466 varyantı için heterozigot-dominant modelde genotip dağılımlarında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur. Ayrıca NOD1 rs5743336 varyantı genotip dağılımlarında non-kanseröz ve prostat kanseri grubu arasında anlamlı fark tespit edilmiştir. rs5743336 varyantı prostat kanseri ve kontrol grubu arasında genotip dağılımları ve allel frekanslarında, ayrıca heterozigot, homozigot ve dominant modelde genotip dağılımlarında istatistiksel olarak anlamlı fark belirlenmiştir. Bununla birlikte rs16969415, rs1801157, rs2228014, rs2066847, rs4986791 polimorfizmleri ile prostat kanseri riski arasında anlamlı bir ilişki belirlenememiştir.
Serum IL-1β, LY96 ve TLR4 protein seviyelerinde tüm gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı fark belirlenmiştir. İnflamatuar protein seviyeleri ve gen varyantlarının genotip dağılımlarına göre analizinde, TLR4 serum seviyesi ile varyantlar arasında anlamlı fark belirlenemezken, IL-1β serum seviyeleri ile rs689466 varyantı arasında anlamlı bir fark saptanmıştır. Ayrıca, LY96 serum seviyeleri ile rs2228014, rs5743336 varyantları arasında da anlamlı bir fark belirlenmiştir
Prostate cancer is the second most common cancer in men, affecting especially older men. It is estimated that up to 42% of prostate cancer risk can be explained by genetic influences, and its etiology is not known exactly despite its high morbidity.
Serum prostate-specific antigen (PSA) levels are used in the diagnosis of prostate cancer. However, the increase in serum levels of PSA is not specific to cancer and may occur in patients with BPH as well. Therefore, more specific biomarkers are needed to diagnose prostate cancer.
Because the prognosis of diseases such as cancer remains poor, modern molecular biology-medicine is concerned with the development of genomic markers of therapeutic and prognostic importance. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are one of the most important types of genomic markers.
Inflammation is a complex response to infection or physiological injury caused by exposure to chemicals and particles. In addition to cytokines produced directly cellular in prostatic inflammation, molecules involved in innate immunity such as TLRs and NLRs also have a special activity. Additionally, studies have shown an association between chemokines, cyclooxygenases, and the risk of developing prostate cancer.
Our study was planned to determine the relationship between with risk of prostate cancer the 8 SNPs belonging to the chemokines-chemokine receptor (CCL11, CCR3, CXCL12, CXCR4), pattern recognition receptors (NOD1, NOD2, TLR4), and cyclooxygenase (COX-2) genes that are effective in the inflammatory process, and the serum levels of TLR4, LY96, IL-1β proteins involved in the inflammatory process.
In our study; DNA was isolated from blood samples taken from 90 patients and 90 healthy individuals. PCR-RFLP method was used for the evaluation of polymorphisms. The ELISA kit was used to determine serum protein levels.
It was determined that genotype distributions and allele frequencies of rs4987053 and rs689466 variants showed a statistically significant difference between the groups for all evaluated groups. Besides, a significant difference was found
viii
between the non-cancerous/the prostate cancer groups in rs5743336 variant genotype distributions. However, no significant relationship was found between polymorphisms the rs16969415, rs1801157, rs2228014, rs2066847, rs4986791, and risk of prostate cancer.
A statistically significant difference was found between all groups in serum IL-1β, LY96, and TLR4 protein levels. In the comparative analysis of inflammatory protein levels and gene variants according to genotype distributions, a significant difference was found between serum levels of IL-1β and variant of rs689466. A significant difference was determined between serum levels of LY96 and rs2228014, rs5743336 variants.
tur
info:eu-repo/semantics/openAccess
Prostat Kanseri
İnflamasyon
Polimorfizm
Kemokin
TLR4
NOD1
COX-2
LY96
IL-1β
Prostate Cancer
İnflammation
Polymorphism
Chemokine
Prostat kanserinde inflamatuar gen varyantları ve protein seviyelerinin belirlenmesi
masterThesis