2024-03-28T23:28:01Z
http://openaccess.ogu.edu.tr:8080/oai/request
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/424
2016-06-10T00:00:17Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Çabuk, Ahmet
Erdönmez, Osman
ESOGÜ, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik
2016-06-09T12:56:17Z
2016-06-09T12:56:17Z
2015
2015-12-22
http://hdl.handle.net/11684/424
Termofilik ve hipertermofilik gibi ekstremofilik mikroorganizmalar hem biyoçeşitlilik hem de evrimsel süreç açısından oldukça ilgi çekicidirler. Ülkemiz jeolojik yapısından dolayı pek çok sıcak su kaynağına sahiptir. Öyle ki; jeotermal potansiyeli bakımından Avrupa’nın birinci ve Dünyanın yedinci ülkesi konumundadır. Ancak bu kaynakların mikrobiyolojik profillerini hem bakteriler hem de arkeler açısından belirleyen kapsamlı bir çalışma açısından eksikliklerin olduğu bilinmektedir. Ayrıca termofilik ve hipertermofilik mikroorganizmalar sadece biyolojik nedenlerle değil biyoteknolojik süreçler içinde ilgi çekicidirler. Bu organizmalar yüksek sıcaklıklarda hızlı ve verimli bir şekilde cereyan eden endüstriyel ve biyoteknolojik süreçlerde önemli avantajlar sağlar. Son yıllarda ekstremofillerle yapılan çalışmalar daha çok bu mikroorganizmaların kendileri ya da ürünlerinin potansiyel biyoteknolojik uygulamaları üzerine yoğunlaşmıştır. Yeni mikrobiyal suşların izolasyonu, yeni bileşiklerin ve yol izlerinin identifikasyonu, hücresel bileşenlerin moleküler ve biyokimyasal karakterizasyonu ile olası potansiyel de giderek artmaktadır.
Bu tez kapsamında Eynal (Kütahya) termal kaplıcasında bulunan termofilik mikrobiyal komünite fluoresan in situ hibridizasyon(FISH) ,denatüre edici gradient jel elektroforezi(DGGE), Amplifiye edilmiş ribozomal DNA restriksiyon analizi, 16S rRNA geninin polimeraz zincir reaksiyonu gibi moleküler yaklaşımlar ve klasik mikrobiyal (kültürel) tekniklerin kombinasyonu ile değerlendirilmiştir. Bu çalışmanın sonucunda, Eynal termal kaplıcasından Paenibacillus lactis, Brevibacillus borstelensis, Paenibacillus naphthalenovorans türlerine ait izolatlar elde edilmiştir. Ayrıca elde edilen izolatlar, proteaz üretim yetenekleri açısından taranmıştır. Tarama çalışmaları sonucunda izolatlar arasında en yüksek proteaz aktivitesi Paenibacillus lactis E3-1 kodlu izolatta gözlenmiştir.
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2016-06-08T13:01:00Z
No. of bitstreams: 1
10072354.pdf: 1447973 bytes, checksum: a677aec60d1887dc64b95b4b95322a09 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
Eynal
Eynal termal kaplıcasının prokaryotik çeşitliliğinin belirlenmesi ve proteaz üretim yeteneklerinin değerlendirilmesi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1039
2017-06-06T00:00:13Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Dağ, İlknur
Ayrım, Aysun
ESOGÜ, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik
2017-06-05T06:37:50Z
2017-06-05T06:37:50Z
2016-04
2016
http://hdl.handle.net/11684/1039
Bu çalışma kapsamında, ovaryum kanseri hücrelerinde (SKOV-3) fibronektine bağlı integrin aktivasyonunun ardından, hücre içi kalsiyum artışı ile ER stresi oluşturulmuş ve sonrasında muhtemel apoptotik etkiler araştırılmıştır. SKOV-3 hücrelerinde Tunikamisin (TN) konsantrasyonları ile hücre içi kalsiyum değişimleri Fluo-3 AM ve Rhod-2 AM boyaları kullanılarak akım sitometrisiyle ölçülmüştür. Hücrelerin 18 μM TN uygulaması sonrasında oluşturulan ER stresine bağlı apoptotik hücre ölümü Anneksin V / PI yöntemi ile sitokrom c ve Endo G proteinlerinin lokalizasyonu ise floresan mikroskobu ile görüntülenmiştir. Ayrıca hücrelerdeki morfolojik değişimler geçirimli elektron mikroskobu (TEM) ile tespit edilmiştir.
Fluo-3 AM ve Rhod-2 AM ile boyanan SKOV-3 hücrelerinin 18 μM TN inkübasyonu sonrasında sırasıyla sitoplazmik ve mitokondriyal Ca+2 artışının olduğu gözlenmiştir. Bu artışa bağlı olarak, SKOV-3 hücrelerinde % 11.38 oranında erken apoptoz ve % 10.24 oranında geç apoptoz belirlenmiştir. Mitokondriyal kaynaklı apoptotik proteinler olan sitokrom c ve Endo G‟nin 2 saat TN inkübasyonlarında floresan ışımaların kaplamasız hücrelere oranla daha yoğun olduğu görülmüştür. Fibronektine bağlı SKOV-3 hücrelerinde ER stresine bağlı olarak gelişen apoptotik değişimler plazma ve çekirdek zarında bozulmalar, çekirdek kondensasyonu ve nükleusta fragmentasyona bağlı yoğun heterokromatin yapılar olarak belirmiştir.
Sonuç olarak, metastatik aşamadaki (fibronektine bağlı) ovaryum kanseri hücrelerinde, kalsiyuma bağımlı apoptotik sürecin varlığı kısmen gösterilmiştir. Sonuçlar apoptotik sürecin izlenmesi ve integrin aktivasyonu ile etkilerin karşılaştırılması açısından literatüre katkı sağlayabilir, ayrıca ileri aşamada, ovaryum kanseri hücrelerinde apoptozu uyarıcı ya da hücre döngüsünü baskılayıcı inhibitör ve/veya ilaçların geliştirilmesi için de faydalı olabilir.
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2017-05-25T06:21:24Z
No. of bitstreams: 1
10110312.pdf: 3524312 bytes, checksum: f8273288371195272649dbe09d9c920c (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Ovaryum Kanseri
Ovaryum kanserinde hücre içi kalsiyum değişimlerinin ultrayapısal olarak incelenmesi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1068
2017-07-13T00:00:32Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Çelik, Pınar Aytar
Katar, Şuheda
ESOGÜ, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik
2017-07-12T05:26:34Z
2017-07-12T05:26:34Z
2016-06
2016
http://hdl.handle.net/11684/1068
Dünya çapındaki nüfus artışı ve endüstriyel gelişmeye koşut olarak artan çevre kirliliği yaşam kaynaklarının daha çok kirlenmesine neden olmaktadır. Boyarmaddelerin genellikle sentetik kökenli olması, karmaşık aromatik moleküler yapıları, birden fazla çift bağ ve değişik fonksiyonel gruplar içermesi boyarmaddelerin kararlı yapıda olmasını sağlamakta ve doğada biyolojik olarak bozunabilirliğini daha da zorlaştırmaktadır. Bu çalışmada; asidik maden drenajından izole edilen fungus Talaromyces aculeatus (AMDC-14) biyosorbenti ile tekstil endüstrilerinde boyarmadde olarak kullanılan ve çevre için önemli kirleticilerden olan; Reaktif Mavi 13 (RM13), Reaktif Mavi 72 (RM72), Reaktif Sarı 85 (RS85) ve Reaktif Turuncu 13 (RT13) boyarmaddelerinin biyosorpsiyona olan etkileri incelenmiştir. Bu bağlamda başlangıç pH’sı, biyokütle miktarı, çalkalama hızı, sıcaklık, denge süresi, boyarmadde konsantrasyonu etkisi gibi parametrelerin biyosorpsiyona etkileri incelenmiştir. En uygun biyosorpsiyon koşulları; RM13 için; pH 2; biyosorbent miktarı 2 g/L; sıcaklık 30 ºC; temas süresi 120 dakika, RM72 için; pH 2; biyosorbent miktarı 1,2 g/L; sıcaklık 35 ºC; temas süresi 120 dakika, RS85 için; pH 2; biyosorbent miktarı 2 g/L; sıcaklık 40 ºC; temas süresi 120 dakika, RT13 için; pH 2; biyosorbent miktarı 2 g/L; sıcaklık 35 ºC; temas süresi 120 dakika olarak belirlenmiştir. İzoterm çalışmalarında ise Langmuir ve Freundlich izoterm modelleri incelenmiş ve her dört boyanın adsorpsiyonu için Langmuir izoterm modeline daha fazla uyumluluk gösterdiği belirlenmiştir. FTIR ve SEM analizleri ile biyokütle ve boyarmadde etkileşimi incelenmiştir. Termodinamik hesaplamalar sonucunda, biyosorpsiyon sürecinin RM72 hariç endortermik olduğu ve serbest eneji değerleri incelendiğinde tüm boyalar için biyosorpsiyon süreçlerinin kendiliğinden gerçekleştiği görülmüştür. Sonuç olarak kurutulmuş biyokütlenin, sulu çözeltilerden reaktif boyarmadde gideriminde etkili bir şekilde kullanılabileceği kanısına varılmıştır.
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2017-07-04T07:03:00Z
No. of bitstreams: 1
10122284.pdf: 1867637 bytes, checksum: 29730b20a156aa1e1a3f65007d8f3050 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Biyosorpsiyon
Asidik maden drenajında izole edilen talaromyces aculeatus ile bazı boyarmaddelerin biyosorpsiyonu
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1123
2017-11-17T01:01:39Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Dağ, İlknur
İset, Şeref
ESOGÜ, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik
2017-11-16T11:59:46Z
2017-11-16T11:59:46Z
2016-12
2016
http://hdl.handle.net/11684/1123
Gıda kaynaklı hastalıklar, insan sağlığını her geçen gün daha fazla tehdit etmektedir. Biyofilm oluşumu, bu enfeksiyonların en önemli kaynaklarındandır. Biyofilm, mikroorganizmaların bir yüzeye yapışması ve kendi ürettikleri ekstrasellülar matriks içine gömülmesi sonucu oluşturdukları organize komüniteler olarak tanımlanabilir. Gıda temas yüzeylerine patojenik mikroorganizmaların yapışması ve ardından biyofilm oluşturması gıda güvenliği açısından tehlikelidir.
Salmonella türleri ve Listeria monocytogenes gıda yoluyla bulaşan en önemli patojenik bakterilerdendir. Her iki bakteri de canlı ve cansız yüzeyler üzerinde biyofilm oluşturabilmektedir. Biyofilm içindeki bakteriler, temizleme ve sanitasyon işlemlerine artan bir direnç gösterirler. Bu çalışmanın amaçları (i) çeşitli gıda örneklerinden izole edilen ve tanımlanan Salmonella spp. ve L. monocytogenes suşlarının biyofilm varlığını araştırmak ve (ii) güçlü biyofilm üreten Salmonella spp. ve L. monocytogenes suşlarının çeşitli endüstriyel yüzeyler üzerindeki adezyon ve gelişim yeteneklerini değerlendirmektir. Analiz için alınan 603 gıda örneği içinde 6 izolat L. monocytogenes ve 8 izolat Salmonella spp. olarak tanımlanmıştır. İzolatlar standart mikrobiyolojik yöntemlerle tanımlanmıştır. Biyofilm tespitleri mikrotiter plak metodu ve tüp metodu ile belirlenmiştir. Test edilen tüm Salmonella spp. ve L. monocytogenes suşları biyofilm üretmiş ancak L. monocytogenes suşlarında daha yüksek derecede biyofilm belirlenmiştir. Bu iki testin yanında, seçilen güçlü biyofilm üreten suşların altı farklı endüstriyel yüzey (mermer, granit, cam, tahta, plastik, çelik) üzerindeki adezyon ve biyofilm oluşumları da SEM ile tespit edilmiştir.
Ayrıca seçilen iki suşun biyofilm oluşum ve gelişimleri granit yüzeylerde ve beş inkübasyon periyodunda değerlendirilmiştir (2., 4., 6., 24. ve 48. saatler). Olgun biyofilm oluşumu 24 ve 48. saatlerde tespit edilmiştir. Granit, mermer, tahta ve cam yüzeyler, çelik ve plastik yüzeylere kıyasla daha yoğun biyofilm oluşturmuşlardır. Özellikle granit ve mermer yüzeyler biyofilm oluşumu için daha elverişli ortamlar olarak bulunmuşlardır.
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2017-11-09T08:29:56Z
No. of bitstreams: 1
10142275.pdf: 3276353 bytes, checksum: 20c2559b0b94b67f9bd8e9e3319c080d (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Biyofilm
Çeşitli gıda örneklerinden izole edilen salmonella ve listeria monocytogenes suşlarının biyofilm oluşturma yeteneklerinin araştırılması ve elektron mikroskobik tekniklerle değerlendirilmesi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1190
2017-12-12T01:01:04Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Çabuk, Ahmet
Bozkurt, Damla
ESOGÜ, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik
2017-12-11T07:05:08Z
2017-12-11T07:05:08Z
2016-06
2016
http://hdl.handle.net/11684/1190
Bor, biyolojik fonksiyonlarının tam olarak bilinmemesine karşın, özellikle bitkiler için mikro besleyici bir element özelliği taşımaktadır. Ancak ülkemiz gibi bor zengini ve yarı kurak iklime sahip olan bölgeler için toprakta ve suda bor birikimi hem biyolojik çeşitlilik hem de çevre için olumsuz etkiler oluşturabilmektedir. Toprakta ve suda bor miktarının azaltılması bu alanlara adapte olmuş bitki ve mikroorganizmalar ile mümkündür. Ayrıca bu adapte canlılardan özellikle mikroorganizmaların bor ile ilişkili metabolik faliyetlerin anlaşılması ile yeni teknolojilerin geliştirilmesi olasıdır. Bu nedenle bu alanlardaki mikrobiyal çeşitliliğin bilinmesi önemlidir.
Bu tez çalışmasının öncelikli hedefi, bor içeren su ve toprak örneklerinde yaşayan bakteri çeşitliliğinin belirlenmesidir. Kırka bor maden ocağı çevresinde bulunan drenaj havuzlarından alınan su ve toprak örneklerindeki mikrobiyal komünite, moleküler yaklaşımlar ve klasik mikrobiyal tekniklerin kombinasyonu ile değerlendirilmiştir. Bu çalışmanın sonucunda, Halomonas mongoliensis, Halomonas campaniensis, Pseudomonas balearica, Pseudomonas pseudoalcaligenes türlerine ait suşlar ile Pseudomonas zhaodogensis türüne ait 4 farklı suş izole edilmiştir.
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2017-11-28T10:46:18Z
No. of bitstreams: 1
10119648.pdf: 1452657 bytes, checksum: 9a78fe387e4e8ce90267703491d8dd82 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Boronofil
Bor içeren ortamlarda prokaryotik çeşitliliğin belirlenmesi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1210
2017-12-12T01:00:33Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Çelik, Pınar Aytar
Sunguroğlu, Cansu
ESOGÜ, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik
2017-12-11T07:10:09Z
2017-12-11T07:10:09Z
2016-06
2016
http://hdl.handle.net/11684/1210
Hyaluronik asit, tıbbi ve endüstriyel alanlarda yaygın olarak kullanılan ve dünya
genelinde önemli bir pazar payına sahip bir biyopolimerdir. Birçok yapısal, fizyolojik ve
biyolojik fonksiyona sahip olan bu biyopolimer hemen hemen tüm dokuların fonksiyonel
bileşenidir. Hyaluronik asit yüksek su tutma kapasitesi, immünojenik olmaması, yüksek
biyouyumluluğu sebebi ile ortopedik uygulamalarda, kozmetik, medikal ve farmasötik gibi
çeşitli alanlarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Hyaluronik asit ticari olarak hayvansal
dokular ve patojenik Streptococcus cinsi bakteriler olmak üzere iki temel kaynaktan elde
edilmektedir. Ancak bu kaynaklardan elde edilen hyaluronik asitin çeşitli kontaminasyon
riskleri içermesi ve alerjik reaksiyonlar meydana getirmesi nedeniyle alternatif kaynakların
geliştirilmesi önem kazanmıştır.
Bu çalışmada hyaluronik asit üreten alternatif rekombinant bir suş oluşturulması
hedeflenmiştir. Patojenik Streptococcus equi subsp. zooepidemicus suşundan elde edilen
hyaluronik asitin kontaminasyon riskinden kaçınmak için bu suşun hyaluronan sentaz
enzimini kodlayan hasA geni, bir laktik asit bakterisi olan Lactococcus lactis’e
aktarılmıştır ve Lactococcus lactis’in hyaluronik asit üreten rekombinant L. lactis CES15
olarak adlandırdığımız suş oluşturulmuştur. Bu kapsamda öncelikle Streptococcus equi
subsp. zooepidemicus’un hasA geninin 5’ ve 3’ ucuna spesifik primerler kullanılarak
amplifikasyonu gerçekleştirilmiştir. Amplifiye edilen gen bölgesi nisin kontrollü promotor
sistemine sahip bir plazmid vektör olan pNZ8150’ye aktarılmıştır. Rekombinant
Lactococcus lactis CES15 suşu nisin ile indüklenerek hyaluronan sentaz geninin
ekspresyonu kontrol edilmiştir ve hyaluronik asit üretim yeteneği araştırılmıştır. Çalışmada
7,5 ng/ml nisin ile indüklenen rekombinant Lactococcus lactis CES15’in 3 saatlik
indüksiyondan sonra, 2,9746 mg/ml gibi yüksek bir miktarla hyaluronik asit ürettiği
belirlenmiştir. Bu yüksek sonuca sadece tek bir genin klonlanması ile ulaşılmıştır ve 3 saat
indükleme süresi literatüre kıyasla oldukça kısadır.
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2017-12-01T05:27:01Z
No. of bitstreams: 1
10122619.pdf: 11391576 bytes, checksum: 820ba8838384fd23048914033a3ae294 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
Hyaluronik Asit
Hyaluronik asit sentaz geninin lactococcus lactis’te ekspresyonu
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1234
2017-12-12T01:00:40Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Dağ, İlknur
Şengel, Tayfun
TR17883
ESOGÜ, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik
2017-12-11T07:11:31Z
2017-12-11T07:11:31Z
2016-05
2016
http://hdl.handle.net/11684/1234
Periferik sinir hasarları motor, duyusal ve otonom fonksiyonlara zarar veren; aynı zamanda da yaşam kalitesini azaltarak önemli mali kayıplara yol açan yaralanmalardır. Özellikle motorlu araç kazalarına bağlı travmalarda ve daha az sıklıkla da derin travmalarda, düşmelerde ve endüstriyel kazalarda görülmektedirler. Büyük sinir boşlukları, proksimal lezyonlar ya da kronik sinir yaralanmalarında iyileşme oldukça zordur. Merkezi sinir siteminin aksine periferik sinir sistemi önemli bir yenilenme kapasitesine sahiptir ancak bu rejenerasyon tam olarak gerçekleşmemekte ve yaralanma öncesi duruma kıyasla fonksiyonel iyileşme çok nadir görülmektedir.
Çalışmamızda hyaluronik asitin biyobozunur bir hidrojeli yapılarak bu hidrojele lityum yüklenmesi gerçekleştirilmiştir. Rat siyatik siniri üzerinde periferik sinir hasarı modeli oluşturularak; oluşan sinir boşluğuna silikon konduit yerleştirilmiş ve ve konduit lümenine de bu hidrojeller enjekte edilmiştir. 12 haftalık bekleme süreci sonunda denekler disekte edilerek rejenerasyonun ultrayapısal boyuttaki değerlendirilmeleri yapılmıştır. Sonuçta hem lityum hem lityum yüklenmiş hyaluronik asit hidrojellerinin siyatik sinir rejenerasyonu üzerine olumlu etkileri olduğu gösterilmiştir.
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2017-12-04T11:59:40Z
No. of bitstreams: 1
10116328.pdf: 7430468 bytes, checksum: 409b31852a910537ba74881f3678edc9 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
Periferik Sinir Hasarı
Lityum yüklenmiş hyaluronik asit hidrojellerinin siyatik sinir hasarına etkisi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1227
2017-12-12T01:00:57Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Coşan, Didem Turgut
Dal, Aylin
ESOGÜ, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik
2017-12-11T07:10:57Z
2017-12-11T07:10:57Z
2016-08
2016
http://hdl.handle.net/11684/1227
Meme kanseri kadınlar arasında en sık görülen kanser türüdür. Hayati önem taşıyan
organlarda gelişen sekonder tümörler, meme kanserinden kaynaklı ölümün en önemli
nedenini oluşturmaktadır. Bu yüzden, metastaz gelişiminin önlenmesinin ölüm oranını
büyük ölçüde düşüreceği düşünülmektedir. Günümüzde meme kanseri tanısında ve
takibinde biyobelirteçler kullanılmasına karşın, metastaz gelişiminin belirlenmesinde yeni
biyobelirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu belirteç, invaziv olmayan yollardan kolaylıkla
elde edilmeli, hastanın prognozu hakkında bilgi vermesinin yanında, tümör dokusuna
spesifik mutasyonlar hakkında yorum yapılmasına olanak sağlamalıdır.
Serbest DNA’lar, plazma ve serumda bulunan tümör hücrelerine ait DNA fragmentleridir.
Yapılan çalışmalar serbest DNA’ların kanser hastalarında prognostik ve diagnostik açıdan
değere sahip olduğunu göstermektedir. Serbest DNA’ların, hassas hücreleri etkileyerek,
metastaza neden olabileceği çeşitli hayvan modeli çalışmalarında gösterilmiştir. Gen
transferi ile gerçekleştiği düşünülen bu olay, daha sonra “Horizontal Gen Transferi” olarak
adlandırılmış olup “Genometastaz Hipotezi” olarak terminolojiye geçirilmiştir
Yapılan bu çalışmada, ko-kültür sisteminde MDA-MB-231 meme kanser hücreleri ile
sağlıklı osteoblast hFOB 1.19 hücrelerindeki APC, RASSF1A ve p53 genleri için horizontal
gen transferi MSP/PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca DNaz I’in gen transfeksiyonu
üzerine olan etkileri de incelenmiştir. Muhtemel gen transferi ile hücrelerin canlılık,
proliferasyon ve adezyon özellikleri üzerine etkisi Tripan blue ve XTT yöntemleri esas
alınarak belirlenmiştir.
Çalışma sonucunda, metile APC1A, APC1B ve p53 ekson 8 horizontal gen
transfeksiyonunun hFOB 1.19 hücrelerine gerçekleştiği belirlenmiştir. Bu transfeksiyon
sonucunda, hFOB 1.19 hücrelerinin adeziv özelliklerinde değişim olduğu gözlenmiştir.
DNaz I’ in hücrelerde transfeksiyonu hızlandırdığı analiz edilmiştir.
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2017-12-07T06:19:49Z
No. of bitstreams: 1
10123598.pdf: 2722647 bytes, checksum: 439766d54345e146d99c9d9e8321c10b (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
Serbest DNA
Meme kanseri metastazında serbest DNA’ların rolü
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/1642
2019-01-31T01:06:53Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Çalışkan, Figen
Ulutaş, Volkan
ESOGÜ, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik
2019-01-30T08:19:21Z
2019-01-30T08:19:21Z
2017-04
2017
http://hdl.handle.net/11684/1642
Leiurus abdullahbayrami Güneydoğu Anadolu bölgesinde yayılış gösteren ve halk sağlığı açısından önemli bir akrep türüdür. Bu çalışma Türkiye için endemik bir değeri olan Leiurus abdullahbayrami’ nin sahip olduğu venom içeriğinin aydınlatılmasına odaklanmıştır.
Akreplerden ham venom elektostimülasyon tekniği kullanılarak elde edilmiştir. Ham venomun kromotografik olarak ayrımı Yüksek Performans Sıvı Kromatografisi’ nde (HPLC) gerçekleştirilmiş ve en az 42 farklı fraksiyon elde edilmiştir. 33, 01 alıkonma zamanına sahip letal ve majör bileşenlerden olan peptid belirlenmiş ve çalışmalara bu peptid ile devam edilmiştir. Peptidin moleküler ağırlığı kütle spektrometresi (MS) ile 6809,55 Da. olarak bulunmuştur. Protein sekanslama çalışmaları Edman degradasyonu yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Asp-N endopeptidaz enzimi ile yıkılarak sekanslanan saf peptidin 64 aminoasit uzunluğuna sahip, 4 disülfid bağı ile paketlenmiş olduğu belirlenmiştir. Tüm dizilim VRDGYIAKPENCVYHCIPDCDTLCKDNGGTGGH CGFKLGHGIACWCNALPDNVGIIVDGVKCHK olarak bulunmuştur. BLAST benzerlik analizi ile peptid dizilimine en yakın dizilim %98’ lik oranla Leiurus quinquestriatus habreus’ tan saflaştırılan Lqh6 peptidi olarak bulunmuştur. Yapısal özelliklerinden yola çıkılarak elektrofizyolojik çalışmalar Nav1.1, Nav1.2, Nav1.3, Nav1.4, Nav1.5, Nav1.6 ve Nav1.7 kanalları üzerinde gerçekleştirilmiştir. Peptidin özellikle Nav1.1 Nav1.3 ve Nav1.4 kanalları olmak üzere çalışılan tüm Na+ kanalları üzerinde etkili olduğu belirlenmiştir.
Bu tez çalışması ile Leiurus abdullahbayrami nedeni ile oluşan zehirlenmelerdeki semptomların aydınlatılması ve mekanizmasının açıklanabilmesi için 33,01 dakika alıkonma zamanına sahip toksik peptidin birincil yapısı aydınlatılmış, elektrofizyolojik teknikler ile etkin olduğu iyon kanalı belirlenmiş ve bilgilerimize göre Leiurus abdullahbayrami türünden ilk saflaştırılan peptid olması nedeni ile Lab1 olarak adlandırılmıştır.
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2018-07-17T07:03:09Z
No. of bitstreams: 1
10148400.pdf.pdf: 2871276 bytes, checksum: f95488c44b47d3dc3b9018927a3f7328 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
Leiurus Abdullahbayrami
Leiurus abdullahbayrami türü akrep venomunun proteomik analizi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/2310
2022-01-15T01:00:28Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Çabuk, Ahmet
Şener, Büşra
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı
2022-01-14T13:22:45Z
2022-01-14T13:22:45Z
2019
2019
http://hdl.handle.net/11684/2310
Ziyaret edilen yerlerin taşıma kapasitesi ile ilgili sorunlar, turizm literatüründe
son yıllarda giderek önem kazanmaktadır. Bu araştırmada, Yılmaz Büyükerşen
Balmumu Heykeller Müzesi ziyaretçilerinin taşıma kapasitesi algılarını ve
memnuniyetlerini değerlendirmek amaçlanmaktadır. Bu amaç doğrultusunda, nicel
araştırma yöntemlerinden anket tekniği kullanılmıştır. Araştırma, Haziran-Kasım 2018
tarihleri arasında müze ziyaretini tamamlayan 728 yerli ziyaretçi üzerinde
gerçekleştirilmiştir. Verilerin analizinde, aritmetik ortalama, faktör analizi, korelasyon
analizi, t- testi ve varyans analizi kullanılmıştır.
Araştırmada, ziyaretçilerin müzeyi gezerken kalabalıktan rahatsızlık
hissetmedikleri, müzeye beklemeden giriş yaptıkları ve ziyaretçi trafiğinin iyi işlediği
bulgusuna ulaşılmıştır. Araştırma sonucunda, ziyaretçilerin taşıma kapasitesi
algılarının olumlu olduğu ve memnuniyetlerinin yüksek düzeyde olduğu ortaya
çıkmıştır. Araştırmada, ziyaretçilerin taşıma kapasitesi algılarının medeni hal, yaş,
yaşanılan şehir ve meslek bakımından farklılıklar gösterdiği ortaya çıkmıştır. Bu tür
çalışmaların, turistik yoğunlaşma yaşayan destinasyonlarda ve farklı müzelerde
yapılması önerilmektedir
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-01-14T08:31:44Z
No. of bitstreams: 1
74-6613-10258648-tez.pdf: 1362043 bytes, checksum: 735fefd635c5959d307b14eeac8529af (MD5)
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Turizm
Kömür kükürt gideriminde drum tipi biyoreaktör uygulamaları
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/2647
2022-02-16T01:00:27Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Dağ, İlknur
Yapıcı, Mihrinur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı
2022-02-15T08:23:04Z
2022-02-15T08:23:04Z
2019
2019
http://hdl.handle.net/11684/2647
Candida türleri önemli mukozal ve yayılıcı infeksiyonlara yol açabilen fırsatçı
mantarlardır. Son yıllarda bu infeksiyonların insidansında görülen artış ve yüksek mortalite
oranları, daha etkili antifungal tedavi stratejilerinin gerekliliğini ortaya koymaktadır. En
yaygın izole edilen tür C. albicans olmakla beraber, non-albicans türlerin yol açtığı
infeksiyonlar da sıklıkla rapor edilmektedir. Candida türleri morfolojik değişim ya da
biyofilm oluşumu gibi fenotipik adaptasyonları sağlayan Quorum Sensing (QS) molekülleri
salgılarlar. Bu sistemde, mikroorganizmalar ürettikleri sinyal molekülleri sayesinde
birbirleri ile haberleşebilmekte ve belirli bir yoğunluğa ulaştıklarında virülans faktörlerine
ait çeşitli genlerin ekspresyonlarını tetikleyebilmektedirler. Candida türlerindeki çoğunluk
algılama sistemi hakkında bilgiler oldukça azdır ve farnesol ökaryotlarda keşfedilen ilk QS
sinyal molekülüdür. İlginç bir şekilde farnesol, Candida türleri ile hem bir QS molekülü
olarak ve hem de ekzojen bir ajan olarak etkileşime girebilir. Farnesolün bu duyarlılığında
hücrenin gelişim süresi, boyutları, sıcaklığı ya da gelişim ortamı gibi faktörler etkili
olmaktadır. Çalışmamızda farnesolün hem planktonik ve hem de biyofilm formundaki
Candida türleri üzerine etkilerinin araştırılması hedeflenmiştir. Çalışmaya C. albicans’ın
yanısıra (1 standart ve 1 klinik izolat), 5 farklı klinik Candida izolatı dahil edilmiştir. Etken
maddenin planktonik Candida türleri üzerine etkisi broth mikrodilüsyon (MİK) ve geçirimli
elektron mikroskop (TEM) ile; biyofilm üzerine olan etkileri de kolorimetrik (XTT) ve
taramalı elektron mikroskop (SEM) ile araştırılmıştır. Sonuçlarımız, farnesolün Candida
türlerinin planktonik ve biyofilm formları üzerine yaklaşık 37,5 µM - 600 µM konsantrasyon
aralıklarındaki inhibe edici etkisini ortaya koymuştur. Farnesol daha düşük
konsantrasyonlarda ise biyofilmi artırıcı bir etki sergilemiştir. TEM verilerimiz; 37,5 µM
konsantrasyonda farnesol muamelesi sonucu hücrelerde membran ve duvar hasarları,
vakuolizasyon ya da granülasyonlar göstermiştir. SEM verilerinde ise farnesol muamelesi
sonucu pre ve post biyofilm uygulamalarında kontrol grubuna kıyasla biyofilm indirgenmesi
tespit edilmiştir. Farnesol antifungal ve antibiyofilm tedavi stratejilerinde etkili olarak
kullanılabilir. Ancak verilerimizin daha detaylı çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-02-11T12:22:42Z
No. of bitstreams: 1
399-7073-10210902.pdf: 2014765 bytes, checksum: af6359d5d1d3870bc14d4ea0e3fac4f5 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Farnesol
Farnesolün candida biyofilmleri üzerine etkilerinin mikrobiyolojik, elektron mikroskobik ve kolorimetrik yöntemlerle araştırılması
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/2640
2022-02-16T01:00:51Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Turgut Coşan, Didem
Yılmaz, Şükran
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı
2022-02-15T08:12:56Z
2022-02-15T08:12:56Z
2019
2019
http://hdl.handle.net/11684/2640
Bu tez çalışması ile şap virüsüne duyarlı, şap hastalığının teşhisini ve şap virüsünün
izolasyonunu daha etkin kılacak alternatif yeni hücre hatları oluşturulması hedeflenmiştir.
Böylece, hem bu hücre hatlarının hastalığın doğal konakçısı ile aynı homolojiye sahip
olması hem de ilk enfeksiyon belirtilerinin görüldüğü ve enfeksiyona duyarlı bir organ olan
dilden hazırlanması nedeniyle şap virüsünün teşhisine ve izolasyonuna daha etkin katkı
sağlayacağı düşünülmüştür. Çalışmanın birinci aşamasında, mezbahadan alınan yaklaşık 5
aylık sığır fötüsü dilinden, güvenli laboratuvar koşullarında hazırlanan primer kültürün
ayrıştırma ve saflaştırılmasıyla, sonlu epitelyal ve fibroblast hücre hatları oluşturulmuştur.
İkinci aşamasında, oluşturulan bu iki yeni hücre hattının karakterizasyonları kapsamında,
mikrobiyal ve viral sterilite, büyüme karakteristiği, tür orijini doğrulaması, doku orijini
doğrulaması testleri ve şap virüsü için spesifik hücresel reseptörlerin varlığının tespiti
yapılarak tanımlı hücre hatları haline getirilmişlerdir. Üçüncü aşamasında ise yeni hücre
hatlarının şap virüsü laboratuvar suşlarına ve (A TUR/11, O TUR/07 ve Asia1/11) ve BHK
21 An31 hücre hattında negatif olan 20 adet saha suşuna olan duyarlılıkları incelenmiştir.
Çalışmalar sonucunda, FBTEC hücre hattının ömrünün 10 pasaj olduğu, FBTFC hücre
hattının ise 60. pasaja kadar çoğaldığı görülmüştür. Yapılan virüs duyarlılık testlerinde, her
iki yeni hücre hattının da kontrol grubu olan BHK 21 An31 hücre hattına göre ya eşdeğer ya
da daha duyarlı olduğu görülmüştür. Ancak FBTEC hücre hattının ömrünün çok sınırlı
olması bu hücre hattının uzun süreli kullanılabilirliğini sınırlamaktadır. FBTFC hücre hattı
ise hem uzun süre pasajlanabilir olması hem de diploit hücre özelliğiyle atasal özelliklerini
korumasından dolayı, iyi bir bankalama stratejisi ile daha uzun yıllar kullanılabilir yeni ve
alternatif bir hücre hattı olmuştur
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-02-14T08:44:46Z
No. of bitstreams: 1
418-7065-10315597.pdf: 5896269 bytes, checksum: 96c685698e6a46589d665f544598a911 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Hücre Hattı Kurulumu Ve Karakterizasyonu
Şap virüsü izolasyonu ve teşhisi için fetal sığır dilinden hücre hattı oluşturulması ve karakterizasyonu
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/2759
2022-02-24T01:00:38Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Çabuk, Ahmet
Nural Yaman, Belma
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı
2022-02-23T11:05:56Z
2022-02-23T11:05:56Z
2019
2019
http://hdl.handle.net/11684/2759
Ülkelerin yeraltı zenginlikleri arasında maden yatakları yanında artık mikrobiyal
çeşitlilik unsurları da değerlendirilmektedir. Mikrobiyal çeşitliliğe katkı sağlayacak her yeni
veri, ekonomik bir değer olarak düşünülmektedir. Bu tez çalışmasının amacı mikrobiyal
komunitesi belilerlenen asidik çevreden elde edilecek izolatlar ile maden derenaj sahalarının
ıslahına biyoteknolojik yaklaşım ile çözüm olabilmektir.
Tez çalışmasında asid maden derenajından 3 mevsimde yedi örneklem alanından su
örneği alınmıştır. Alınan örneklerin pH ve sıcakık değerleri ölçülmüş, kimyasal içeriği
belirlenmesi amacıyla metal analizi yapılmışır. Kültüre bağlı ve kültürden bağımsız
yöntemler birlikte uygulanmıştır. Kültürden bağımsız yöntemler arasında DGGE, 16S rRNA
klon kütüphanesi, FISH ve metagenomik analiz yer almaktadır. Metagenomik ve diğer
yöntemlerde elde edilen mikrobiyal komunite verilerine göre seçici besiyerleri de
kullanılarak izolasyon çalışmaları devam ettirilmiştir. Elde edilen izolatlardan Fe+2
oksidasyon seviyelerinin takibi yapılmıştır.
Alınan su örneklerinin demir, altın, alüminyum, manganez, sülfür ve çinkoca zengin
olduğu tespit edilmiştir. Kültüre bağlı çalışmalar sonucunda Acidiphilium, Acidithiobacillus
ve Leptospirillum cinsi bakteriler izole edilmiştir. DGGE ve klon kütüphanesi sonuçlarına
göre baskın olarak Acidiphilium, Metallibacterium, Acidithiobacillus, Leptospirillum cinsi
bakteriler yer aldığı gösterimiştir. 16S Amplikon dizileme ile elde edilen ham verilerin
biyoinformatik analizi sonucunda baskın olan mikroorganizmaların Acidiphilium,
Metallibacterium, Aciditerrimonas, Acidithiobacillus, Leptospirillum; Ferroplasma,
cinslerine ait olduğu tespit edilmiştir. Fe+2 oksidasyon seviyelerinin belirlenmesi sonucunda,
üçüncü sezon alınan örnekten izole edilen Leptospirillum sp.’nin %81 oranında oksidasyon
yaptığı bulunmuştur. Bu tez çalışmas ıile heterotrof besiyerinde izole edilen yeni türe aday
mikoorganizma izole edilmiş. Türkiye’de ilk kez asid maden drenajının prokaryotik
çeşitliliği metagenom yaklaşımla belirlenmiş ve yüksek oranda Fe+2 oksidasyon yeteneğine
sahip Leptospirillum ferrooxidans ile biyomadencilik çalışmalarının devam edilebileceği
gösterilmiştir
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-02-22T13:40:58Z
No. of bitstreams: 1
518-6899-10311507.pdf: 25059931 bytes, checksum: 2f96aece074c87519c1d6e16fc14165a (MD5)
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Asidofil
Asid maden drenaj göllerindeki prokaryotik çeşitliliğin geleneksel ve moleküler yöntemler ile belirlenmesi ve biyoteknolojik uygulamaları
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/4097
2022-08-04T00:00:57Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Dağ, İlknur
Gürsoy, Nurbanu
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı
2022-08-03T05:33:14Z
2022-08-03T05:33:14Z
2020
2020
http://hdl.handle.net/11684/4097
Algler ekosistem bütünlüğünün korunmasında çok önemli canlı gruplarıdır.
Yapılarında çeşitli minerallerin yanı sıra vitaminler, antioksidanlar, terpenler ya da
flavonoidler gibi çeşitli bileşikler bulundururlar. Bu bileşikler nanobiyoteknolojide biyolojik
indirgeyici ajan olarak sıkça kullanılmaya başlanmıştır. Nanoteknolojik çalışmalar endüstri,
teknoloji ve tıp alanlarındaki yaygın uygulamaları nedeniyle, çeşitli nanomalzemelerin
üretimi için yoğun talep görmektedir. Nanopartiküllerin sentezlenme aşaması genel olarak
kimyasal yollarla gerçekleşir ancak bu olay oldukça yüksek maliyetler gerektirir. Son
yıllarda daha ekonomik ve daha az kimyasal gerektiren çevre dostu üretim teknikleri üzerine
yoğunlaşılmaktadır ve bu üretim tekniği ‘Yeşil Sentez’ olarak adlandırılmaktadır.
Çalışmamızda, Eskişehir il sınırlarında yer alan Musaözü göletinden izole ve
identifiye edilen yeşil mikroalgler kullanılmış ve yeşil sentez yoluyla altın nanopartikül
eldesi için pH, metal tuzu konsantrasyonu ve zaman parametreleri kullanılarak optimizasyon
çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Sentezlenen nanopartiküller UV-Vis spektrofotometre,
dinamik ışık saçılımı (DLS), Zeta-sizer, X-ışını kırınımı (XRD), Fourier dönüşümlü
kızılötesi spektroskopisi (FTIR), alan emisyonlu taramalı elektron mikroskobu (FE-SEM)
ve geçirimli elektron mikroskobu (TEM) ile karakterize edilmiştir. Chlorella özütünden elde
edilen nanopartiküller ortama 5-15 nm, Scenedesmus özütünden elde edilen nanopartiküller
ise ortama 3-15 nm boyutunda ve küresel yapıdadır. Broth mikrodilüsyon ve agar disk
difüzyon testleri kullanılarak altın nanopartiküllerin standart ve klinik Candida izolatları
üzerine güçlü antifungal etkileri tespit edilmiştir. Altın nanopartiküller ile Candida hücreleri
arasındaki morfolojik ve hücresel etkileşimler TEM ile değerlendirilmiştir. Nanopartiküller
genel olarak hücre üzerinde duvar ve membran yapılarını hasarlandırmış, sonrasında da
stoplazma erimeleri ve düzensizlikleriyle etkisini göstermiştir. Sonuç olarak yeşil sentez ile
elde edilen altın nanopartiküller medikal ve endüstriyel kullanım için güçlü bir potansiyele
sahiptirler
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-02-28T07:53:53Z
No. of bitstreams: 1
585-7177-10228817.pdf: 14282403 bytes, checksum: 54311136cdd55a9e268d7f466b8188d8 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Mikroalg
Mikroalg aracılı altın nanopartiküllerinin biyosentezi, karakterizasyonu ve antifungal etkilerinin değerlendirilmesi
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/4147
2022-08-05T00:01:02Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Çelik, Pınar Aytar
Abutaha, Abdulsamee M.K.
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı
2022-08-04T05:34:10Z
2022-08-04T05:34:10Z
2020
2020
http://hdl.handle.net/11684/4147
Dünya çapındaki nüfus artışı ve endüstriyel gelişmeye paralel olarak artan çevre
kirliliği yaşam kaynaklarının daha fazla kirlenmesine neden olmaktadır. Boyarmaddelerin
genellikle sentetik kökenli olması, karmaşık aromatik moleküler yapıları, birden fazla çift
bağ ve farklı fonksiyonel gruplar içermesi boyarmaddelerin kararlı yapıda olmasını
sağlamakta ve doğada biyolojik olarak bozunabilirliğini daha da zorlaştırmaktadır. Bu
çalışmada; tufalden izole edilen Mucor circinelloides, alkalin koşullar altında ko presipitasyon yöntemi kullanılarak manyetik hale getirilmiş (MagMC) ve bu manyetik
biyokütle, tekstil endüstrilerinde boyarmadde olarak kullanılan Reaktif Turuncu 13
(RO13)’ün renk gideriminde kullanılmıştır. Bu manyetik fungal biyokütlenin doygunluk
mıknatıslanma değeri 4,93083 emu/g olarak elde edilmiş ve bu manyetik biyosorbent ve
boya yüklü manyetik biyosorbent için Brunauer Emmett-Teller (BET) yüzey alanı sırasıyla
7,88 ve 23,25 m2
/g olarak elde edilmiştir. Bu bağlamda başlangıç pH’sı, biyokütle miktarı,
çalkalama hızı, sıcaklık, denge süresi, boyarmadde konsantrasyonu etkisi gibi
parametrelerin biyosorpsiyona etkileri incelenmiştir. Merkezi kompozit tasarım
metodolojisi uygulandıktan sonra %95 güven aralığında tahmin edilen değerler ile 1,60 g/L
MagMC’nin 34,95 °C'de RO13 boyar maddesini (339,86 ppm) 84,90 dakikada %93,476
oranında dekolorize edebileceği gösterilmiştir. Bu koşullarda deney tekrarlanmış olup boya
giderimi %95,765 bulunmuştur. Ayrıca, söz konusu MagMC'nin 308 K'da RO13 için
maksimum adsorpsiyon kapasitesi 400 mg/g'a ulaşmıştır. Manyetik biyosorbentin
adsorpsiyon kinetiği ve izotermi incelenmiştir. Sonuçlar, MagMC tarafından RO13'ün
adsorpsiyon işleminin, yalancı ikinci dereceden kinetik modeli ile daha uygun olduğunu
göstermiştir. Adsorpsiyon izotermi Langmuir modeli ile daha çok uyum sağlamıştır.
Biyosorpsiyona ait termodinamik bulgular, sürecin endotermik olduğunu göstermiştir. Bir
diğer deyişle, sıcaklığın artması ile biyosorpsiyonun arttığı gösterilmiştir. Biyosorbent
karakterizasyonu için FTIR, zeta potansiyeli, RAMAN, XRD ve SEM-EDS analizleri
kullanılmıştır. Elde edilen veriler ışığında, söz konusu kurutulmuş manyetik biyokütlenin,
sulu çözeltilerden RO13 boyarmadde gideriminde etkili bir şekilde kullanılabileceği
kanısına varılmıştır
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-02-28T08:25:38Z
No. of bitstreams: 1
591-7168-10270442.pdf.pdf: 3183695 bytes, checksum: 7cab878126864fff5d9c19c8dc55b332 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Manyetik Biyosorbent
Manyetik fungal biyokütle ile boyar madde biyosorpsiyonu
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/3084
2022-06-10T00:00:39Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Çalışkan, Figen
Ahmedi, Shirin
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı
2022-06-09T12:42:42Z
2022-06-09T12:42:42Z
2020
2020
http://hdl.handle.net/11684/3084
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-03-30T07:43:26Z
No. of bitstreams: 1
692-7536-10199402.pdf: 40415192 bytes, checksum: 232c721647663e0f92fea0c79265bd86 (MD5)
eng
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Yılan Antivenomu
Discovery of broadly-neutralizing recombinant human monoclonal antibodies against cobra aytotoxins = Kobra sitotoksinlerine karşı geniş spektrumlu nötralize edici rekombinant insan monoklonal antikorların keşfi
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/4268
2022-08-09T00:01:51Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Nurbaş, Macid
Civan, Lale
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı
2022-08-08T13:22:46Z
2022-08-08T13:22:46Z
2021
2021
http://hdl.handle.net/11684/4268
Biyoaktif camlar, yüksek biyoaktivite özelliğinden dolayı kemik onarımında
kullanılmaktadır. Medikal alanda kullanılan metalik malzemelerin aşınması ve korozyonu
ile oluşan toksik ürünler doku ve hücrelere zarar vermektedir, bu yüzden metalik
malzemelere çeşitli yüzey koruyucu işlemlerin uygulanması önerilmektedir. Bu çalışmada
sol-jel yöntemi kullanarak metalik altlıklar üzerine biyoaktif cam kaplaması uygulanmıştır.
Sentezlenen camların yüksek biyoaktif özelliği ile biyoinert metalik altlıkların mekanik
özelliği birleştirilerek yeni biyomalzemeler tasarlanmıştır. Biyoaktif cam ve cam
seramiklerin sentezlenmesinde fosfat, kalsiyum ve silika kaynağı olarak sırasıyla trietil
fosfat (TEP), kalsiyum nitrat tetrahidrat (Ca(NO3)2.4H2O) ve tetraetoksisilan (TEOS)
kullanılmıştır. R8, R13, R14, R15, R16 ve R17 olarak toplam 6 biyomalzeme oluşturarak
karakteristik özellikleri incelenmiştir. Biyomalzemelerin mikroyapısı, biyoaktivitesi,
gözenekliliği ve çatlaklık durumu Alan Emisyonlu Taramalı Elektron Mikroskobu (FESEM)
ile değerlendirilmiştir. Fonksiyonel gruplar ve oluşan fazlar ise Fourier Dönüşümlü
Kızılötesi Spektroskopisi (FTIR) ve X-ışını kırınımı (XRD) analizleriyle tespit edilmiştir.
Biyomalzemelerin karakterizasyonunda Geçirimli Elektron Mikroskobu (TEM),
Diferansiyel Tarama Kalorimetresi (DSC), Simultane Termal Analiz (STA) analiz
yöntemleri de kullanılmıştır. Biyoaktif cam ve cam seramiklerin in vitro biyoaktivitesi
Yapay Vücut Sıvısına (SBF) daldırmak suretiyle belirlenmiştir, biyouyumluluk
sitotoksisite testi de uygulanmıştır. SBF’ye daldırılmış numunelere XRD, FTIR, Enerji
Dağılımlı X-ışını Spektroskopisi (EDS) analizleri uygulanarak hidroksiapatit (HA) içerdiği
kanıtlanmıştır
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-05-05T11:03:58Z
No. of bitstreams: 1
214-7537-10304586.pdf: 11723674 bytes, checksum: 6fd155001d756fa88408c7e4b28b5254 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Biyoaktif Cam Kaplama
Çeşitli implantlarda kaplama malzemesi olarak biyoaktif camların araştırılması
doctoralThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/4424
2022-08-12T00:01:40Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Ayhancı, Adnan
Kaya, Yağmur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı
2022-08-11T12:36:56Z
2022-08-11T12:36:56Z
2021
2021
http://hdl.handle.net/11684/4424
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-05-11T07:05:47Z
No. of bitstreams: 1
321-7600-10325024.pdf: 18325728 bytes, checksum: 8bf1c8e9056a2362ff2e8b19721d9f91 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Siklofosfamid
Antioksidanlar siklofosfamid nedenli çoklu organ toksisitesini önleyebilir mi?
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/4409
2022-08-11T07:53:47Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Dağ, İlknur
Feyzullazade, Narmın
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı
2022-08-11T07:53:47Z
2022-08-11T07:53:47Z
2021
2021
http://hdl.handle.net/11684/4409
Kanser, insan sağlığını tehdit eden temel bir problem olup akciğer ve kolon kanserleri
en sık görülen malign tümörlerdendir. Kullanılan tedavi stratejilerinde ortaya çıkan çoklu
ilaç direnci ya da yan etkilerden dolayı da sağkalım oranları çok düşüktür. Bitkisel türevli bileşenler güçlü antitümör özellikleri, kolay bulunabilirlikleri ve kemoterapiye kıyasla daha az toksik olmalarından dolayı büyük ilgi çekmektedir. Farnesol (trans, trans-3,7,11-
trimethyl-2,6,10-dodecatriene-1-ol), çeşitli bitkilerde bulunabilen bir esansiyal yağ
bileşenidir. Ayrıca kolesterol biyosentez yolağında farnesil pirofosfatın defosforilasyonu
yoluyla endojenöz olarak da üretilebilmektedir. Farnesolün in vitro’da hücre
proliferasyonunu inhibe ettiği, in vivo’da ise tümör gelişimini baskıladığı ve çoklu moleküler
hedeflerin düzenlenmesi ile etki ettiği düşünülmektedir. Ancak tedavideki etkinlik ve
güvenliğini belirleyebilmek için ayrıntılı çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır.
Bu tez çalışmasında insan akciğer kanseri A549 hücre hattı, kolon adenokarsinomu
(Caco-2) hücre hattı ve sağlıklı insan akciğer epitel BEAS-2B hücre hatları üzerinde farnesolün in vitro etkileri, WST-1 sitotoksisite testi, hücre sağkalımının ikili boyama (DAPI-PI) ile analizi, mikronükleus testi ve geçirimli elektron mikroskopi (TEM) ile araştırılmıştır. Farnesol, kanser hücre hatları için çalışılan doz aralıklarında, konsantrasyona
bağımlı olarak etki göstermiş ve belirli dozlarda proliferasyonu azaltırken, daha yüksek
konsantrasyonlarda ilginç bir şekilde üremeyi kontrolden daha fazla indüklemiştir. Sağlıklı BEAS-2B hücre hattında ise oldukça geniş bir doz aralığında test edilmiş ve çalışılan tüm konsantrasyonlarda hücresel üremeyi baskılamamış, aksine artırmıştır. Bu durum farnesolün
kanser hücre hatlarına zarar verirken, sağlıklı hücrelere önemli bir hasar vermemesi açısından umut verici görünmektedir. IC50 dozunda farnesol uygulanan TEM verileri kontrole kıyasla kanser hücre hatlarında hem otofajik hem de apoptotik bulguların olduğunu,
BEAS-2B hücre hattında ise kontrole yakın normal bulgular gösterdiğini, hücre sağkalım ve
mikronükleus analizleri ise kanser hücre hatlarında farnesol uygulaması sonucu apoptotik
bulguların ve kromozomal hasarların varlığını göstermiştir. Verilerimiz farnesolün akciğer
ve kolon kanseri tedavisi araştırmalarında kullanılabilecek potansiyele sahip aday bir bileşen
olduğunu desteklemektedir. Bununla beraber bu etkinin altında yatan moleküler
mekanizmaların detaylı bir şekilde ortaya konulması gerekmektedir
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-05-12T07:49:31Z
No. of bitstreams: 1
339-7612-10319261.pdf: 128152012 bytes, checksum: 493120c6f1762ad940ad127b6815f0fa (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Farnesol
Farklı kanser hücre hatlarında farnesolün in vitro etkilerinin araştırılması
masterThesis
oai:openaccess.ogu.edu.tr:11684/4390
2022-08-12T00:03:00Z
com_11684_15
com_11684_2
col_11684_104
Çalışkan, Figen
Akgün, Dilber Ece
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı
2022-08-11T06:12:33Z
2022-08-11T06:12:33Z
2021
2021
http://hdl.handle.net/11684/4390
Anadolu bal arısı olarak bilinen Apis mellifera anatoliaca, Türkiye’nin kuzeydoğu
ve güneydoğu bölgeleri hariç tüm orta ve kıyı kesimlerinde çok geniş yayılışa sahip olan
bir ırktır. Bal arısı venomu uzun yıllardır geleneksel tıp uygulamaları ile tedavi amaçlı
kullanılıyor olmasına karşın bal arısı venomlarının bileşenleri ile gerçekleştirilen
biyokimyasal çalışmalar ırklar arasındaki farkları/benzerlikleri, moleküler çalışmalar ise
bileşenlerin biyolojik etkilerinin etki mekanizmasını detaylı olarak ortaya koyacak nitelikte
değildir.
Bu çalışma kapsamında Apis mellifera anatoliaca venomu bileşenleri
kromatografik ve elektroforetik yöntemler ile ayrıştırılarak, tüm dünyada ve Türkiye’de
kadınlar arasında görülme sıklığı ilk sırada yer alan meme kanseri tedavisinde
kullanılabilirliğinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla majör venom peptid
bileşenlerinin sitotoksik ve anti-proliferatif etkinlikleri in vitro yöntemler ile taranmıştır.
Ana 11 adı verilen bileşenin anti-proliferatif, anti-invasiv, apoptotik ve hücre döngüsü
üzerindeki etkisi belirlenerek bu etkinin mekanizması transkripsiyonel ve translasyonel
seviyede araştırılmıştır. Etkin peptidin moleküler ağırlığının 2846,45Da ve birincil
yapısının GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQ-NH2 olduğu kütle spektrometresi ve
amino asit dizilemesi teknikleri ile ortaya çıkarılmıştır. Dizinin biyolojik veri
tabanlarındaki karşılaştırmalı analizi ile bu peptidin melittin olduğu ve çalışma boyunca
elde edilen kromatografik verilere göre Apis mellifera anatoliaca liyofilize venomu
içindeki oranı %58,1 olarak belirlenmiştir.
Sunulan tez çalışmasının sonucunda ülkemiz doğal zenginlikleri arasında yer alan
Apis mellifera anatoliaca venomunun in vitro anti-kanser ve anti-metastatik etkinliğinden
sorumlu peptid bileşeni tanımlanmıştır. Apis mellifera anatoliaca kaynaklı melittinin
çalışma kapsamında belirlenen anti-kanser ve anti-metastatik etkinliğinin in vivo
çalışmalarla tedavi amaçlı kullanım için araştırılması çalışma sonuçlarının
sürdürülebilirliğine katkı sağlayacaktır
Submitted by Kaner Ulusoy (kaneru26@gmail.com) on 2022-05-12T12:33:02Z
No. of bitstreams: 1
355-7647-10372526.pdf: 15088877 bytes, checksum: b49e1caeec83313c79430a0379287203 (MD5)
tur
ESOGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü
info:eu-repo/semantics/openAccess
Apis Mellifera Anatoliaca
Apis mellifera arı venom bileşenlerinin insan meme kanseri hücre hatları üzerindeki antikanser ve antimetastatik etkilerinin araştırılması
doctoralThesis