2024-03-28T14:34:51Z
http://openaccess.ogu.edu.tr:8080/oai/request
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/297
2016-02-22T10:15:00Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Akdaş, İrem
author
2013
Toksoplasma gondii (T.gondii) dünyanın her yerinde bulunan ve bütün
memelileri enfekte edebilen bir protozoondur. Yaşam döngüsünde; kediler ve kedigiller
kesin konak olup, diğer sıcakkanlı omurgalılar ise ara konaklık yapmaktadır. Bulaşım
yolları farklı toplumlarda değişiklik gösterebilmektedir. Yeme alışkanlıkları ve kedilerle
temasa bağlı olarak nüfusun %80’i bu protozoonla enfekte olabilmektedir. Toksoplazma
enfeksiyonlarının büyük bir çoğunluğu asemptomatiktir ve bazı enfekte kişilerde
servikal lenfadenopati, oküler bozukluklar, merkezi sinir sistemi bozuklukları ve beyin
apsesi oluşturabilir. Konjenital toksoplazmoziste etken plesantayı geçerek fetusu
enfekte edebilmektedir. Enfekte fetustaki belirtiler; hidrosefali, mikrosefali, intrakranial
kalsifikasyonlar, retina hasarı ve mental retardasyondur. Toksoplazma nörotropizm
açısından oryantasyon bozukluğu, anksiyete, depresyon ve hatta şizofrenik psikozlarda
ve AIDS gibi latent enfeksiyonlularla, immün sistemi baskılanmış kişilerin %60’ında
görülebilmektedir. Benzer psikiyatrik komplikasyonlar ve meningoensefalit,
toksoplazma ile enfekte immün sistemi sağlıklı konaklarda da görülebilmektedir.
İnsanlarda yapılan bazı çalışmalarda, latent toksoplazmozun kişilik değişikliklerine ve
IQ’nun düşmesine neden olduğunu ortaya koymuştur.
Şizofreni; nedeni bilinmeyen şiddetli bir nöropsikiyatrik bozukluktur. Çalışmalar
güçlü bir genetik komponenti işaret etmekle birlikte, epidemiyolojik verilerin çoğu bazı
durumlarda şizofreninin enfeksiyon hastalıkları ile ilişkili olabileceğini göstermektedir.
Yapılan bir araştırmada da, şizofreni ile influenza A, rubella, herpes simplex type 2 gibi
prenatal dönemde maruz kalınan virüsler ve postnatal dönemde maruz kalınan
bakteriyel ajanların sebep olduğu menenjit ve ensefalit arasında da bir ilişki olabileceği
gösterilmiştir. Son yıllarda; toksoplasmozun klinik olarak belirsiz olsa bile; parazitin
trofozoitlerinin beyinde glia hücrelerine olan özel afinitesinden dolayı nörotrofik ve
şizofreniye neden olan bir ajan olabileceği ileri sürülmektedir.
Eylül 2012 - Eylül 2013 tarihleri arasında sürdürülen çalışmamızda; ESOGÜ Tıp
Fakültesi Hastanesi Ruh Sağlığı ve Hastalıkları polikliniğine başvuran, 87 bipolar
affektif bozukluk (BAB), 63 şizofreni tanısı almış hastalar ile psikiyatrik hastalık
v
geçmişi bulunmayan ve daha önce anti psikotik, anti depresan ilaç kullanmamış, sağlıklı
50 gönüllüden alınan kan örnekleri; gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR)
ve Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay (ELISA) yöntemleri kullanılarak T.gondii
varlığı açısından değerlendirilmiştir. Çalışmamızda ayrıca hasta grubuna 29, kontrol
grubuna 21 sorudan oluşan; sosyal değişkenler ve T.gondii bulaş yolları ile temaslarını
içeren bir anket uygulanmış, T.gondii varlığı ile bu değişkenler arasındaki ilişki
değerlendirmeye alınmıştır.
Hasta ve kontrol grubuna ait toplam iki yüz örnek çalışmaya alınmış, ELİSA ve
PZR yöntemlerinden en az birisi ile T. gondii varlığı saptanan örnekler pozitif olarak
kabul edilmiştir. Buna göre sırasıyla; 200 serum örneğinin 61’inde (% 30.5) T.gondii
seropozitifliği tanımlanmıştır, bunların 53’ünde (% 86.6) yalnızca ELISA yöntemi ile
anti toxo IgG antikorları (Ab), 4’ü (% 6.7) yalnızca PZR ile, 4’ü de (% 6.7) hem PZR
hem de ELISA IgG yöntemleri ile pozitif olarak saptanmıştır. Hasta grubundan alınan
150 serum örneğinin 47’sinde (%31.3). T.gondii pozitifiği saptanmıştır. Pozitif
örneklerin, 39’u (% 83) yalnızca ELISA yöntemi ile Toxo IgG antikorları, 4’ü (% 8.5)
yalnızca gerçek zamanlı PZR yöntemi ile, 4’ü (% 8.5) de hem PZR hem ELISA IgG
testi ile pozitif bulunmuştur. Hasta grubunu oluşturan 87 BAB hastasının 29’unda (%
33.3) ve 63 şizofreni hastasının 18’inde (%28.6) T.gondii antikorlarının varlığına
rastlanmıştır. Hasta grubunda pozitiflik saptanan 47 örneğin; 29’unun (% 61,7) BAB
tanısı almış, 18’inin (% 38,3) şizofreni tanısı almış olan hastalara ait olduğu tespit
edilmiştir. Kontrol grubunda 14 serum örneğinde (%28) ELISA IgG ile T. gondii varlığı
tanımlanırken, PZR yöntemi ile pozitif sonuç saptanmamıştır. ELISA yöntemi ile anti
toxo IgM antikorları varlığı hem hasta hem de kontrol grubunda saptanamamıştır.
T.gondii is a protozoan parasite found worldwide that infects all kinds of
mammals, including cats, livestock, and human beings. In its life cycle, cats and other
felids are the definitive hosts and the other warmblooded vertebrates are intermediate
hosts. The importance of these modes of transmission may vary in different populations
Depending on eating habits and exposure to cats, up to 80% of the population may be
infected with this protozoan. Most of Toxoplasmosis infections are asymptomatic to
mild and in some infected persons cervical lymphadenopathy, ocular disease and brain
abscess may ocur. In congenital toxoplasmosis the organisms may cross the placenta
and infect the fetus. The symptoms of congenital toxoplasmosis include hydrocephaly,
microcephaly, intracranial calcifications, damage to the retina, and mental retardation.
With regard to neurotropism of T. gondii, psychiatric manifestations such as
disorientation, anxiety, depression and even psychoses with schizopherniform
characters are seen in 60% of immunocompromised individuals with AIDS in whom
latent infections are reactivated. Similar psychiatric complications and
meningoencephalitis can also occur in T. gondii-infected immunocompetent human
hosts and human studies revealed that latent toxoplasmosis may cause personality
changes and decreased IQ.
Schizophrenia is a pervasive, neuropsychiatric disease of uncertain cause that
affects approximately 1% of the adult population in the United States and Europe. An
increased occurrence of schizophrenia in family members of affected individuals
suggests that genetic factors may play a role in its etiology, and specific genes have
been proposed as being responsible for predisposing to schizophrenia. Environmental
factors are also important. Epidemiological studies, eg, have established that winterspring
birth, urban birth, and perinatal and postnatal infections are all risk factors for the
disease developing in later life. These environmental studies have rekindled interest in
the possible role of infectious agents in schizophrenia. Although a potential link
between T. gondii and neuropsychiatric disorders, particularly schizophrenia, has been
proposed controversial results have also been reported.
vii
In our study, we examined the blood samples of 150 patients with the diagnosis of
schizophrenia or bipolar affective disorder from Clinic of Psychiatric and 50 volunteers
in Eskisehir in between September 2012 – September 2013. Samples were analyzed by
RealTime PCR and ELISA.
A total of two hundred examples of patient and control groups included in the
study, applied at least one of ELISA and PCR assays detected the presence of
Toxoplasma gondii have been considered as positive samples. Accordingly ,
respectively, 61 of 200 samples (30.5% ) were defined seropositivity of T.gondii.
Thereof , in 53 (86.6%) only by ELISA with anti-Toxo IgG antibodies (Ab), and 4 (
6.7%) only by PCR , 4 (6.7% ) and PCR as well as ELISA IgG methods were positive.
150 serum samples which taken from the patient group, 47 (31.3%) samples
seropositivity of T.gondii was determined. Positive samples of patients group, 39 of 47
(83%) were determined positive by only ELISA method with the Toxo IgG antibodies,
4 (8.5% ) were determined positive by only real-time PCR method , and 4 ( 8.5%) were
determined positive by as well as PCR and ELISA IgG. The patient group consisted of
29 of 87 patients with BAB (33.3%) and In 18 of 63 patients with schizophrenia
(28.6%) were observed for the presence of antibodies of T.gondi. Positivity was
detected in the patient group of 47 samples, 29 of 47 (61.7%) were diagnosed BAB, 18
of 47 (38.3%) patients who received a diagnosis of schizophrenia that have been
identified. Anti- Toxo IgM antibodies by ELISA presence was not detected in both
patients and controls .While T.gondii was seen in 47 of 150 (% 31.3) patients and 14 of
50 (% 28) controls. In point of existance of T.gondii pozitiveness , the was no statical
difference between control and patients group
http://hdl.handle.net/11684/297
Toxoplasma Gondii
Şizofreni
Bipolar Affektif Bozukluk
Sosyal Değişkenler
ELISA
Gerçek Zamanlı PZR
Schizophrenia
Bipolar Affective Disorder
Social Variables
RealTime PCR
Şizofreni, bipolar affektif ve anksiyete bozukluk tanısı almış hastalarda toxoplaşma gondii prevalansının serolojik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/428
2016-06-10T00:00:16Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Heydarlou, Mehdi
author
2015
Clostridium difficile, asemptomatik taşıyıcılık, ılımlı diyare, psödomembransız kolit, psödomemranöz kolit (PMK), fulminant kolit/toksik megakolon gibi çok çeşitli klinik tablolara neden olabilen insan gastrointestinal sistem mikrobiyota üyesi, gram pozitif, sporlu anaerob çomakçıktır. Geniş spektrumlu antibiyotik kullanımı sonrası kolonda bulunan C. difficile suşları ekolojik avantaj kazanıp çoğalmakta ve toksin sentezleyerek ishale neden olmaktadır. Son 20 yılda gerek hastane, gerekse toplum kaynaklı Clostridium difficile enfeksiyonlarının insidans ve mortalitesinde belirgin bir artış olduğu göze çarpmaktadır.
Bu çalışmada Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Hastanesi Hematoloji ve Onkoloji kliniklerinde terapötik veya proflaktik amaçlı geniş spekturumlu antibiyotik kullanımı sonrasında ishal gelişen hastaların dışkısında toksijenik C. difficile varlığının iki farklı immündiagnostik ve bir moleküler test kullanarak araştırılması amaçlanmıştır. Ocak-Haziran 2015 tarihleri arasında Hematoloji ve Onkoloji kliniklerde yatan ve diyaresi olan 82 hastanın dışkı örnekleri incelenmiştir. Dışkı örnekleri kapaklı, sızdırmaz transport dışkı kaplarında bir saat içinde mikrobiyoloji laboratuvarına ulaştırıldı. Glutamat dehidrogenaz enzimi (GDH) ve toksin A ve B saptamada EIA yöntemi (TECH LAB, Inc.) , toksin B genini saptamada ise real-time PCR yöntemi (BD GeneOhm™ Cdiff Assay) kullanılmıştır.
Elli altı örnekte her üç testle negatif sonuç elde edildi. Dokuz hastada yapılan testlerden en az iki tanesi pozitif olarak bulundu. Üç hastada ise EIA (GDH, toksin A ve B ) testleri pozitif iken moleküler yöntemle negatif sonuç alındı. Moleküler yöntem ile saptanan ve yalancı negatiflik olarak kabul ettiğimiz bu durumun tcdB geninde gerçekleşen mutasyon veya sadece toksin B/binary toksin sentezleyen suş nedeniyle olduğu düşünüldü.
Sonuçlarımıza göre GDH EIA testinin güvenilir bir tarama testi olarak riskli hasta gruplarında ilk test olarak uygulanması ve GDH pozitifliği durumunda ise toksin A ve B saptayan immündiagnostik testler veya toksin B genini saptayan moleküler testlerden biriyle sonucun doğrulanması uygun bir yaklaşım olacaktır.
Clostridium difficile, the member of human gastrointestinal system microbiotia, is a gram-positive, spore-forming anaerobic bacilli . It is present in the gastrointestinal tract in asymptomatic carriers, though; it can cause a variety of clinical features such as: mild diarrhea, non-pseudomembranous colitis, pseudomembranous colitis (PMC), and fulminant colitis/toxic megacolon. Following the useage of broad spectrum antibiotics, C. difficile strains gain benefit of ecological advantage and start to multiply and produce toxins leading to diarrhea. In the last 20 years, nosocomial and community acquired C. difficile infections showed significant increasing incidence and mortality rates.
Our study is aimed to investigate toxigenic C. difficile in diarrheal stool specimens collected from in-patients of Eskişehir Osmangazi University Hospital Hematology and Oncology departments who receive broad spectrum antibiotics for prophylactic or therapeutic purposes. Using two different methods; toxigenic C. difficile was investigated using by immunodiagnostic and molecular tests. During the period between January-June 2015, 82 diarrheal specimens were collected in suitable stool containers and sent to microbiology laboratory within an hour . EIA method (TECH LAB, Inc.) was used to detect the presence of glutamate dehydrogenase enzyme and toxins A plus B. Also, real-time PCR (BD GeneOhm™ Cdiff Assay) was used to detect toxin B gene.
Fifty six samples were negative in all three tests performed. However; nine specimens were positive in at least two diagnostic tests performed. Three samples were positive by EIA (GDH, toxins A and B) while these specimens were negative by the molecular test. The negative result could be false negative due to tcdB gene mutation , or it could be due to toxin B/binary toxin producing strain.
According to our results, GDH EIA is a reliable initial screening test to be applied in high risk patients. Though, it would be an appropriate approach to verify GDH EIA positive results by performing either immuno diagnostic tests which detect toxin A and B or toxin B gene based moleculer tests.
http://hdl.handle.net/11684/428
Clostridium Difficile
Toksin A
Toksin B
Diyare
Tanısal Test
Diarrhea
Diagnostic Tests
Toxins
Toxins B
Hematolojik malignansili hastalarda gelişen diyareolgularında clostridium difficile toksinlerinin araştırılması
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/712
2016-12-01T01:00:50Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Gitmez, Fatma
author
2013-07
Trichomonas vaginalis insan ürogenital sisteminde yaşayan, kamçılı bir protozoon olup, oluşturduğu hastalığa trichomoniasis adı verilmektedir. Trichomoniasis, dünya çapında yaygın görülen bir enfeksiyondur ve viral olmayan cinsel yolla bulaşan hastalıklar arasında en sık görülenidir. İnsanların sosyo-ekonomik yapısına bağlı olarak toplumdan topluma ya da toplum içerisinde farklı gruplar arasında yaygınlığı değişebilmektedir. Parazit genellikle cinsel temas ile bulaşir ayrıca; ortak kullanılan iç çamaşırı, yüzme havuzları ve alafranga tuvaletler de bulaşımda rol oynamaktadır. Trichomoniasis her zaman hastalık belirtilerine neden olmaz özellikle erkeklerde genellikle belirtisiz seyirlidir. Trichomoniasis‟in teşhisinde; direkt mikroskopik inceleme, boyama yöntemleri, kültür, çeşitli immünolojik ve moleküler yöntemler kullanılmaktadır.
Araştırmamız 01.06.2012 ve 31.01.2013 tarihleri arasında Kanser Erken Teşhis ve Tarama Merkezi (KETEM) ve Eskişehir Devlet Hastanesi Kadın Doğum Polikliniğine vajinal yakınmalar ile başvuran 406 kadın hasta ve Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Üroloji Polikliniğine üriner sistem yakınmaları ile başvuran 219 erkek hasta üzerinde yapılmıştır. Erkek hastalardan alınan sabah ilk idrar örnekleri direkt ve giemsa boyalı mikroskopi ve kültür yöntemleri ile incelenmiş, kadın hastalardan alınan vajinal sürüntü örnekleri ise bu yöntemler ve ek olarak real time PZR yöntemleriyle T. vaginalis yönünden değerlendirilmiştir. İncelenen 406 kadın hastanın 35‟inde (%8.6) T. vaginalis saptanırken, 219 erkek hastada yöntemlerden herhangi biriyle T. vaginalis varlığı saptanmamıştır. Çalışma grubumuza bir anket uygulanarak çeşitli sosyal değişkenlerle T. vaginalis görülmesi arasındaki ilişki araştırılmıştır. Buna göre T. vaginalis enfeksiyonun görülmesi ile anket formumuzda belirtilen değişkenler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunamamıştır (p>0,05).
Tanıda kullanılan yöntemlerin performansları karşılaştırılmış, direkt mikroskopi, giemsa boyama ve kültür yöntemlerinin yanı sıra PZR yöntemlerinin de uygulanması çalışmanın güvenirliğini arttırdığı sonucuna varılmıştır.
Trichomonas vaginalis (T. vaginalis) is a flagellated protozoon which lives in the urogenital system of the human and causes trichomoniasis. Trichomoniasis, a protozoan infection, has a worldwide distribution and is the most common nonviral, sexually transmitted disease. It is usually transmitted by sexual contact and rarely by shared usage of underclothes, swimming pools, and toilets. Sometimes there are no symptoms of T. vaginalis. Especially in men, trichomoniasis is is frequently asymptomatic. Direct microscopic examination, staining methods, culture, immünological and molecular methods are used in diagnosis of trichomonoiasis.
In this study, we examined the vaginal swab samples of 406 females who presented at the obstetrics and gynecology outpatient clinics with vaginal complaints urine samples of 219 males with urinary tract symptoms who presented at Urology outpatient clinic in Eskişehir between June 2012 - January 2013. Samples were analyzed by real time PZR, culture and microscobic examination of nativ and Giemsa stained prepations. While T. vaginalis was detected in 35 samples of 406 females (%8.6), it couldn‟t be found in any ürine sample belonging to males by any methods. A questionnaire was used to determine the relationship between the sociocultural status of the patients and the incidence of trichomoniasis. There was no statistical significiant correlation between questions and the existance of T. vaginalis infection (p>0,05). The methods used for diagnosis were compared. The usage of the real time PZR together with culture methods, direct and stained microscopy in diagnosis of T. vaginalis increases the reliability of the results.
http://hdl.handle.net/11684/712
Trichomonas Vaginalis
Sosyal Değişkenler
Giemsa Boyama
Kültür
Real Time PZR
Social Variables
Giemsa Stained
Culture
Real Time-PZR
Vajinal yakınmalı kadın hastalarda ve üriner sistem şikayeti bulunan erkek hastalarda trichomonas vaginalis’in yaygınlığının farklı yöntemlerle araştırılması ve çeşitli sosyal değişkenler açısından incelenmesi
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/835
2016-12-31T01:00:35Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Aydın, Emrah
author
2013
Karbapenemler beta-laktam antibiyotikler arasında en geniĢ aktivite spektru-muna sahip ilaçlardır. Ancak günümüzde karbapenem dirençli Enterobacteriaeceae enfeksiyonları dünya çapında bildirilmektedir. Bu direncin esas nedeni, genetik ola-rak aktarılabilir karbapenemaz üretimidir. Bu çalıĢmada, EskiĢehir Osmangazi Üni-versitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalında klinik örneklerden izole edi-len ve Phoenix (BD Diagnostics, ABD) otomatize sistemi ile karbapenem minimal inhibitör konsantrasyon (MĠK) değerlerinde artıĢ saptanan 190 Enterobacteriaceae suĢundan 104’ünde Etest (bioMerieux, Fransa) yöntemi ile MĠK değerlerinde artıĢ olduğu doğrulanmıĢtır. Bu suĢlar üzerinde yapılan fenotipik testler ile, karbapenem direnç mekanizması olarak; 33’ünde (%31,5) “geniĢlemiĢ spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) + OXA-48 ve benzeri profil”, 26’sında (%25) OXA-48 ve benzeri profil, 18’inde (%17,5) metalo-beta-laktamaz (MBL), 13’ünde (%12,5) “KPC+MBL”, 13’ünde (%12,5) “GSBL+Porin kaybı” ve 1’inde (%1) KPC saptanmıĢtır. Ayrıca EskiĢehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesinde çeĢitli servislerde yatmakta olan 210 farklı hastadan alınan rektal sürüntü örnekleri 1 μg/ml dozda imipenem içeren EMB agar besiyerlerine ekilmiĢ, izole edilen 16 suĢta Etest yöntemi ile karbapenem MĠK artıĢı olduğu doğrulanmıĢtır. Bu suĢlar üzerinde yapılan fenotipik testler ile, karbapenem direnç mekanizması olarak; 11’inde (%5) OXA-48 ve benzeri profil, 3’ünde (%1,5) “KPC+MBL”, 2’sinde MBL (%1) mekanizması saptanmıĢtır. Bu ça-lıĢmaya göre; otomatize sistem sonuçlarına göre karbapenem MĠK değerlerinde artıĢ saptanan izolatlarda bu artıĢın doğrulanması ve hastane içinde, karbapenem dirençli Enterobacteriaceae prevalansının arttığı birimlerde karbapenem içeren besiyeri kul-lanılarak taĢıyıcılık taraması yapılması mantıklı görünmektedir.
Carbapenems have the widest spectrum of activity among beta-lactam antibiotics. However, today, carbapenem resistant Enterobacteriace infections have been reported worldwide. The main cause of this resistance is the genetic transfer of carbapenemase genes. In this study, 104 of 190 Enterobacteriaeceae strains which were isolated from clinical specimens at Eskisehir Osmangazi University Medicine of Faculty, Department of Microbiology and detected as having increased MIC values by Phoenix (BD Diagnostics, USA) automated system were confirmed as having increased MIC values by using Etest (bioMerieux, France) method. By using phenotypic methods on these strains, the mechanisms of carbapenem resistance have been detected as follows: At 33 strains (%31,5) as “extended spectrum beta-lactamase (ESBL) + OXA-48-like profile”, at 26 strains (%25) as OXA-48-like profile, at 18 strains (%17,5) as metallo-beta-lactamase (MBL), at 13 strains (%12,5) as “KPC+MBL”, at 13 strains (%12,5) as “ESBL+Porin loss” and at 1 strain (%1) as KPC. On the other hand, 210 rectal swabs collected from hospitalised patients at various services of Eskisehir Osmangazi University Faculty of Medicine were plated on EMB agar media which contain imipenem at 1 μg/ml dose for each. Sixteen of isolated strains were confirmed as having increased carbapenem MIC values by using Etest method. By using phenotypic methods on these strains, the mechanisms of carbapenem resistance have been detected as follows: At 11 strains (%5) as OXA-48-like profile, at 3 strains (%1,5) as “KPC+MBL”, at 2 strains (%1) as MBL (%1). According to this study, confirmation of increased carbapenem MIC values detected by automated system and screening of the carriers by using carbapenem containing media at the units that have increased carbapenem resistant Enterobacteriaceae prevalance, seem reasonable.
Aydın, E. Enterobacteriaceae klinik izolatlarında karbapenemaz varlığının fenotipik yöntemlerle araştırılması. Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıpta Uzmanlık Tezi, Eskişehir, 2013.
http://hdl.handle.net/11684/835
Enterobacteriaeceae
Karbapenem Direnci
Karbapenemaz
Carbapenem Resistance
Carbapenemase
Enterobacteriaceae klinik izolatlarında karbapenemaz varlığının fenotipik yöntemlerle araştırılması
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/964
2017-01-28T01:00:35Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Aslan, Müge
author
2012
İnvaziv aspergilloz (İA) özellikle bağışıklığı baskılanmış hasta grubunda son yıllarda insidansında artış görülen ve yüksek mortalite nedeni olan bir mantar enfeksiyonudur. Bu hasta grubunda nötropeni İA gelişimi için önemli bir risk faktörüdür. Mevcut yöntemlerin erken tanıda yetersiz kalması ve hastalığın hızla ilerlemesi nedeniyle serolojik yöntemler (Galaktomannan antijen testi) ve moleküler yöntemler (polimeraz zincir reaksiyonu) gündeme gelmiştir. Bu çalışmada, Ocak 2011-Ocak 2012 tarihleri arasında ESOGÜ Tıp Fakültesi Hematoloji Servisi ve Kemik İliği Transplantasyon Ünitesinde takip edilen hematolojik maligniteli 99 hastadan febril nötropenik oldukları dönemde toplam 358 ve kontrol grubuna ait 29 serum örneği elde edilmiştir. Prospektif olarak hastaların klinik bulguları ve laboratuvar verileri izlenmiştir. Sınıflandırma Avrupa Kanser ve Mikoz Araştırma ve Tedavi Çalışma Grubu (EORTC-MSG) kriterlerine göre yapılmıştır. Galaktomannan antijen testi ve biri standardize diğeri in house olmak üzere iki farklı real time PCR testi ve geleneksel PCR işlemleri uygulanmıştır. Bu yöntemlerin herbiri farklı duyarlılık oranları sergilemiş olmakla birlikte, en iyi performans standardize real time PCR testi ile elde edilmiştir. Ayrıca yöntemlerin kombine kullanımı ile duyarlılık oranlarında anlamlı yükselmeler gözlenmiştir. Hastalara uygulanan kemoterapi rejimleri, kullandıkları antifungal ve antibakteriyel tedavi, nötropeni düzeyi, altta yatan hastalığı gibi faktörlerin kullanılan yöntemler üzerine etkisi değerlendirilmiş olup nötropeni düzeyi ve antifungal kullanımının test performansını etkileyebileceği saptanmıştır. Sonuç olarak; İA‟un erken tanı ve tedavisinde, klinik bulgularla birlikte GM ve standardize real time PCR testlerinin birlikte kullanımının yararlı olacağını, PCR‟ın rutin kullanıma girmesi için daha geniş çaplı çalışmalara ihtiyaç olduğunu düşünmekteyiz.
The incidence of invasive aspergillosis (IA) which is associated with extremely high mortality rates, has increased over the last years especially in immuncompromised patients. Neutropenia is an important risc factor for IA. Because of difficulties about diagnosing the infection early in the course of the disease and rapidly progresive clinical outcome; serological( Galactomannan antigen test, GM) and molecular diagnostic assays (Polimerase chain reaction) developed in recent years. This study was conducted with 358 sera samples from 99 patients febril neutropenic episodes who were followed in haematology and bone marrow tranplantation units of ESOGU faculty of medicine hospital with suspicious IA and 29 samples from 29 control patients between January 2011-January 2012. Patients clinical and laboratory findings prospectively observed. They were classified by European Organisation for the Research and Treatment of Cancer/Mycoses Study Group criteria. GM antigen test and two different commercial real-time PCR test; one of them is standardised and the other one is in house real time PCR and conventional PCR performed. All these assays showed different sensitivity rates but highest rate of sensitivity obtained from standardised real-time PCR test. Also sensitivity is increased by using combination of diagnostic methods. We evaluated impact of chemoterapy regimens, antifungal and antibacterial treatment, underlying disease, degree of neutropenia on diagnostic tests performance. We detected that antifungal treatment and the degree of neutropenia may influence of diagnostic assays performances. In conclusion; we thought that together with assessment of clinical signs and symptoms, GM antigen test and standardised real-time PCR tests could be beneficial for early diagnosis and treatment of ĠA. For routin usage of PCR as diagnostic assay more larger studies needed in future.
http://hdl.handle.net/11684/964
PCR
İnvaziv Aspergilloz
Febril Nötropeni
Galaktomannan
İnvasive Aspergillosis
Febril Neutropenia
Galactomannan
Febril nötropenik hastalardaki invaziv aspergillus enfeksiyonlarının tanısında galaktomannan antijen testi ve pcr’in tanıdaki yeri
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/989
2017-02-02T01:00:16Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Koçman, Nazmiye Ülkü
author
2012
Amöbiyozis, Entamoeba histolytica’nın (E. histolytica) neden olduğu tüm dünyada yaygın olarak görülen bir parazit enfeksiyonudur. Gelişmekte olan ülkeler için halen önemli bir halk sağlığı sorunu olup, hastalıklı kişilerin kısa zamanda ayırıcı tanısının yapılması gerekir. Çalışmamızda Entamoeba histolytica' nın saptanmasında direkt mikroskobi, kültür, ELISA ve PCR yöntemlerinin sonuçlarının birbiriyle uyumları ve yöntemlerin performansları değerlendirildi. Bu amaçla; gastrointestinal yakınmalarla 2 farklı hastaneye başvuran hastalardan ve rastgele seçilen yedi farklı ilköğretim okulundan toplanan 977 dışkı örneği direkt mikroskobi, kültür ve trikrom boyama yöntemleri ile incelenmiştir. Bunlar arasından seçilen 351 dışkı örneğine, dışkıda antijen arayan ELISA testi ve real time multiplex PCR yöntemleri ile E. histolytica varlığı araştırılmıştır. Direkt mikroskobi yöntemi ile şüpheli amip kisti görülme oranı 83 (%23.6) olup, bunların 45 (%12.8) tanesi trikrom boyama yöntemi ile, 32 (%9.1) tanesi kültür yöntemi ile, 13 (%3.7) tanesi ELISA yöntemiyle, 4 (%1.1) tanesi moleküler yöntem ile pozitif olarak saptanmıştır. Moleküler yöntem ile 7 (%2.0) örnekte E. histolytica pozitif olarak saptanmış olup, bunlardan 4 (%1.1) tanesi direkt mikroskobi ile, 2 (%0.6) tanesi trikrom boyama yöntemi ile, 2 (%0.6) tanesi kültür yöntemi ile ve 1 (%0.3) tanesi ELISA yöntemi ile pozitif olarak saptanmıştır. Tüm yöntemlerle sadece 1 örnekte ortak pozitiflik saptanmıştır. Dışkıdaki inhibitör maddelerin varlığı, ekstraksiyondaki zorluklar ve ektrakte edilen dışkı miktarında parazitin olmaması gibi nedenler moleküler yöntemler ile daha az sayıda amip kisti saptanmasına neden olmuştur.
Amebiasis, is a common parasitic infection in all over the world, which is caused by Entamoeba histolytica (E. histolytica). In developing countries it is still an important public health problem, and the differential diagnosis of infected persons should be done as soon as possible. In our study, detection of E. histolytica with direct microscopy, culture, ELISA and PCR methods and we evaluate results and methods of corelation to each other. For this reason, we study 977 stool samples which selected patients with gastrointestinal complients admitted to two different hospital and collected from randomly selected seven different primary schools. 977 stool specimens were investigated direct microscopy, culture and trichrome staining methods. 351 stool samples selected from all samples and study ELISA method and multiplex real-time PCR method. By the method of direct microscopic examination of E. histolytica / dispar prevalence of 83 (23.6%), and 45 of them (12.8%) found positive with trichrome stain, 32 (9.1%) of them found positive with the culture method, 13 (3.7%) of them found positive with ELISA method, 4 (1.1%) of them found positive with molecular method. By molecular method 7 (2.0%) stool sample is found to be positive of E. histolytica, 4 (1.1%) of them found positive with direct microscopy, 2 (0.6%) of them found positive with trichrome stain, 2 (0.6%) of them found positive with the culture method, and 1 (0.3%) of them found positive with ELISA method. In only one sample is positive with all diagnostic methods which were we used. The presence of inhibitory substances in feces, the difficulties of stool extraction and absence of the parasite in the stool extract are the reasons of false negative results of molecular methods.
Koçman, NÜ. Entamoeba histolytica’nın tanısında direkt mikroskobi, kültür, ELISA ve moleküler yöntemlerin karşılaştırılması. Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıpta Uzmanlık Tezi, Eskişehir, 2012.
http://hdl.handle.net/11684/989
Entamoeba Histolytica Tanısı
Direkt Mikroskopi
TYI-S 33 Besiyeri
ELISA
Multipleks Tandem Real-Time PCR
Diagnostic methods of Entamoeba Histolytica
Direct Microscopy
TYI-S 33 Medium
Entamoeba histolytica’nın tanısında direkt mikroskobi, kültür, elisa ve moleküler yöntemlerin karşılaştırılması
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1248
2018-01-10T01:00:35Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Qoraan, Iman
author
2015
Pneumocystis jirovecii immundüşkün hastalarda interstisyel pneumoni (PCP) etkeni olan atipik bir mantardır. Bununla birlikte, hastalarda ve sağlıklı bireylerde asemptomatik alt solunum yolu kolonizasyonu da yapabilmektedir. Kolonize bireyler P.jirovecii için hem rezervuar hem de duyarlı hastalara bulaşta enfeksiyon kaynağı rolü oynayabilmektedir. Pneumocystis enfeksiyonlarının tanısında altın standart yöntem, geleneksel boyalarla veya işaretli özgül antikorların yer aldığı direkt floresan antikor (DFA) testleri ile Pneumocystis kist ve/veya trofozoitlerinin hasta örneklerinde gösterilmesidir. Ancak, özellikle düşük parazit yükünün söz konusu olduğu kolonize bireylerde moleküler yöntemlerin daha uygun olduğu bildirilmektedir.
Çalışmamızda, PCP açısından sağlık çalışan ve sağlık çalışan olmayan bireylerde P.jirovecii kolonizasyonu sıklığının belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla, Sağlk çalışanları, sağlık çalışan olmayan gönüller ve immünüşkün gönüllülerden oluşan 250 gönüllüden ağız çalkantı suyu ve nazal sürüntü örnekleri toplanmış ve real-time PCR yöntemi ile P.jirovecii MSG geni araştırılmıştır. Ayrıca, PCR ile P.jirovecii pozitif saptanan örnekler DFA testi ile değerlendirilmiştir.
P.jirovecii kolonizasyon oranı tüm çalışma grubunda %22.8 bulunmuş olup, sağlık çalışanları, sağlık çalışan olmayan erişkinleri ve immündüşkün hastalarda ayrı olarak değerlendirildiğinde sırasıyla %22, %21 ve %28 oranları elde edilmiştir. P. jirovecii kolonizasyonu üzerine etkili olabilecek faktörlerin analizinde; cinsiyet, geçirilmiş solunum yolu enfeksiyonu, kronik hastalık varlığı, sigara ve alkol kullanımı, antibiyotik ve kemoterapi ilac kullanımı, sağlık çalışanın çalışma süresi ile P. jirovecii kolonizasyonu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptanmadı. Hematoloji hastalarında hastalık süresi ile kolonizasyon arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmuştur (P<0.05). Öte yandan, P.jirovecii kolonizasyonu pozitif örneklerin DFA testi ile de değerlendirilmesi sonucunda, P.jirovecii kolonizasyonunun saptanmasında real-time PCR testinin daha duyarlı olabileceği sonucuna varılmıştır.
Bu çalışma, sınırlı bir bölgeyi kapsamakla birlikte, ülkemizde P. jirovecii kolonizasyonunun varlığını ve yaygınlığını ortaya çıkarmıştır. Bilgilerimize göre çalışmamız, Pneumocystis jirovecii enfeksiyonu olmayan bireylerde kolonizasyon prevalansını belirlemeye yönelik ülkemizde yapılan ilk calışmadır. Ancak, ülkemizdeki genel durumun yansıtılabilmesi için, farklı bölgelerden, daha fazla sayıda katılımcının dahil edileceği, kapsamlı çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır.
Pneumocystis jirovecii, is an atypical fungus that can cause interstitial pneumonia in most immunosuppressed patients. However, it could colonize the lower respiratory sistem of patients as well as healthy population. P.jirovecii colonized individuals could act as a major reservoir and would serve as a source of infection for susceptible subjects.
The gold standard method for detection of P.jirovecii is staining trophozoites and cysts by conventional and immunoflorescence stains, though it can be diagnosed by different PCR methods. In colonized subjects, the load of organisms is usually low making it may be more appropriate for detection of Pnuemocystis colonization using PCR methods.
The object of our study is to determine the of prevalence Pneumocystis jirovecii colonization in three different Pneumocytis jirovecii not infected population groups: Health care workers, general population and immunosuppressed volunteers using oropharyngeal and nasal swabs. All specimens were analysed by real time-PCR targetting P.jirovecii MSG gen. Positive samples were re-assessed using direct immunoflourescence method as the standard diagnostic method of P.jirovecii.
Our results showed that a total of % 22 of the hospital workers, % 21 of general population and %28 of immunosuppressed volunteers are colonized with P.jirovecii. Analysis of colonization risk factors; gender, upper respiratory infection, chronic lung infection, smoking, alcohol, working duration in hospital, using antibiotics or chemotherapeutic drugs revealed that there is no statistical difference between these factors and P.jirovecii colonization; however, there is statistical difference between colonized and non colonized groups in terms of disease duration (p<0.05). Moreover, comparing positive results given by real time-PCR with direct immunoflourescence test we found that real time-PCR method is more sensitive in detecting P.jirovecii low levels present ın colonized patients.
In conclusion; our results of P.jirovecii colonization among health workers and general population in our country are comparable to other published data in other populations. This is also the first time to assess P.jirovecii colonization prevalence among PCP not infected immunosuppressed volunteers, health care workers and general population; however, there is a need to study broader groups in Turkey in order to generalize these results.
http://hdl.handle.net/11684/1248
P.jirovecii
Kolonizasyon
Sağlık Çalışan
Sağlık Çalışan Olmayan
İmmündüşkün Gönüllüler
Real Time-PCR
Colonization
Health Workers
General Population
Immunosuppressed Volunteers
Sağlıklı bireylerde pneumocystis jirovecii kolonizasyonunun araştırılması
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1269
2018-02-07T01:00:25Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Gökbolat, Egemen
author
2015
Kandidemiler günümüzde mortalitesi en yüksek nozokomiyal enfeksiyonlardan birisi olmuştur. Tanı ve tedavideki gecikmeler mortaliteyi anlamlı oranda arttırmaktadır. Bu çalışmada, Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarında klinik kan kültür örneklerinden izole edilen ve Candida enfeksiyonlarından başlıca sorumlu olan beş farklı Candida türü (n=60) ile iki kalite kontrol izolatı (C. krusei ATCC 6258 ve C. parapsilosis ATCC 22019) kullanılarak kan kültürü simülasyonları yapılmıştır. Plus Aerobic/F, Peds Plus/F ve Mycosis IC/F şişeleri sinyal süresi açısından karşılaştırılmıştır. Mycosis IC/F şişesi en hızlı sinyal veren şişe olarak bulunurken, en yavaş sinyali Peds Plus/F şişesi vermiş ve aradaki süre farkı anlamlı bulunmuştur (p<0.001). C. tropicalis en hızlı, C. glabrata ise en yavaş sinyal veren izolat olmuş ve süre farkları anlamlı bulunmuştur (p<0.001). Pozitif sinyal veren şişelerden direkt ve klasik yöntemlerle tanımlama ve antifungal duyarlılık testleri uygulanmıştır. Yapılan tanımlama testlerinden CHROMagar Candida, klasik API 20C AUX testi ve peptit nükleik asit in situ hibridizasyon (PNA-FISH) testlerinin her birinin doğruluk oranı %100 olarak bulunmuştur. Direkt API testinin doğruluğu ise %98.4 bulunmuştur. Germ tüp testi direkt yapıldığında %85.5 doğruluk, indirekt yapıldığında ise %95.2 doğrulukla sonuç vermiş ve aradaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır (p>0.05). Duyarlılık testleri broth mikrodilüsyon, Etest ve disk difüzyon testleri olmak üzere üç farklı yöntemle, hem direkt kan kültür şişesinden hem de klasik olarak katı besiyeri pasajından uygulanmıştır. Buna göre testlerin direkt ve klasik yoldan uygulanmaları arasındaki esansiyel ve kategorik uyum oranları hesaplanmıştır. Mikrodilüsyon yönteminin hem esansiyel hem de kategorik uyumları diğer iki teste göre daha yüksek bulunmuştur.
Candidemia is a nosocomial infection that has became one of the highest mortality ratings recently. Delays of diagnosis and treatment increase mortality rates significantly. In this study, 60 strains of Candida spp (five common strains of mainly responsible for Candida infections) selected which were isolated from clinical blood cultures at Eskisehir Osmangazi University School of Medicine, Department of Clinical Microbiology and simulated a blood culture model. Quality control was ensured by testing C. krusei ATCC 6258 and C. parapsilosis ATCC 22019 isolates.
Mycosis IC/F had significantly shorter time to detection compared to Peds Plus/F (p<0.001). Mean time to positive yeast detection for C. tropicalis was the fastest, whereas C. glabrata was the slowest (p<0.001). Identification and antifungal susceptibility tests were performed with directly and conventional methods by positive blood culture bottles. CHROMagar Candida, conventional API 20C AUX and PNA-FISH tests have excellent accuracy (%100). Direct API has %98.4 accuracy. The accuracy rates were %85.5 and %95.2 for direct and indirect germ tube tests respectively (p>0.05). We have performed broth microdilution, Etest and disc diffusion methods as susceptibility testing. Among these, we found microdilution as the most compatible test in terms of essential and categorical agreement.
Gökbolat, E. Kandidemilerin hızlı tanısı amacıyla pozitif kan kültür Gişelerinden identifikasyon ve antifungal duyarlılık testlerinin değerlendirilmesi. EskiĢehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıpta Uzmanlık Tezi, Eskişehir, 2015.
http://hdl.handle.net/11684/1269
Kandidemi
Direkt İdentifikasyon
Direkt Antifungal Duyarlılık
PNA-FISH
Candidemia
Direct Identification
Direct Antifungal Susceptibility
Kandidemilerin hızlı tanısında pozitif kan kültür şişelerinden direkt identifikasyon ve duyarlılık testlerinin değerlendirilmesi
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1323
2018-02-27T01:00:38Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
İbrahim, Bashar
author
2016
Campylobacter enfeksiyonları tüm dünyada yaygın olarak görülen zoonotik enfeksiyonlardır. Başta kümes hayvanları olmak üzere bakteri ile kontamine olmuş besinlerin, suların ve pastörize edilmemiş sütlerin tüketimi sonucu insanlara bulaşmaktadır. Campylobacter enfeksiyon larının büyük bir kısmından C. jejuni sorumludur. C. jejuni sıklıkla kendi kendini sınırlandıran hafif bir sekretuvar ishale neden olmaktadır. Ancak kanlı mukuslu dışkılamanın olduğu dizanteri formun ile de seyredebilmektedir (Yılmaz ve diğ., 2005).
Çalışmamızda, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarına bakteriyolojik kültür ve parazitolojik inceleme için, gönderilen ishalli dışkı örneklerinde, C. jejuni varlığını geleneksel ve moleküler yöntemler ile 6 aylık bir periyotta saptamayı amaçladık. Dışkı örneklerinden Campylobacter jejuni izolasyonu için, koyun kanı içeren Skirrow sellektif agar besiyeri kullanıldı.
Toplam 300 ishalli dışkı örneğinin 144’ü (% 48) kadın; 156’sı (% 52) ise erkek hastalara ait olduğu belirlendi.
Hastaların yaş dağılımı 102’si (0-4), 45’i (5-9), 13’ü (10-14), 47’si (15-19), 59’u (20-24), 21’i (25-29) ve 13’ü ≥30 yaş ve üzeri dağılım göstermekteydi. Campylobacter jejuni 3 ay-4 yıl pediatrik yaş grubunda çalışılan 102 (% 34) örnekten 3‘ünde (% 3) saptandı. Geleneksel yöntemle toplam 300 dışkı örneğinin 3’ünde (% 1) C. jejuni varlığı saptanırken moleküler yöntemle 5 (% 2) örnekte pozitiflik gözlendi.
Sonuç olarak çocuk ishallerine en sık viral etkenler neden olsa da bakteriyel etkenler içinde de C. jejuni'nin göz ardı edilmemesi ve rutin dışkı kültürlerinde C. jejuni izolasyonuna yönelik işlemlerin de yapılması gerekliliği ve geleneksel yöntemler ile gözden kaçırılabilen Campylobacter jejuni’nin moleküler yöntemler kullanılarak araştırılmasının yararlı olabileceği düşünülmüştür.
Campylobacter infections are zoonotic infections that widespread all over the world. Primarily this infection prevails in poultries, but the main root of transmission to human is through the consumption of contaminated food, water and unpasteurized milk. The majority of Campylobacter infections are caused by C. jejuni. C. jejuni often causes a mild self-limiting secretory diarrhea. However, it can be watched with dysentery form that had bloody mucus stool (Yılmaz, et al., 2005)
In this study, from the stool samples that were sent to the department of Clinical Microbiology for bacteriological and parasitological investigation, we aimed to determine the presence of C. jejuni in conventional and molecular methods with a 6-month period. For isolation of Campylobacter jejuni from fresh diarrheal stool samples, the selective weight of Skirrow that contain the sheep blood
From a total of 300 stool samples tested by both conventionally and molecular methods, 144 (48 %) were females, 156 (52 %) were males. The age distribution of the patients, 102 (0-4), 45 (5-9), 13 (10-14) 47 (15 -19), 59 (20-24), 21 (25-29) and 13 showed a distribution ≥30 years and older. From 102 (34 %) of the sample of Campylobacter jejuni that studies 3 months to 4 years in the pediatric age group, 3 (3 %) were detected. Using traditional methods out of a total of 300 stool samples, in 3 (1 %) the presence of C. jejuni was detected using traditional methods; positivity shown in 5 (2 %) samples while using molecular methods.
In conclusion, the test for Campylobacter jejuni should be routinely included in our laboratories because of its importance as a cause of diarrhea in children and from epidemiological point of view also. Hence, the examination of Campylobacter jejuni using molecular methods is found to be important methods. for it could be overlooked while using traditional.
http://hdl.handle.net/11684/1323
Campylobacter Jejuni
Dışkı Kültürü
Prevalans
RT-PCR
Stool Culture
Prevalence
Enfeksiyöz ishallerde campylobacter jejuni prevalansının çeşitli yöntemlerle araştırılması
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1476
2018-04-18T00:00:39Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Yıldız, Suat
author
2017
Dolaşım sistemi enfeksiyonları, antimikrobiyal ve destekleyici tedavilere rağmen morbidite ve mortalitenin önde gelen nedenleri olmaya devam etmektedir. Bu nedenle erken tanısı ve uygun tedavi edilmesi klinik açıdan önemlidir. Kan kültürleri dolaşım sistemi enfeksiyonlarının tanısında altın standart yöntemdir. Bu çalışmada, Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarına bir yıl boyunca erişkin servislerden transport kurallarına uygun olarak gelen kan kültür setleri değerlendirmeye alınmıştır. Kan kültür setlerini oluşturan BACTEC Plus Aerobic/F ve BACTEC Plus Anaerobic/F kan kültür şişeleri, üreyen izolatlar ve üreme zamanları açısından karşılaştırılmıştır. Pseudomonas sp, acinetobacter sp ve fungus üremelerinin çoğu anaerobik şişeye kıyasla aerobik şişede tespit edilmiştir ( P < 0.05 ). E.coli, Serratia marcescens izolatları ise aerobik şişeye kıyasla anaerobik şişede daha fazla tespit edilmiştir ( P < 0.05 ). Ortalama pozitif sinyal süreleri aerobik ve anaerobik şişeler için sırasıyla 18.5 ve 20.9 saat bulunmuştur. İlk 72 saat içerisinde klinik açıdan anlamlı bakteri ve mantar izolatlarının sırasıyla %97.2 ve % 94.9 ‘u tespit edilmiştir. Pozitif sinyal veren kan kültür şişelerinde gram pozitif kok, non fermenter gram negatif basil, gram pozitif basil ve fungus üremelerinin çoğu aerobik şişede daha erken tespit edilmiş ve aradaki fark anlamlı bulunmuştur. Serratia marcescens dışındaki Enterobacteriaceae ailesi için anaerob kan kültür şişesinde aerob şişeye göre daha erken pozitif sinyal izlenmiştir. Pozitif sinyal veren kan kültürlerinde artan kan volümü ile tespit edilen izolat sayısı artış göstermiştir ama artan kan volümü ile pozitif sinyal süreleri arasında anlamlı bir fark bulunamamıştır. Bu verilere göre Enterobacteriaceae gibi fakültatif anaerop bakterilerin sebep olduğu kan dolaşımı enfeksiyonlarının hızlı tespitinde, aerob ve anaerob kan kültür şişelerinin birlikte kullanımının ve alınan kan hacminin çok değerli olduğu sonucuna varılmıştır.
Despite the antimicrobial and supportive treatments, circulatory system infections remain leading causes of morbidity and mortality. Therefore, early diagnosis and appropriate treatment are clinicially important. Blood cultures are the gold standard method for diagnosing of the circulatory system infections. In this study, during the year blood culture sets received from adult services in Eskişehir Osmangazi University Faculty of Medicine were accepted by Department of Medical Microbiology according to the transportation rules. BACTEC Plus Aerobic / F and BACTEC Plus Anaerobic / F blood culture bottles, which produced blood culture sets, were compared in terms of growth durations and isolates. Most of the Pseudomonas sp, Acinetobacter sp, and fungus growth were detected in aerobic bottles compared to anaerobic bottles (P < 0.05). E. coli and Serratia marcescens isolates were detected more in the anaerobic bottle than in the aerobic bottle (P < 0.05). Mean positive signaling durations were 18.5 and 20.9 hours for aerobic and anaerobic bottles, respectively. Within first 72 hours, clinically significant bacterial and fungal isolates were detected as 97.2% and 94.9%, respectively. Most of fungi, gram positive bacterias such as cocci, bacilli and non-fermenter gram negative bacilli were detected earlier in the aerobic blood culture bottles among all blood culture bottles giving a positive signal and the difference was found to be significant. An earlier positive signal was observed on the anaerobic blood culture bottles for Enterobacteriaceae isolates except Serratia marcescens compared to the aerobic blood bottles. The number of isolates detected in the blood culture bottles giving positive singnals increased by increasing the blood volume but there was no significant difference between positive signal durations by increasing the blood volume. According to these results, the simultaneous use of aerobic and anaerobic blood culture bottles and the blood volume obtained are very significant in the rapid detection of blood circulation infections by facultative anaerobic bacteria such as Enterobacteriaceae.
Yıldız, S. BACTEC Plus Aerobic / F ve BACTEC Plus Anaerobic / F otomatize erişkin kan kültür şişelerindeki izolatların üremelerinin ve üreme zamanlarının karşılaştırılması. Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AnabilimDalı, Tıpta Uzmanlık Tezi, Eskişehir, 2017.
http://hdl.handle.net/11684/1476
Kan Kültürü
Üreme Zamanı
Blood Culture
Growth Duration
Bactec plus aerobic / F ve bactec plus anaerobic / F otomatize erişkin kan kültür şişelerindeki izolatların üremelerinin ve üreme zamanlarının karşılaştırılması
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1860
2021-03-10T01:00:21Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Önder, Şükran
author
2019
Fungal enfeksiyonların tedavisinde kullanılmak üzere geliştirilmiş sınırlı sayıda ve sınırlı etkinliğe sahip birkaç grup antifungal mevcuttur ve bunların klinik kullanımlarını olumsuz etkileyen toksik yan etkileri ve yüksek maliyetleri bulunmaktadır. Sınırlı sayıdaki antifungal ilaçların yoğun kullanımı nedeniyle antifungal ilaçlara direnç gelişmesi ya da dirençli suşların sıklığının artması ile fungal infeksiyonların tedavilerinin güçleşmesi, daha geniş spektrumlu, farklı hedefleri etkileyen yeni ilaçlara ya da tedavi rejimlerine ihtiyaç doğurmuştur. Son yıllarda doğal ürünlerin tedavide kullanımına yönelik çalışmalara eğilim artmıştır. Farnesol, birçok bitkisel yağda bulunan doğal kaynaklı bir sesquiterpen alkoldür ve C. albicans tarafından quorum sensing molekülü olarak sentezlendiği bildirilmektedir. Çalışmamızda klinik Aspergillus izolatlarına (A. fumigatus, A. flavus) vorikonazol, anidulafungin ve amfoterisin B' nin antifungal etkinliği üzerine farnesolün katkısının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Kırk beş klinik izolata referans sıvı mikrodilüsyon testi ve üç antifungal (VOR, AMB ve AND) ile farnesolün (FAR) kombinasyon testi çalışıldı. Tüm izolatların FAR duyarlılık aralığı 1500->6000µM, VOR duyarlılık aralığı 0.125-1 µg/mL, AMB duyarlılık aralığı 0.125-2 µg/mL, AND duyarlılıkları ise ≤0.0035 olarak saptandı. İzolatların hiçbirinde sinerji saptanmazken, tüm izolatların %38’ inde FAR-VOR, %24’ ünde de FAR-AMB kombinasyonu için antagonistik etkileşme saptandı. Sonuç olarak, A. fumigatus ve A. flavus izolatlarına karşı farnesolün bu çalışmada test edilen antifungallere (VOR, AMB) herhangi bir katkısı saptanamamış hatta antagonistik etkileşme sonuçları elde edilmiştir. Bu durum Aspergillus enfeksiyonlarının tedavisinde farnesolün antifungallere olumlu katkısı olabileceği öngörüsünü zayıflatmıştır.
There are a few grup of antifungals at limited number and limited effectiveness for treatment of fungal infections and there are toxic side effects and high costs limiting the clinical usage of them. The difficulty in treatment of fungal infections with increased resistance to antifungal drugs or the increased frequency of resistant strains due to the intensive use of limited antifungal drugs have necessitated new drugs affecting different targets with broader spectrum or new treatment regimens. In recent years, there has been an increase in the tendency to studies regarding therapeutic use of natural products. Farnesol is a natural sesquiterpen alcohol found in many vegetable oils and reported to be synthesized as a quorum sensing molecule by C. albicans. Therefore, the evaluation of farnesol’s contribution on antifungal activity of voriconazole, anidulafungin and amphotericin B against clinical Aspergillus isolates has been aimed in our study. Liquid microdilution test and combination of three antifungals (VOR, AMB and AND) and farnesol were studied in 45 clinical isolates. FAR sensitivity range of all isolates 1500->6000 μM, VOR sensitivity range 0.125-1 µg/mL, the sensitivity range of the AMB 0125-2 µg/mL, AND sensitivity was determined as the ≤0.0035 µg/mL. Synergies were not detected in any of the isolates, whereas 38% of all isolates had antagonistic interaction for FAR-VOR and 24% for FAR-AMB combination. As a result, no contribution of farnesol to A. fumigatus and A.flavus isolates to the antifungals (VOR, AMB) tested in this study, even antagonistic interaction results were obtained. This situation weakened the prediction that farnesol may have a positive effect on antifungals in the treatment of Aspergillus infections.
Önder, Ş. Farnesolün tek başına ve antifungal ilaçlarla kombine olarak Aspergillus klinik izolatlarına in vitro etkisinin araştırılması. Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıpta Uzmanlık Tezi, Eskişehir, 2019.
http://hdl.handle.net/11684/1860
Farnesol
Anidulafungin
Vorikonazol
Amfoterisin B
Voriconazole
Amphotericin B
Farnesolün tek başına ve antifungal ilaçlarla kombine olarak aspergillus klinik izolatlarına in vitro etkisinin araştırılması
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1799
2021-03-05T01:00:23Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Kural, Mehmet Barış
author
2005
Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarı’nda, Haziran 2002 – Şubat 2004 tarihleri arasında üretilen 1324 Staphylococcus aureus izolatından 595’inin(%44.9) hastane kökenli Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus(MRSA) olduğu saptandı. Bu sonucun, ülkemizden bildirilen rakamlarla karşılaştırıldığında çok yüksek olmadığı, ABD ve Güney Avrupa’dan bildirilen sonuçlara benzediği ancak bazı Kuzey Avrupa ülkelerine göre yüksek olduğu gözlenmiştir.
595 MRSA suşunun 35’inde(%5.9) disk diffüzyon ve E test yöntemlerinin her ikisiyle mupirosin direnci gösterilmiştir. E test yöntemiyle 35 mupirosin dirençli suşun 12’sinde(%2) düşük seviyede direnç, 23’ünde(%3.9) yüksek seviyede direnç saptanmıştır.
Gerek MRSA izolatlarının gerekse mupirosin dirençli MRSA izolatlarının elde edildiği klinik örnekler araştırıldığında; yara yeri ve kan örneklerinin ilk sıralarda yer aldığı görülmüştür.
Mupirosin direnci saptanan 35 MRSA izolatının genotipik doğrulamasında bütün suşlarda PZR ile mecA ve mupA geni gösterilmiştir.
Yapılan Kirby-Bauer disk diffüzyon testi sonucunda, 35 mupirosin dirençli MRSA izolatının tamamının beta-laktamaz ürettiği, kloramfenikole dirençli, vankomisin ve teikoplanine ise duyarlı olduğu saptanmıştır. Biri mupirosin düşük seviyede dirençli(MuL), biri mupirosin yüksek seviyede dirençli(MuH) olmak üzere 2 mupirosin dirençli MRSA’da eritromisin direnci, 5 MuH izolatında trimetoprim-sulfametaksazol(SXT) direnci, 10 MuL ve 6 MuH izolatında levofloksasin direnci, biri MuL, biri de MuH olmak üzere 2 izolatta da klindamisin direnci tespit edilmiştir.
Çalışmamızda, plazmid analizi sonucunda, yüksek seviyede mupirosin direnci saptanan 23 izolatın hepsinde 38 kb’lık plazmid saptanırken, düşük seviyede dirençli olan 12 izolatın hiç birinde bu plazmid saptanmadı. Kloramfenikol dirençli oldukları belirlenen 35 izolatın tamamında 4.4 kb’lık plazmid bulundu. Araştırmamız sonucunda, hastanemizde, MRSA’larda mupirosin direncinin daha çok plazmid kaynaklı olduğu saptandı. Bu durumun en önemli nedeni, mupirosin preparatının usülüne uygun olarak kolonizasyonun eradikasyonundan çok sıklıkla yara infeksiyonları tedavisinde kullanılmasıdır. Ayrıca kolonizasyon eradikasyonunda kullanılan preparatın formu(pomad-krem) nedeniyle uygulamada doz ayarlanmasını yapmak zordur. Bu sorunun gelecekte nazal sprey kullanılması ile aşılabileceği düşüncesindeyiz.
http://hdl.handle.net/11684/1799
Metisilin Dirençli Staphylococcus
MRSA’da Eritromisin Direnci
MRSA Suşu
MRSA’larda Mupirosin Direnci
Kromozomal Direnç
Metisilin Dirençli Staphylococcus Aureus
Metisilin Duyarlı Staphylococcus Aureus
Metisilin dirençli staphylococcus aureus suşlarında mupisorin direncinin fenotipik ve genotipik olarak araştırılması
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/2035
2021-03-12T01:00:23Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Yayla, Buket
author
2007
Eskisehir’de Tıp Fakültesi Hastanesi’nde vankomisin dirençli
enterokokların moleküler epidemiyolojik analizi. Eskisehir Osmangazi
Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tıpta Uzmanlık
Tezi, Eskisehir, 2007. Bu çalısmada bir yıllık bir zaman dilimi içinde ESOGÜ
Tıp Fakültesi Hastanesi yogun bakım ünitesi hastalarında, haftada bir kez
alınan sürveyans kültürleriyle VRE gastrointestinal sistem tasıyılıgının
arastırılması ve elde edilen VRE izolatlarının direnç genotiplerinin ve genetik
yakınlıklarının belirlenmesi amaçlanmıstır. Çalısma süresince çesitli klinik
örneklerden patojen olarak soyutlanan VRE susları da çalısmaya dahil
edilmistir. Susların identifikasyonu VITEK 2 Compact Sistem GP kartları ile,
antibiyotik duyarlılıkları VITEK 2 Compact Sistem AST kartları ve E-test
yöntemi kullanılarak belirlenmistir. Glikopeptid direnç genotipi saptamada
multiplex PCR, klonal iliskinin belirlenmesinde ise PFGE yöntemleri
kullanılmıstır. Sürveyans kültürlerinin % 4,8’inde (58/1200), klinik örneklerden
izole edilen enterokok izolatlarının % 0,5’inde (3/529) VRE saptandı. Bu
susların tümü E. faecium olarak tanımlandı. E-test ile susların tümünde
vankomisin ve teikoplanin M K degerleri 256 mg/L üzerinde bulundu. Susların
hiçbirinde quinopristin-dalfopristin ve linezolid direncine rastlanmadı.
Moleküler testlerle susların hepsinin van A genotipinde oldugu ve tek bir
klondan köken aldıkları saptandı. Aynı dönemde VRE
enfeksiyonu/kolonizasyonu saptanan hastaların büyük bölümü (5/7) pediatri
YBÜ hastalarıydı. Hastanemizde ilk olarak 2002 yılında kolonizan olarak 2
VRE susunun tanımlanmasını takiben 2005 yılında alınan sürveyans
kültürlerinde % 5,9 (25/420) oranında VRE saptanması ve bizim bulgularımız
hastanemizde VRE enfeksiyonlarının karsımıza çıkmaya devam edecegini
düsündürmektedir. Bu nedenle VRE tespiti ve yayılımın önlenmesi
konusunda etkin enfeksiyon kontrol uygulamaları bu sorunun gelecekteki
boyutunu belirlemede anahtar rol oynayacaktır.
The molecular epidemiologic analysis of vancomycin resistant
enterococci in a university hospital in Eskisehir. Eskisehir Osmangazi
University Faculty of Medicine, Medical Specialty Thesis in Department of
Microbiology, Eskisehir, 2007. The aim of this study is to investigate
gastrointestinal carriage of VRE at one year period in patients that admitted to
intensive care units at Eskisehir Osmangazi University Medical Faculty Hospital
by taking surveillance cultures weekly, and to determine the genotypes of
vancomycin resistance and clonal relationship in VRE strains. During the study
period VRE strains isolated from various clinical specimens were also included
in the study. The isolated strains were identified to species level by VITEK 2
Compact System GP cards, and antimicrobial susceptibility testing was
determined by VITEK 2 Compact System AST cards and E test method.
Determination of glycopeptide resistance genotypes were performed by
multiplex PCR and, clonal relations were defined by PFGE method. The ratios
of VRE in surveillance cultures and among enterococci isolates of clinical
specimens were was 4.8% (58/1200) and 0.5% (3/529) respectively. All of the
VRE strains were identified as E.faecium. MICs of vancomycin and teicoplanin
which were tested by E test method were greater than 256 mg/L for all isolates.
No strain was found resistant to quinopristin-dalfopristin and linezolid. t was
detected all strains which tested by molecular methods had van A genotype and
showed relation with one clonal type. At the same period, most of the patients
(5/7) who had VRE colonization were in pediatric intensive care unit. After 2
VRE strains were defined as colonizan in our hospital in 2002, detection of VRE
ratio as 5,9 % (25/420) in surveillance cultures in 2005 and our results made us
considered that VRE infections will go along in our hospital. Therefore, effective
infection control applications about VRE detection and preventing, VRE
transmisson will play a key role in determining the wideness of this problem at
the future.
http://hdl.handle.net/11684/2035
Enterokok
VRE
Multiplex PCR
PFGE
Vankomisin dirençli enterokokların moleküler epidemiyolojik analizi
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/2606
2022-02-11T01:00:25Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Heydarlou, Mehdi Meskini
author
2020
Klinik örneklerden soyutlanmış Acinetobacter baumannii suşlarının antibiyotik
direnç profillerinin belirlenmesi hastanelerde dirençli suşların yayılımınının
kontrolünde büyük öneme sahiptir. Ayrıca klinisyenlere antimikrobiyal seçiminde
yol gösterici olmaktadır. Otomatize sistemler klinik mikrobiyoloji laboratuvarları
tarafından antimikrobiyal duyarlılık testleri için yaygın olarak kullanılmaktadır.
Ne yazık ki, otomatize sistemlerin A. baumannii suşlarında kolistin duyarlılığını
belirlemede güvenilir olmadığı bildirilmektedir. Bu nedenle otomatize sistemlerle
saptanan sonuçlarının doğrulanmadan rapor edilmemesi gerekmektedir.
Günümüzde kolistin çoğul dirençli suşların neden olduğu enfeksiyonların
tedavisinde en etkili antibiyotik olmakla birlikte, dünyanın her yerinden kolistine
dirençli suşlar bildirilmektedir. Yeni dirençli izolatların ortaya çıkmasını önlemek
için kolistin monoterapisinden kaçınılması önerilmektedir.
Bu çalışma; Eylül 2019 – Ağustos 2020 tarihleri arasında Eskişehir Osmangazi
Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji
Laboratuvarı’nda yürütülmüştür. Kan örneklerindeki üremeler BACTEC (BD
BACTEC™ FX) sürekli moniterize kan kültür sistemi ile saptandı. Suşlar Phoenix
(BD Phoenix™ M50) otomatize bakteri identifikasyon sistemi ile tanımlandı ve
antimikrobiyal duyarlılık sonuçları elde edildi. En az üç antibiyotik sınıfına direnç
gösteren toplam 92 adet A. baumannii kompleks izolatı çalışmaya dâhil edildi.
Ayrıca BD Phoenix™ M50 cihazı tarafından saptanan kolistin duyarlılık
sonuçları(hem duyarlı hem de dirençli suşlarda) referans yöntem olan sıvı
mikrodilüsyon yöntemi ile doğrulandı. Çalışmamızın son aşamasında da 50 çoğul
dirençli A.baumannii kompleks suşuna karşı kolistin/sulbaktam
kombinasyonunun etkinliği dama tahtası yöntemiyle araştırıldı.
Bu çalışmada toplam 92 izolatın 10’unun (%10,9) referans yöntem ile kolistine
ve 80 (%86,9) izolatın da sulbaktama dirençli olduğu saptandı. Referans yöntem
ile kolistine dirençli olarak saptanan 10 izolatın sadece 2’si otomatize sistemle
dirençli olarak, 8 izolatın ise otomatize sistemi tarafından duyarlı olarak rapor
v
edildiği gözlendi. Dolayısıyla Phoenix M50 otomatize sisteminin dirençli izolatlar
arasında Çok büyük hata oranı 8/10 olarak belirlendi. Kolistin/sulbaktam
kombinasyonunun etkinliğinin saptanmasında elde edilen FİK (fraksiyonel
inhibisyon konsantrasyonu) sonuçları değerlendirildiğinde izolatların 6’sında (%12)
kolistin-sulbaktam kombinasyonu sinerjistik etki gösterirken, 44 (%88) izolatta
aditif etkileşim olduğu belirlendi. Bu çalışmada kolistin-sulbaktam kombinasyonuyla
antagonistik etkileşim saptanmadı.
Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında antibiyotik duyarlılık testleri için
günümüzde yaygın olarak kullanılan otomatize sistemlerle bazı antibiyotikler için
hatalı duyarlılık sonuçları alınabileceği unutulmamalıdır. A.baumannii suşları
otomatize sistemler tarafından saptanan MİK sonuçlaına karşı mutlaka referans
yöntem olan sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle doğrulanmalıdır.
Ayrıca her ne kadar kolistin-sulbaktam kombinasyon etkinliği sonuçlarında
aditif etki saptamış olsak da gelecekte A.baumannii izolatlarında kolistin
direncinin yaygınlaşmasını geciktirmesinde A.baumannii suşlarının etkin olduğu
bakteremi gibi ciddi enfeksiyonlarının tedavisinde kolistinin tek başına
kulanımından kaçınılması kanısına varılmıştır
The determination of antibiotic resistance profiles of Acinetobacter baumannii
strains isolated from clinical samples is of great importance in controlling the
spread of resistant strains in hospitals. It is also guiding clinicians in the selection
of antimicrobials. Automated systems are widely used by clinical microbiology
laboratories for antimicrobial susceptibility tests. Unfortunately, automated
systems are known to have no reliability for colistin susceptibility in A. baumannii
strains. Therefore, the results determined by automated systems should not be
reported without verification. Although colistin is currently the most effective
antibiotic in the treatment of infections caused by multiple resistant strains,
colistin resistant strains have been reported from all over the world. It is
recommended to avoid colistin monotherapy to prevent the emergence of new
resistant isolates.
This work was conducted in Eskişehir Osmangazi University, Faculty of
Medicine, Medical Microbiology Laboratory between September 2019 - August
2020. Growth of blood samples was detected with the BACTEC (BD BACTEC ™
FX) continuous moniterized blood culture system. Strains were identified with the
Phoenix (BD Phoenix ™ M50) automated bacterial identification system and
antimicrobial susceptibility results were obtained. A total of 92 A. baumannii
complex isolates resistant to at least three antibiotic classes were included in the
study. In addition, colistin susceptibility results (in both susceptible and resistant
strains) detected by the BD Phoenix ™ M50 device were confirmed by the reference
method; broth microdilution In the last phase of our study, the effectiveness of
colistin/sulbactam combination against 50 multi-resistant A.baumannii complex
strains was investigated by checkerboard method.
In this study, 10 of 92 isolates (10.9%) were found to be resistant to colistin with
reference method and to sulbactam in 80 (86.9%) isolates. It was observed that 2 of
10 isolates detected as resistant by the reference method appeared resistant in the
automated system and 8 of them were reported as susceptible in the automated
vii
system. Therefore, the very large error rate among resistant isolates of the Phoenix
M50 automated system was determined as 8/10. When the FIC (fractional
inhibition concentration) results obtained in the determination of the effectiveness
of the colistin/sulbactam combination were evaluated, it was determined that while
the colistin-sulbactam combination showed a synergistic effect in 6 (12%) of the
isolates, an additive interaction was found in 44 (88%) isolates. In this study, no
antagonistic interaction was found with the colistin-sulbactam combination.
It should be kept in mind that erroneous sensitivity results may be obtained for
some antibiotics with automated systems, which are widely used today for
antibiotic susceptibility tests in clinical microbiology laboratories. A.baumannii
strains must be verified by the reference method, broth microdilution, against MIC
results detected by automated systems.
Although we found an additive effect in the results of colistin-sulbactam
combination activity, it was concluded that the use of colistin alone should be
avoided in the treatment of serious infections such as bacteremia, in which
A.baumannii strains are effective in delaying the prevalence of colistin resistance
in A.baumannii isolates in the future
http://hdl.handle.net/11684/2606
Acinetobacter Baumannii
Çoğul Direnç
Otomatize İdentifikasyon Sistemleri
Kolistin/Sulbaktam
Acinetobacter Baumannii
Multiple Resistance
Combination Test
Automated İdentification Systems
Colistin / Sulbactam
Çoğul dirençli acınetobacter baumannıı kan izolatlarına karşı sulbaktam ve kolistin/sulbaktam etkinliklerinin belirlenmesi
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/4170
2022-08-05T00:01:00Z
com_11684_26
com_11684_2
col_11684_171
00925njm 22002777a 4500
dc
Ersen, Türkan
author
2019
Hepatit C
virüsü enfeksiyonları (HCV) tüm dünyada yüksek kronikleşme riski, henüz aşılama
ile korunulması mümkün olmaması ve hepatoselüler karsinom gibi ciddi
komplikasyonları nedeniyle önemli bir halk sağlığı sorunudur. Bu araştırmada HCV
kor antijen testinin tanı ve tedavi takibinde HCV RNA ile korelasyonu
değerlendirildi, rutin kullanımda alternatif bir test olma durumu tartışıldı.
Çalışmamızın ilk basamağında Aralık 2016-Aralık 2018 tarihleri arasında Tıbbi
Mikrobiyoloji ABD Moleküler laboratuvarında, HCV ön tanılı hastalardan alınan,
rutin olarak Anti-HCV ve HCV-RNA testi çalışılmış 600 serum örneğinde, HCV kor
antijen testi çalışıldı. İkinci basamakta ise bu zaman dilimi içerisinde
Gastroenteroloji bölümü tarafından tedavisine karar verilen 150 hastanın tedaviye
başlamadan önce, 8. haftada ve tedavi bitiminde alınan serum örneklerinde rutin
olarak çalışılan HCV-RNA testine ilave olarak HCV kor antijen testi çalışılardı.
Tedavi takibi sürecinde iki testin korelasyonu değerlendirildi. Toplam 600 hastanın
49' una test sonuçlarına göre tanı konuldu. Bunlardan 28 hastada, rutin çalışılan HCV
RNA ve Anti HCV'nin yanı sıra HCV kor antijeni pozitif bulundu. HCV kor antijen
testinin duyarlılığı %91.49, özgüllüğü %100, PPD %100, NPD %97.30, doğruluk
oranı ise %87.76 olarak tespit edildi. HCV RNA ve HCV kor antijeni sonuçları
arasında yüksek düzeyde korelasyon saptandı. Çalışmanın ikinci basamağında ise
HCV kor antijen testinin duyarlılığı (%96.52), özgüllüğü (%95.28), PPD (%95.11),
NPD (%95.80) ve doğruluğu (%92.58) hesaplandı. Bu sonuçlar iki test arasında
yüksek oranda korelasyonun olduğunu, tanı ve tedavi takibi sırasında kolay
uygulanabilir ve maliyet etkin bir test olması nedeniyle HCV RNA testine alternatif
bir test olarak kullanılabileceğini göstermektedir
Hepatitis C virus (HCV) infections are an important
public health issue across the world because of the high risk of chronicity potential,
impossibility of protection by vaccination and serious complications such as
hepatocellular carcinoma. In this study, the correlation of HCV core antigen test with
HCV RNA in the diagnosis and treatment follow-up was evaluated and the status of
being an alternative test in routine use was discussed. In the first step of our study,
between December 2016 and December 2018, HCV core antigen test was studied in
600 serum samples taken from patients with HCV prediagnosis routinely tested in
Anti-HCV and HCV-RNA tests in Molecular Laboratory of Medical Microbiology
Department. In the second step, the HCV core antigen test was studied in addition to
the routine HCV-RNA test performed in the serum samples taken before, 8 weeks
and at the end of the treatment of 150 patients who were decided to be treated by the
Gastroenterology Department between the dates indicated. The correlation between
the two tests was evaluated during the treatment follow-up. 49 of 600 patients were
diagnosed according to test results. In 28 patients, HCV core antigen was positive in
addition to HCV RNA and Anti HCV which were routinely studied. The sensitivity
of HCV core antigen test was 91.49%, specificity was 100%, PPD was 100%, NPD
was 97.30%, accuracy was 87.76%. There was a high correlation between HCV
RNA and HCV core antigen results. In the second step of the study, sensitivity
(96.52%), specificity (95.28%), PPD (95.11%), NPD (95.80%) and accuracy
(92.58%) of the HCV core antigen test were calculated. These results show that there
is a high correlation between the two tests and can be used as an alternative test to
HCV RNA test because it is an easily applicable and cost effective test during
diagnosis and treatment follow-up
http://hdl.handle.net/11684/4170
Anti-HCV
HCV
HCV RNA
Kor Antijen
Ore Antigen
Hepatiy C virüs enfeksiyonlarının tanı ve tedavi izleminde, HVC kor antijen düzeylerinin HCV RNA düzeyleri ile korelasyonunun değerlendirilmesi